Botanik: Pteridium aquilinum, Blattstiel quer *

[Muschelbluemchen]

Liebe Grüße an alle Hobbymikrofreunde

Nachdem das Erstellen der Teilbilder nun mit meinem Roboter vollautomatisch abläuft, bin ich mit dem Erstellen der Bilder viel schneller.
Hier ein Blattstielquerschnitt von Pteridium aquilinum, gefärbt mit Astrablau/Safranin, zusammengesetzt aus 190 Teilbildern.

Leider macht der sklerechymatische Ring unter der Epidermis das Scheiden nicht gerade einfach und daher fehlt da am Rand teilweise Gewebe:


Hier noch der Originallink zum Bild, um es herunter zu laden oder einfach um es zu vergrößern: https://plus.google.com/photos/117049968871761169147/albums/5417708096979221361/6103925892261681794?banner=pwa&pid=6103925892261681794&oid=117049968871761169147

Hier im Forum hatten wir schon mal Adlerfarn, ein sehr interessanter Beitrag von Jörg, dort kann man auch
die pflanzenanatomischen Details nachlesen: https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=2552.0

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leo

[Heiko]

Hallo Leo,

verrätst Du uns den Durchmesser Deines Querschnitts? Aus der Erinnerung heraus traue ich dem Wedel maximal 2 cm zu.
Und mit wie viel Überlappung arbeitet die Maschine?

Viele Grüße,
Heiko

[Muschelbluemchen]

Hallo Heiko

verrätst Du uns den Durchmesser Deines Querschnitts?

5 mm

Und mit wie viel Überlappung arbeitet die Maschine?

Das Steuerungsprogramm für die Stitch-Witch am raspberry pi habe ich in python https://www.python.org/ geschrieben, dieses Programm steuert nicht nur die Schrittmotoren an, sondern
auch die Kamera.
Damit kann ich auch die Verschlusszeiten, Kontrast, Weißabgleich einstellen, lege fest welcher Ausschnitt des Präparats per Einzelaufnahmen abgescannt und aufgenommen werden soll und
kann mich mit dem Programm natürlich auch zu jedem beliebigen Punkt im Präparat bewegen und per Vorschau am Computer den derzeitigen Präparatausschnitt sehen.

Im Programm selbst stelle ich nur die Schrittweite ein, die das Präparat weiter gefahren werden soll, da es ja automatisch passiert.
Das Programm ist noch sehr beta und mit zunehmender Verwendung entwickeln sich da auch die Ideen was ich da noch besser machen kann
(denke schon daran von jedem Ausschnitt mehrere Aufnahmen mit unterschiedlicher Belichtungszeit zu machen - Stichwort HDR http://de.wikipedia.org/wiki/High_Dynamic_Range_Image
oder von unterschiedlichen Schärfenebenen Stichwort: Stacking. also für mich bleibt es spannend   )
Da das Interesse an der Stitch-Witch nicht sehr groß ist, werde ich mir mit einer Veröffentlichung noch Zeit lassen, obwohl ich das Programm frei geben würde, aber dies ist auch mein
erstes Programm unter Python - wollte es ursprünglich in C machen, aber die Ansteuerung der Kamera ist da sehr kompliziert, für python gibt es da aber eine tolle API http://picamera.readthedocs.org/en/release-1.9/

Aber zu deiner Frage: die Überlappung ist momentan sehr groß, mehr als 50%, was ja durch die Automatisierung kein Problem ist - dauert einfach etwas länger für den Roboter:

und ergibt mehr Fotos die der Computer dann verrechnen muss.  

mit freundlichen Mikrogrüßen
Leo

[Fahrenheit]

Lieber Leo,

auch der Adlerfarn ist gelistet.

Herzliche Grüße
Jörg

[Heiko]

Danke für Deine Antwort, Leo.

Ist denn aber ein 5mm Objekt nicht auch herkömmlich abbildbar mit Deinem Mikroskop? Oder bringt Dein Verfahren spezielle Vorteile?

