Zoomify, Alternativen

[Jürgen H.]

Liebe Mitforisten,

ich suche ein Programm, mit dem ich die Bilder einer Schnittserie, z.B. eines Fliegenkopfes,  als einheitlichen Bildstapel ins Netz stellen kann.

Das Programm sollte folgende Anforderungen erfüllen können:

a) Jedes einzelne Bild des Stapels soll mit gesonderten Hinweisen versehen werden können.
b) Die einzelnen Bilder sollen, schon wegen der Datenmengen,  zoombar sein.
c) Es soll möglich sein, sich durch die einzelnen Schnittebenen durchscrollen zu können, so dass man den räumlichen Aufbau eines Organs, z.B. den Verlauf von Tracheen oder Nerven innerhalb des Organs beim Durchscrollen durch den Bilderstapel (z Achse) nachvollziehen kann.
d) Die einzelnen Bilder des Stapels sollten durch das Programm auch selbständig auf den X/Y Achsen so gerichtet werden, dass die Bildwiedergabe der Schnitte im Stapel entsprechend der Anforderung c) möglich ist. Ein händisches Ausrichten jedes einzelnen Bildes im Stapel scheint mir doch sehr mühevoll zu sein.


Zoomify in der Enterprise Version bietet genau das, kostet aber auch seinen Preis. Gibt es Alternativen?

Schöne Grüße

Jürgen

[Heribert Cypionka]

Hallo Jürgen,

es ist ja bekannt, dass ich ein bestimmtes Programm entwickle und promote ;-)

kostet aber auch seinen Preis. Gibt es Alternativen?

PICOLAY kost nix,  kann aber fast alles 

a) Jedes einzelne Bild des Stapels soll mit gesonderten Hinweisen versehen werden können.

Kein Problem: Mouse Funktion -> Insert text , Farbe und Schriftfont und -größe auswählen, senkrecht oder waagerecht, Text tippen und per Klick platzieren...

b) Die einzelnen Bilder sollen, schon wegen der Datenmengen,  zoombar sein.

Kein Problem, allerdings nicht stufenlos...

c) Es soll möglich sein, sich durch die einzelnen Schnittebenen durchscrollen zu können

Das können die meisten Programme nicht, PICOLAY schon: Wenn man sich eine Position vergrößert anschaut, kann man durch die Bilder klicken (oder diese per Diashow anzeigen lasssen), ohne dass die Position sich verändert. (Die meisten anderen Programme springen in die Ecke links oben oder passen die Bilder ans Fenster an)

d) Die einzelnen Bilder des Stapels sollten durch das Programm auch selbständig auf den X/Y Achsen so gerichtet werden

Kein Problem: 'Auto-align' (oder F6) richtet die Bilder aus und speichert sie mit neuen Namen.

Ansonsten gibt es für's Zoomen noch das kostenlose Internet-Tool Easyzoom https://easyzoom.com/features

Mit besten Grüßen

Heribert Cypionka

[Jürgen H.]

Lieber Heribert,

ich bin überrascht! Ganz herzlichen Dank für Deine Hinweise. Ich werde Dein Programm ausprobieren.

Schöne Grüße

Jürgen

[Eckhard F. H.]

PICOLAY kost nix,  kann aber fast alles 

Lieber Herr Cypionka!
Schade, daß Picolay kein deutsch kann. Fachlektüre ist schon muttersprachlich für Fachlaien schwer verständlich, erst recht aber, wenn sie sich einer Fremdsprache bedient.

[Alfons Renz]

Lieber Jürgen,

Das eierlegende Wollmilchschwein ist leider noch nicht erfunden, aber, was die Mikroskopie anbetrifft, in Sichtweite:
Im professionellen Bereich etwa die Software von Zeiss, Zen, die es als Zen-lite auch frei gibt,

https://www.zeiss.de/mikroskopie/produkte/mikroskopsoftware/zen-lite.html

kostlos herunterlabar von der angegebenen Homepage.

Leider ein eigenes Bildformat der Firma ZEISS, das offenbar nötig ist, um alle Informationen in einem einzigen Datei unterzubringen. Dann kann man jedoch wunderbar hineinzoomen und mit dem Mausrad durch die Höhenebenen fokussieren. Leider erkennt dieses Programm meine Canon-Kamera nicht, so dass man wohl auf eine Zeiss-Axiocam als Bilderfassungsgerät angewiesen ist.

Anlässlich der Einweihung des Zeiss-Custumer-Centers in Oberkochen
https://www.zeiss.de/corporate/zeiss-corporate-newsroom/news/pressemitteilungen.html?id=eroeffnung-microskopie-kundenzentrum_2017
hatte ich Gelegenheit, dort ein Präparat eines Leberegels automatisch einskannen zu lassen.

Die CZI-Datei ist mit 9,5 GB im Original und 115 MB in komprimierter Form zu gewichtig, um sie hier mit dem Forum zu verlinken. Deshalb nur ein Screenshot:



Im Original kann man nun mittels der ZEN-Software hineinzoomen, fokussieren und das Bild 3-D im Raum drehen.



