Botanik: Corylus avellana - Stamm quer *

[Muschelbluemchen]

Hallo Mikrofreunde

Hab mal die Wacker 3A Färbung probiert, die ich bei Klaus Hermann ( auch hier in diesem Forum ) gekauft habe.
Die Ergebnisse sind vielversprechend und laden zu weiteren Experimenten ein.
Als Objekt versuchte ich mich an der Haselnuss (Corylus avellana), Stamm quer, geschnitten am Schlittenmikrotom
ungefähr 25 Mikrometer.
Fixiert wurde das Stammstück in AFE.
Die Aufnahme ist ein Stitch aus 105 Bildern, erstellt am Motic BA310 mit dem Planachromaten 10/0.25:


Hier eine Detailaufnahme aus der Rindenschicht - ein Stitch aus 12 Bildern, wobei die Einzelbilder ein Stack aus jeweils 3 Einzelaufnahmen sind:

Aufnahme am Motic BA310 mit dem Planachromaten 100/1.25, leider hat die Detailschärfe durch das Stacken etwas gelitten.

In der Rindenschicht fällt sofort ein sklerenchymatischer Ring auf.
Interessant sind die Zellen in diesem Ring, der aus zwei Zelltypen bestehen dürfte - der eine Typ färbt sich rot an, der andere
ist gelb angefärbt und zeigt wunderbare Tüpfelkanäle, über die Verbindung zu den anderen Zellen hergestellt wird:

Ich habe ein animiertes GIF erstellt mit gimp http://www.gimp.org/, damit der Verlauf der Tüpfelkanäle besser zu sehen ist.
Die Qualität der Fotos leidet da natürlich, da GIF nur 255 Farbabstufungen kann.
Die Einzelbilder wurden mit einem 2 Mikrometer Unterschied in der Schärfentiefe erstellt.

Die Originalbilder sind dort erhältlich: http://picasaweb.google.com/linuxtrainer/MikrofotosBotanik?feat=directlink
und sind von der Lizenz auch vollkommen frei (daher schreibe ich auch keinen (c) Hinweis hinein!).

mit freundlichen Mikrogrüßen
Leopold

[Roderich Römhild]

Ein sehr schöner Schnitt! Und besonders gut aufbereitet.

Eine Frage habe ich jedoch: Wieso sind bei nur einem Fünftel des Querschnittes die beiden Jahresring blau gefärbt? Und wieso färben nur diese beiden Ringe und nicht die anderen?

Danke. FG

Rodi

[Klaus Herrmann]

Hallo Lepold,

wie immer ein bewundernswertes Ergebnis Deiner Präparier- und Fotokunst - da verzeih ich Dir auch gerne das fehlende r in meinem Namen 

Zu Roderichs Frage kann ich nur vorsichtig vermuten: ein klein wenig Differenzierung mit 70% Ethanol hätte das an der falschen Stelle sitzende Blau ausgezogen. Ich hattte sowas auch schon.

[Muschelbluemchen]

Zu Roderichs Frage kann ich nur vorsichtig vermuten: ein klein wenig Differenzierung mit 70% Ethanol hätte das an der falschen Stelle sitzende Blau ausgezogen. Ich hattte sowas auch schon.

Hallo Klaus

Da ist kein Blau an der falschen Stelle - ich habe die Schnitte auch mit Etzold Grün von Klaus Herrmann gefärbt:

und auch hier ist dieser Bereich grün eingefärbt.
Ich denke da hat es eine Wachstumstörung gegeben - was auch immer der Grund war - die Pflanze hat hier die Zellwände mit einer dicken
Schicht Zellulosematerial verstärkt, ohne offensichtlich Lignin einzulagern.

mit lieben Mikrogrüßen
Leopold

[Klaus Herrmann]

Hallo Leopold

ich habe die Schnitte auch mit Etzold Grün von Klaus Herrmann gefärbt

damit hast Du erst mal alles, aber auch wirklich alles richtig gemacht!

Aber die "Wachstumsstörung" in frühem Stadium ist schon seltsam! Du hast doch sicher noch ein Stückerl Zweigel?

Könntest Du bitterschön der Wissenschaft und mir zuliebe vielleicht noch einen Versuch machen? Musst ja auch - entgegen Deinen Prinzipien zur Perfektion keinen Stitch von 200 Bildern machen!