Viele Grüße,
Heiko

[Muschelbluemchen]

Hallo Heiko

Ist denn aber ein 5mm Objekt nicht auch herkömmlich abbildbar mit Deinem Mikroskop? Oder bringt Dein Verfahren spezielle Vorteile?

Vermutlich schon, es könnte sich vielleicht mit dem 2.5 Achro von Zeiss/Jena ausgehen und dann hätte ich ein max 5MPixel großes Foto mit vermutlich
schlechter Ausleuchtung - hell in der Mitte, dunkler am Rand.
Mein gestitchtes Bild aber bei google-picasa hat 9938 x 10000 Pixel, und das Originalbild ist noch größer - ich habe es aber verkleinern müssen um es auf google hochladen
zu können.
Benutze mal die zoom-Funktion die google zur Verfügung stellt und ich denke du wirst den Unterschied merken: https://plus.google.com/photos/117049968871761169147/albums/5417708096979221361/6103925892261681794?banner=pwa&pid=6103925892261681794&oid=117049968871761169147

Mein grösstes bisher erzeugte Bild hatte nach dem Stitch 900MPixel.

Letztes Frühjahr hatte mich eine Agentur aus Bayer kontaktiert weil sie ein bestimmtes Bild von mir wollten (die Nutzungsrechte) für eine Ausstellung im Zoo in Nürnberg.
Mein Hinweis die Bilder im Album "Mikrofotos Botanik" seien sowieso frei war ihnen nicht genug, sie wollten eine noch größere Aufnahme und die auf google hat nur 5500 x 5130 Pixel und sie (die Agentur) wollten es sehr gross machen, als Hintergrund auf Infotafeln und so habe ich ihnen mein Original geschickt, mit 12000*11193 - es war übrigens diese Aufnahme: https://lh4.googleusercontent.com/-HKcRX8ddEeg/TCTDYU9w7-I/AAAAAAAAEYw/1v6e7xzoUcU/w875-h816-no/AristolochiaMacrophyllaSprossQuer.jpg und dann waren sie zufrieden  

Zudem werden Bildfehler durch das Stitchen häufig korrigiert - Randunschärfen wie sie nun mal bei einfachen Apochromaten vorkommen werden weggerechnet.
- jeder Bildpunkt kommt ja auf mehreren Aufnahmen vor und dies an verschieden Positionen in Bild (Mittig, Randlage, ..)
Eine einzelnes Bild hätte bei weiten nicht diese Qualität wie ein gestitchtes - vielleicht mit einer super Ausrüstung, aber nicht mit einem Lomo Biolam  

Hätte das Pteridium-Bild zu wenig Details für mich, dann verwende ich für die Einzelaufnahmen einfach ein stärkeres Objektiv, also nicht den Lomo Apochromat 10/0.3 sondern
den Lomo Apochromat 20/0.65. Da bekomme ich dann natürlich nicht ein Bild mit 16932x15596 Pixel, sondern eines mit 30000x30000 - es ist dann nur eine Frage ob
der Computer dieses Bild noch zusammenrechnen kann (geht   zumindest bei 16G RAM) - versuch mal bei deiner Kamera die maximale Pixelanzahl einfach
mal zu verdoppeln  

Schlussendlich sind die damit erstellten Bilder nicht einfach mal nur dahergeknipst, sondern jede Aufnahme ist für mich ein kleines Kunstwerk, einfach auch weil ich mich damit
etwas länger beschäftigen muss!

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leo

[Heiko]

Hallo Leo,

danke für Deine ausführliche Antwort. Und, im Gesamtkontext klingt das für mich jetzt sehr plausibel.

Danke und viele Grüße,
Heiko

[Imker]

Hallo Leo,

wunderschöne Schnitte mit einer unglaublichen Auflösung wie ich sie noch nicht gesehen habe. Es ist schon beeindruckend, wieviele Details bei der 100 Prozent Auflösung sichtbar werden. Das diese Fotos frei und zum Herunterladen sind finde ich großartig.  Vielen Dank, die Bilder sind ein Augenschmaus.

Gruß
David

[Muschelbluemchen]

Danke David!