Die Originalaufnahmen wurden vollautomatisch im Axio-scan erstellt:

https://www.zeiss.de/mikroskopie/produkte/imaging-systems/axio-scan-z1.html

Die Aufgabe des Axioscans könnte man durchaus 'von Hand' bewerkstelligen (50 Bilder im Z-Stapel, und unzählige im x-y Bereich zusammenstückeln), aber für die weitere Bearbeitung mit der ZEN-Software benötigt man dann (wahrscheinlich) die (kostenpflichtige) Vollversion.

Auf dem heiss umkämpften Mark solcher Bilderfassungs- und Bearbeitungs-Software wird m.E. langfristig nicht zwangsläufig das Beste, sondern das billigste, d.h. kostenfreie Produkt die Nase vorn haben. Deshalb wäre Zeiss eventuell gut beraten, seine Software schnell auch dem 'low & midle-income Forschungs- und Anwendungsbereich' kostenfrei zur Verfügung zu stellen, um seinem wirklich faszinierendem CZI-Format den Durchbruch zu ermöglichen.

Das wird jedoch so schwer sein wie die Geburt der og. Woll-Milch-Sau ....

Jeder, der versucht, Videos zu bearbeiten und in Präsentationen einzubinden, weiss, wie problematisch das Nebeneinander verschiedener Formate und CODES etc. ist, d.h. wenn sich 'die Industrie' nicht schnell auf ein einheitliches Format einigt.

Mit herzlichen Grüßen und einem ganz ausdrücklichen Dank an Prof. Cypionka für sein kostenfreies PICOLAY ! Wenn man das jetzt mit ZEN kreuzen könnte.....

Alfons

[Heribert Cypionka]

Schade, daß Picolay kein deutsch kann.

Wer sagt das denn?

- Handbuch (jederzeit im Programm aufrufbar), Deutsch: http://www.picolay.icbm.de/picolay-manualD.pdf

- Kurzreferenz (jederzeit aus dem Programm online aufrufbar), Deutsch: http://www.picolay.icbm.de/picolay_helpfiles/form1_d.htm

- PICOLAY Schritt für Schritt, Deutsch: http://www.picolay.icbm.de/workflow_de.pdf

- Tipps und Tricks, Deutsch: http://www.picolay.icbm.de/picolay_helpfiles/tips_tricks_d.htm

- Bebildertes Wörterbuch zu PICOLAY (Englisch-Deutsch): http://www.picolay.icbm.de/picolay_engl-deutsch.pdf

- Artikel im Biospektrum, Deutsch: http://www.picolay.icbm.de/BIOspektrum2016/BIOspektrum2016.htm


Die Nutzer kommen nur zu gut einem Drittel aus deutschsprachigen Ländern. Hier die Statistik der letzten 200 Zugriffe (seit 3 Tagen):


Der Autor spricht auch Deutsch und hilft bei Problemen gern weiter!

Liebe Grüße und nur Mut!

Heribert Cypionka

[reblaus]

Hallo Picolay-Experten -

gerade habe ich Picolay heruntergeladen und (gegen den Willen von Windows 10    installiert). Wenn ich nun versuche eine Bildserie einzulesen (Add images) werden zwar die Dateinamen eingelesen, am Schluss kommt aber die Meldung "Zugriff verweigert", auch bei einzelnen Dateien. Was mache ich falsch?

Viele Grüße

Rolf

[Heribert Cypionka]

Dateinamen eingelesen, am Schluss kommt aber die Meldung "Zugriff verweigert

Um solche Probleme zu vermeiden, installiert man PICOLAY am besten nicht ins Programmverzeichnis. Vor allem sollte man dahin nicht die Bilder laden, weil es oft Probleme mit den Zugriffsrechten in diesem besonderen Windows-Bereich gibt.  PICOLAY braucht gar keine Installation, sondern nur die Datei picolay.exe, die man auf jedem USB-Stick starten kann.

Ich hoffe, das hilft!

Liebe Grüße und viel Erfolg!

Heribert Cypionka

[reblaus]

Heißen Dank - jetzt funktioniert's!
Ich habe die Teile in einen Ordner auf meinem Backup-Stick platziert und bin voll Bewunderung für die platzsparende Form des Programms - wirklich gekonnt.
Viele Grüße
Rolf

[Eckhard F. H.]

Wer sagt das denn?

Lieber Herr Cypionka,
da hat mir wohl die Erinnerung oder ein geklammerter Vermerk ("englisch") hinter ´Picolay´ einen Streich gespielt. Bitte entschuldigen Sie. Künftig wird wohl mit Picolay ´gestapelt´, zumindest versucht.
Gruß - EFH

[Michael L.]

Hallo Herr Cypionka,

Vielen Dank für die gute Übersicht zur Dokumentation Ihres Programmes.

Viele Grüße,

Michael