[Rawfoto]

Hallo Leopold

Super Bilder, ich frage mich nur warum so viele Schichten bei der Schnittdicke noetig waren und vor allem wie Du die dann machst. Verwendest Du einen Schittmotor zu Verstellung des Stages?

:-)

Gerhard

[Fahrenheit]

Lieber Leopold,

wie immer ein sehr schönes Präparat und tolle Aufnahmen! Nur bei den Detailaufnahmen zu den Sklerenchymzellen mit Tüpfeln zeigen sich - wohl durch das Nachschärfen - einige Artefakte.


Lieber Gerhard,

das sind keine z-Stapel sondern Stitches: das Gesamtbild entsteht als Mosaik aus vielen Teilbildern in X-Y-Richtung.

Herzliche Grüße
Jörg

[Muschelbluemchen]

Danke für die Blumen

wie immer ein sehr schönes Präparat und tolle Aufnahmen! Nur bei den Detailaufnahmen zu den Sklerenchymzellen mit Tüpfeln zeigen sich - wohl durch das Nachschärfen - einige Artefakte.

Hallo Jörg
Wie gesagt das GIF hat nur 255 Farbabstufungen und auch beim Verkleinern auf 800px hat es dann einen heftigen Qualitätsverlust gegeben!
(vielleicht hätte ich zuerst die Einzelaufnahmen verkleinern sollen und dann erst das GIF erzeugen - was da besser rüberkommt muss ich noch
testen).

@rawfoto
Ich verwende autostich um die Bilder (die sich überlappen müssen) zusammen zu legen (eigentlich wird anhand der Bilddaten ein komplett
neues Bild berechnet) - funktioniert eigentlich mit jeder Panoramasoftware (autopano, hugin, ...)
Beim Rindendetailphoto hab ich 12 überlappende Abschnitte fotografiert, wobei von jedem Bereich Einzelfotos aus 3 Schärfeebenen
gemacht wurden - von diesen 3 Einzelphotos habe ich mit picolay einen Stack gemacht und diese 12 gestackten Fotos mit
der Panoramasoftware zusammengesetzt (gesticht).
Den Weitertransport des Präparats habe ich manuell gemacht, auch die Fokusierung auf die 3 Schärfeebenen. Denkbar wäre es dies alles zu
automatisieren - und ich denke dies wird auch die Zukunft sein im Mikroskopisch-Klinischen Bereich d.h. im Labor wird
von der Gewebeprobe ein Präparat erstellt, von diesem Präparat erstellt ein Mikroskop ein hochauflösendes Foto (Autofokus, automatische
Weiterbewegung des Präparats, stitchen der Einzelphotos, ...). Dieses hochauflösende Foto wird zum Arzt geschickt, der es am Computer
betrachtet und eine Diagnose erstellt.

@Klaus Herrmann

Könntest Du bitterschön der Wissenschaft und mir zuliebe vielleicht noch einen Versuch machen? Musst ja auch - entgegen Deinen Prinzipien zur Perfektion keinen Stitch von 200 Bildern machen!

Ich spiele den Ball einfach an Fahrenheit (Jörg) weiter - ich habe ihm alle mein noch verbliebenen Corylusschnitte geschickt - will mal sehen
was bei ihm da rauskommt - da wird dieser Bereich auch sicherlich wieder eine typische Zellulosefärbung zeigen.
Ich plane demnächst wieder Corylus zu schneiden (Stämmchen habe ich natürlcih noch), da stehen aber die radial/tangential Schnitte auf
der Tagesordnung - werde aber natürlich hier wieder Ergebnisse zeigen.

herzliche Mikrogrüße
Leopold

[Fahrenheit]

Lieber Leopold,

sorry, ein gif mit nur 256 Farbstufen, das hatte ich glatt überlesen.

Ich würde vermuten, dass die Ergebnisse tatsächlich besser auffallen, wenn Du die Einzelbilder zunächst verkleinerst und dann einzeln umwandelst.
Durch die Verringerung des Farbraums tritt ja auch ein gewisser "Schärfungseffekt" ein. Von daher sollten die besten Ergebnisse entstehen, wenn Du schon beim Verkleinern möglichst wenig nachschärfst.

