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Size Matters

Begonnen von Plasma, November 16, 2016, 23:28:59 NACHMITTAGS

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Plasma

Hallo alle zusammen!

So ... dem Titel sollte wohl jeder hier im Forum zustimmen können, auf die Mikrographie bezogen, versteht sich.

Um diesen Einführungsartikel nicht unnötig in die Länge zu ziehen und über Beweggründe, Hergang und so weiter zu schwelgen habe ich mich entschlossen mich eher kurz zu fassen. Das schliesst natürlich nicht aus weitere Details in anderen Beiträgen noch nachgereicht werden.

Die vergangenen Wochenenden habe ich unter anderem damit verbracht eine Web Software namens Magnibar zur On-Line Vermessung von Bildern zu erstellen (daher der Titel).

Hier gleich mal einen Screenshot von dem Teil.



Und natürlich auch den Link zum Ausprobieren:

http://magnibar.com

Die Anwendung ist denkbar einfach und insbesondere auf den Umgang mit On-line Mikrographien zugeschnitten, kann aber auch mit Bildern von der lokalen Festplatte verwendet werden.

1) Seite der App im Browser laden
2) Link von Bilddatei einfügen und Go! drücken
3) Bild Kalibrieren (roter Kreis = Lineal verschieben; grüner Kreis = Lineal verlängern)
4) Messungen anstellen
5) Bild mit überlagerten Messungen speichern und weiterverwenden

Ein paar 'Goodies' möchte ich hier nochmal hervorheben:


  • Visuelle und Numerische Kalibrierung
  • Verschiedene Messwerkzeuge (Länge, Spot, Innen, Aussen, Box, Region, Winkel)
  • Dunkel/Hell Modus (je nach Hintergrund)
  • Kräftig/Dezent Modus zum Hervorheben
  • Unterstützt mehrere Massstäbe im selben Bild
  • Download des überlagerten Bildes
  • Teilung (neudeutsch Sharing) der Kalibrierung mittels Link
  • Katalog mit Beispielbildern zum Ausprobieren

Die Methode der visuellen Kalibrierung, das Kernstück dieser Anwendung, ist denkbar einfach: Nachdem das Bild geladen wurde bringt man das 'Lineal' mit dem im Bild befindlichen Kalibrierungsbalken zur Deckung. Gibt dann noch die Länge und Einheit in die dafür vorgesehenen Eingabefelder ein und drückt den Knopf zur Bestätigung. Fertig.

Nun kann die Messerei vonstatten gehen ...

Die Anwendung sollte in jedem halbwegs aktuellen Browser funktionieren. Je nach Modell und Version des Browsers kann es natürlich ein paar Problemchen geben aber im Grossen und Ganzen sollte sie benutzbar sein.

Ich sollte noch hervorheben dass dies hier die erste öffentliche Vorstellung ist. Das ist sozusagen eine Frage des Vertrauens in die Gemeinschaft hier im Forum. Denn was mich natürlich jetzt am meisten interessiert ist was ihr alle als potentielle Anwender davon haltet.

Also keine Zurückhaltung bitte ;-)

LG
Thomas
MAGNIBAR - Size Matters
http://magnibar.com

liftboy

Hallo Thomas,

ich hab da jetzt einfach mal unkalibriert einen Schnelltest fürs handling gemacht.
Das sieht gut aus!
Nun bin ich nicht der online- und schon gar nicht der app-freak.
Das Programm müsste also "freilaufend" sein, und auch unter XP laufen.
Sag mir, was Du dafür haben willst (per PN)

Grüße
Wolfgang
http://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=785.msg3654#msg3654
LOMO-Service
Das Erstaunen bleibt unverändert- nur unser Mut wächst, das Erstaunliche zu verstehen.
Niels Bohr

KlausB

Hallo Thomas,
ich habe das Programm ebenfalls mit Sporenmessungen getestet.

Dabei ist mir folgendes aufgefallen:
1. Die Masse müssten sich in Länge und Breite (als Paar) exportieren lassen, am besten im Excel Format
2. Der download des Bildes mit den Messungen funktioniert anscheinend noch nicht.