Herzliche Grüße
Jörg

[Rawfoto]

Danke Leopold

Stitching und stacking habe ich bisher immer nur getrennt verwendet, beides zu kombinieren hat bisher bei mir nur im Gedanken stattgefunden ...

Schoen Deine Ergebnisse zu sehen, da hat man den Beweis was moeglich ist! Ich habe bisher vermutet durch die Verstellung am Tisch in drei Ebenen nicht die noetige Genauigkeit zu erreichen. Mit welchem Objektiv gehst Du da ans Werk?

:-)

Gerhard

[Muschelbluemchen]

Hallo Gerhard

Mit welchem Objektiv gehst Du da ans Werk?

Die Aufnahmen habe ich mit dem 100/1.25 Planachromat am Motic BA310 erstellt.
Als Kamera verwende ich zur Zeit eine DCM310 USB Okularkamera (3Megapx) , von der ich die Optik abgeschraubt habe
und die man dann auch als C-Mountkamera verwenden kann. Diese betreibe ich am 0.5 C-Mountadapter von Motic.

Dies ist auch mein erstes Stitching-Stacking Experiment und es läd zu weiteren Experimenten ein - wann programmiert ein Fähiger mal
eine Software die all diese Features in einem Programm vereint??? BITTE!

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leopold

[Rawfoto]

Lieber Leopold

Danke fuer die Rueckmeldung, unglaublich, mit dem 100x ...

Wie viele Pixel bekommst denn als Ergebnis in der x und y Achse?

:-)

Gerhard

[Muschelbluemchen]

Hallo Gerhard

Danke fuer die Rueckmeldung, unglaublich, mit dem 100x ...

Wie viele Pixel bekommst denn als Ergebnis in der x und y Achse?

Um da keine falschen Vorstellungen aufkommen zu lassen: das Übersichtsbild habe ich NICHT mit dem 100/1.25 gemacht sondern
mit dem 10/0.25. Waren dann aber auch noch 105 Bilder, die da zum Gesamtbild verrechnet wurden. Gestackt wurde da nicht, ist mir
bei 105 Bilder doch etwas zu kompliziert.
Das Endergebnis hatte 9861 x 9724 Pixel und ist als jpg 60 MegaByte groß.
Ein paarmal habe ich so ein Übersichtsbild auch mit dem 20/0.4 Objektiv erstellt, da kommt man aber schnell auf über 300 Einzelbilder
und das Neuberechnen am Computer und die Bildbearbeitung werden zu Qual wenn der Rechenknecht nur 3G RAM hat.

Das Detailbild der Rinde habe ich mit dem 100/1.25 erstellt, 12 Bereiche (also 6 Abschnitte, 2 Reihen) fotographiert wobei ich von jedem
Bereich 6 Einzelbilder aus verschiedenen Schärfeebenen erstellt haben.
Zuerst habe ich die Einzelbilder gestackt, wobei ich zum Stacken mich nur für 3 Schärfeebenen entschieden habe, die restlichen 3 Bilder habe
ich verworfen (das Endergebnis war mit mehr als 3 Schärfeebenen für mich nicht akzeptabel).
Alle 6 Schärfeebenen habe ich bei den 12 Abschnitten immer auf der selben Ebene erstellt - dazu habe ich die Mikrometerskala am
Feintriebstellrad verwendet. Mechanisch gibt es da am Motic wirklich nichts zu bemängeln - der Kreuztisch ist fein zu führen ohne Spiel und
auch der Feintrieb ist wirklich exakt.

Die Fotos zum animated GIF habe ich wieder mit dem Objektiv 100/1.25 aufgenommen - das GIF selbt mit der Software GIMP erstellt, mit einer
Verzögerung von 500ms zwischen den einzelnen Fotos.
 

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leopold

[Rawfoto]

Hallo Leopold

Danke fuer die Rueckmeldung, ich werde da in den Weihnachtstagen auch einen Versuch starten. Ich bin schon sehr gespannt wie das bei meinen Mikroskopen mit der exakten Positionierung funktioniert (oli BHS) ...

:-)

Gerhard

[Klaus Herrmann]

Hallo Leute,

jetzt habt Ihr gesticht und gestacked aber das wissenschaftliche Problem der blauen Flecken auf der falschen Stelle ist versackt.
Und das wäre doch schon was lohnendes!