Die Kalibrierung funktioniert gut, die Messergebnisse stimmen mit den Ergebnissen eines anderen
Messprogramms (Makroaufmaßprogramm) überein.

Für Pilzsporen und wahrscheinlich auch für Pollenvermessungen ist ein Maßpaar wichtig, das auch
getrennt dargestellt wird in einer Liste. Für Pilzvermessung wäre es noch schön, wenn Mittelwerte
und Flächenwerte, sowie das Verhältnis Q Länge zu Breite dargestellt werden könnten.

Viele Grüße
Klaus
Zeiss Phomi III im Einsatz
Zeiss OPMI als Stereo

Web-Seite:
https://www.freizeit2012undmehr.com/

JB

Hallo Thomas,

Super gemacht, vielen Dank! Das GUI gefaellt mir auch sehr.

Fuer die effiziente Anwendung wurde ich noch mindestens zwei Features empfehlen:

- Messwerten sollten automatisch in eine Tabelle uebertragen werden koennen. Ich habe z.B. Zellen mit 10 Messwerten pro Zelle. Die sollten automatisch in 10 Spalten uebertragen werden koennen und auf Knopfdruck sollte im Anschluss eine neue Zeile gestartet werden koennen. Mikroskopieprogramme haben solche Funktionen (z.B. Zeiss ZEN), weil sie effizientes Arbeiten ermoeglichen.

- Wuenschenswert waere auch, dass man eine neue Messung direkt mit rechter Maustaste o.ae. starten koennte. Immer wieder ins Menue zurueck ist sehr muehselig.

Beste Gruesse, Jon

Plasma

Hallo Leute!

Zuallererst mal recht herzlichen Dank für Eure Zeit und für das Ausprobieren der App.

Jetzt zu den Antworten:

@liftboy

Windows XP sollte kein Problem sein ... Es muss aber ein aktueller Browser sein ... Also am besten Firefox wenn einem der Chrome von Google zu suspekt ist. Spezieller Tip: Zur Installation von Magnibar einfach einen Link von der webaddresse auf dem Desktop ablegen ... Den Unterschied ob es on-line oder lokal ist merkt man dann kaum ;-)

@KlausB

Ok, dass mit den Messwerten habe ich verstanden, kein Problem ... Dürfte zu bewerkstelligen sein. Download sollte eigentlich funktionieren ... Welcher Browser wurde benutzt?

Was die Pilze und Pollen angeht wäre es nett mal ein Beispiel zu sehen, Bild und Tabelle. Mir ist da noch nicht so klar wie die eigentliche Messung vonstatten geht. Könnte ein spezieller Modus sein.

@JB

Magnibar (MB) kann schon mehrere Messungen speichern und alle auf dem Foto einblenden. Eine Tabelle fehlt aber, auch eine Benennung oder Numerierung der Messungen ist noch nicht implementiert, war aber klar dass dieses Feature gefragt werden würde. Eine Tabelle fester Grösse ist ein guter Anfang. Was die identifikation angeht ... Ziffer, Buchstabe oder Name? ... Was wäre da am gebräuchlichsten. Gibt es hierzu vielleicht auch ein Beispielbild?

LG
Thomas.


MAGNIBAR - Size Matters
http://magnibar.com

KlausB

Hallo Thomas,

hier ein Beispiel zu Pilzsporen mit den eingetragenen Maßen:



Hier nochmal das Bild ohne Maße. Damit kannst du selbst herumprobieren!



Zum Download: Ich nutze den Mozilla Browser, Version 45.5.0

Viele Grüße

Klaus
Zeiss Phomi III im Einsatz
Zeiss OPMI als Stereo

Web-Seite:
https://www.freizeit2012undmehr.com/

liftboy

Hallo Thomas,

fein, dass XP läuft. Browser ist Mozilla; trotzdem bräuchte ich eine herunterladbare, netzunhabhängige Version, da in den Kursräumen der vhs kein internetanschluß vorhanden ist (wLan nutze ich aus Sicherheitsgründen an keinem meiner Rechner).
Ich wart mal ab, wie sich das entwickelt.

Grüße
Wolfgang
http://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=785.msg3654#msg3654
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Niels Bohr

treinisch

Hallo,

herzlichen Glückwunsch! Sehr schön in der Bedienung und auch visuell sehr gefällig! Find ich ganz prima!

vlg
Timm
Gerne per Du!

Meine Vorstellung.

ManK

Hallo Thomas,
das Tool mag noch so schön sein, aber für mich kommt nur eine Offline Version in Frage.
Ich werde meine Bilder sicher nicht mal eben so "irgendwo hochladen" nur um sie zu vermessen.
viele Grüße
Manfred

Plasma

Hallo,

@treinisch

Danke für dein Feedback ... super dass es Dir gefällt  ;D

@ManK

Es können auch lokale Bilder vermessen werden, dazu einfach auf das 'Kamera' Symbol (Tooltip: Opens a local image from your computer) an der Seitenleiste klicken. Dann sollte der "Datei öffnen" Dialog erscheinen um die Bilddatei auszuwählen.

Sicherheitshinweis: Das so ausgewählte Bild bleibt natürlich nur lokal und wird nirgendwo hochgeladen  ;)




Eine neue Version ist bald fertig ...

Neue Messmethode "Cross Measure"

für Längen- und Breitenmessungen (wie dem von KlausB geposteten Beispiel).






Messdaten Tabelle

Zur Anzeige und Download.



LG
Thomas
MAGNIBAR - Size Matters
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JB

Hallo Tom,

Super! Ist die Tabelle schon verfuegbar? Ich habe sie eben noch nicht gefunden. Es waere gut, wenn sie mehr als 2 Spalten erlauben wuerde (nur fuer Messwerte, ohne Berechnungen; die Berechnungen wuerde ich eher in EXEL machen).

Kleiner Hinweis, den Sie mir hoffentlich nicht uebel nehmen  ;)

to measure = messen (Verb)
a measure = eine Maßnahme (Nomen); wie in: Maßnahmen ergreifen
a measurement = ein Meßwert (Nomen); wie in: Maß nehmen

In den Menues und Beschreibungen der Shortcuts sind measure/s und measurement/s noch durcheinander. Falls tatsaechlich mal measures gemeint ist, dann vielleicht besser actions benutzen.

Beste Gruesse,

Jon

Plasma

Hallo Jon,

werde die Aktualisierung heute noch on-line stellen ... bin dabei noch einige Handlings zu optimieren.

Was die Organisation der Tabellenwerte angeht werde ich die Version erst mal so posten wie sie ist und gehe die Sache dann im Anschluss nochmal an.

Denke das wird dann als Measurement 'Gruppierung' implementiert, wobei man jedes Measuerement mit einem 'Label' versehen kann, also A.1, A.2, ..., B.1, B.2 ... so dass der Buchstabe später als Spalte und die Ziffer als Zeile gelistet werden können:

     A     B     C    ...
1   #    #     #
2   #    #     #

... wie bei Excel  ;)

Vielen Dank für die Korrekturhinweise ... jetzt wo sie darauf hingewiesen haben ist es mir auch wieder bewusst geworden ...  gehe nochmal die Texte durch und ändere es.

LG
Thomas

Zitat von: JB in November 19, 2016, 12:03:09 NACHMITTAGS
Hallo Tom,

Super! Ist die Tabelle schon verfuegbar? Ich habe sie eben noch nicht gefunden. Es waere gut, wenn sie mehr als 2 Spalten erlauben wuerde (nur fuer Messwerte, ohne Berechnungen; die Berechnungen wuerde ich eher in EXEL machen).

Kleiner Hinweis, den Sie mir hoffentlich nicht uebel nehmen  ;)

to measure = messen (Verb)
a measure = eine Maßnahme (Nomen); wie in: Maßnahmen ergreifen
a measurement = ein Meßwert (Nomen); wie in: Maß nehmen

In den Menues und Beschreibungen der Shortcuts sind measure/s und measurement/s noch durcheinander. Falls tatsaechlich mal measures gemeint ist, dann vielleicht besser actions benutzen.

Beste Gruesse,

Jon
MAGNIBAR - Size Matters
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Plasma

Hallo,

wie im letzten Beitrag angekündigt ist die aktualisierte Version 0.5.1 jetzt on-line.

Die wichtigsten Merkmale

- neues Werkzeug 'Cross Measurement' zum Erfassen von Länge und Breite als zusammenhängendes Datenpaar;
  Mit diesem neuen Tool ging die Vermessung der Sporen auf dem Beispielfoto von KlausB
  recht fix vonstatten.
 
- neue Messdatentabelle zur Anzeige und Revision der Messwerte (Benennungen noch nicht editierbar)

- neue Befehle zur Messdatenerfassung hinzufügen/entfernen/aktivieren;
  mit diesen können erfasste Werte nochmal geändert oder auch gelöscht werden

- Export der Messdatentabelle nach Excel (als Text in CSV Format)

- Touch Device Support (getestet auf iPad)

- Korrektur der Benennungen 'Measure' nach 'Measurments'

Speziell die Benutzung auf dem iPad hat mich überrascht was das Handling angeht.
Allerdings muss man die Ausrichtung des Lineals mittels der eingeblendeten Hilfslinien
vornehmen da der Messpunkt von dem Finger verdeckt wird. Geht aber mit den Hilfslinien
aber doch ganz gut ... für das Fingerproblem gibt es dann sicher auch noch eine Lösung  ;D




Beispiel einer Vermessung

Nachmessung des Originals von KlausB. Es ging hier nur um das Handling und das Layout des endgültigen Bildes. Da ich keine Erfahrung in dem Bereich habe kann es sein dass ich die Messpunkte nicht 100% korrekt gesetzt habe.



LG
Thomas.
MAGNIBAR - Size Matters
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Plasma

Hallo!

habe soeben eine neue Version on-line gestellt ...



Neues Haupmenü

Mit Willkommensbildschirm von dem aus typische Funktionalitäten, wie das Laden lokaler
Bilder direkt aufgerufen werden können.

Umstrukturierung des Befehlsmenüs

Hinzugekommen ist ein Dateimenü von dem aus Bildateien geladen, gespeichert und auf
Dropbox geladen werden können.

Überarbeitetes Handling der einzelnen Instrumente

Es gibt jetzt einen zweiten 'Griff' mit dem man die Länge der Linie anpassen kann, der
Winkel jedoch gleich bleibt. Das vereinfacht die Abstimmung mit dem im Bild vorhandenen
Skalierungsbalken.

Dazugekommen ist auch ein weiter 'Griff' zur Selektion einer Messung. Falls mehrere
Messungen angelegt werden ist so einfach möglich eine Messung zu selektieren um diese
zu justieren oder zu entfernen.

Dropbox Integrierung

Es ist jetzt möglich ein (lokales) Bild direkt aus Magnibar auf Dropbox hochzuladen.
Dabei wird automatisch ein Link generiert mit welchem das Bild dann geteilt werden kann,
zm Beispiel hier im Forum.

Das setzt natürlich ein existierendes Dropbox Konto voraus. Das gibt es aber kostenlos
sogar mit 2GB Startvolumen und die Client Software muss man auch nicht unbedingt
installieren da Magnibar diese nicht benötigt um die Bilder hochzuladen.

Überarbeitung Skalierungs Menü

Einfachere Skalierung mittels drei individuellen Eingabefelder. Zwei Referenzgrössen für
jeweils in Pixel und Objekt (Length) und ein drittes Feld für die Länge (Sample) des
Skalierungsbalkens.

Beispielwerte meiner Konfiguration:


----------+-------------+-------------+----------+---------
Objective | Image Width | Stage Units |  Balken  |  Ratio
          |  (Pixel)    |   (Length)  | (Sample) |
----------+-------------+-------------+----------+---------
    40x   |   1920px    |   1000µm    |   100µm  |  0.520
   100x   |   1920px    |    400µm    |    50µm  |  0.208
   200x   |   1920px    |    200µm    |    20µm  |  0.104
   400x   |   1920px    |    100µm    |    20µm  |  0.052
   600x   |   1920px    |     40µm    |    10µm  |  0.021
----------+-------------+-------------+----------+---------


LG
Thomas.
MAGNIBAR - Size Matters
http://magnibar.com