Liebes Forum,
nach einer längeren Pause habe ich beruflich wieder begonnen, öfters Aufnahmen mit dem Rasterelektronenmikroskop (REM) zu machen. Dabei habe ich auch ein paar Hobby-Aufnahmen mit Proben aus unserem Garten machen können, die ich teilweise hier gezeigt habe:
https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=44551.msg333051#msg333051 (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=44551.msg333051#msg333051)
REM-Aufnahmen sind aufgrund der verwendeten Sensoren typischerweise Schwarz-Weiß-Aufnahmen. Dank der hohen Auflösung bei gleichzeitig sehr großer Tiefenschärfe sind selbst diese SW-Aufnahmen sehr eindrucksvoll und kontrastreich. Wenn man zusätzlich Farbe ins Spiel bringt, gelingen vielfach fantastische Aufnahmen, siehe z.B.
https://www.micronaut.ch/project/new-images/ (https://www.micronaut.ch/project/new-images/)
https://www.eyeofscience.de/ (https://www.eyeofscience.de/)
Mit welchen Methoden der Bildbearbeitung die Profis solche großartigen Bilder erzielen verraten sie verständlicherweise nicht im Detail. Es gibt im Internet natürlich eine große Anzahl von Videos und pdf's zum Thema, die zwar einen guten Einstieg liefern, aber meiner Meinung nach nicht an die Ergebnisse der oben verlinkten Bilder herankommen. Dennoch bekommt man zahlreiche nützliche Hinweise und Methodenbeschreibungen, z.B. unter den folgenden Links:
Das Handbuch "Basic Photoshop for electron microscopy" enthält sehr nützliche Beschreibungen zur Bearbeitung von REM-Aufnahmen mit Photoshop, unter anderem auch zahlreiche Methoden zur Colorierung:
http://www.nuance.northwestern.edu/docs/epic-pdf/Basic_Photoshop_for_Electron_Microscopy_06-2015.pdf (http://www.nuance.northwestern.edu/docs/epic-pdf/Basic_Photoshop_for_Electron_Microscopy_06-2015.pdf)
Auf Youtube findet man ebenfalls einiges zum Thema dieses Threads, z.B.:
https://www.youtube.com/watch?v=7vA8sAvPIaA (https://www.youtube.com/watch?v=7vA8sAvPIaA)
Und natürlich gibt es viele Youtube-Tutorials zum Colorierung von Schwarz-Weiß-Aufnahmen im Allgemeinen, z.B.
https://www.youtube.com/watch?v=7vA8sAvPIaA (https://www.youtube.com/watch?v=7vA8sAvPIaA)
In diesem Thread werde ich meine Versuche beschreiben, und über den Threadverlauf hoffentlich immer bessere Ergebnisse zeigen können. Ich versuche meine Vorgangsweise so zu beschreiben, dass die einzelnen Schritte gut nachvollziehbar sind. Ich werde auf Photoshop und Lightroom zurückgreifen, da diese beiden Programme wohl von den meisten in der Branche verwendet werden. Wie immer, gibt es in Photoshop viele Wege die ins Ziel führen, und noch mehr, die in einer Sackgasse landen.
Wer also gute Tipps hat, wie es besser gehen kann, nur her damit!
LG
Jürgen
Beginnen möchte ich mit REM-Aufnahmen des Brombeerrostes.
Die meisten REMs bieten zwei Möglichkeiten an, um Topographie-Aufnahmen zu machen: Entweder über den Sekundärelektronen-Detektor (SED, Abb. 1), oder über den Rückstreuelektronen-Detektor (backscatter electron detector - BSD, Abb. 2 und 3). Der SED liegt seitlich im Probenraum, während der BSD direkt an der Säule hängt und damit senkrecht auf die Probe schaut. Aufgrund der quasi "schrägen Beleuchtung" sind die SED-Bilder meist etwas kontrastreicher, mit einer Tendenz zu ausgebrannten Lichtern und sehr dunklen Schatten. Der BSD besteht typischerweise aus mehreren Segmenten, die man einzeln schalten und damit das Erscheinungsbild der erhaltenen Aufnahmen variieren kann.
BSD-Bilder sind meist etwas "milchiger", und haben je nach Probenmaterial einen speziellen Reiz. Die Physik der Bildgebung zwischen SED und BSD ist natürlich auch unterschiedlich (z.B. Materialkontrast bei BSD-Bildern). In diesem Fall habe ich mich entschieden, auf SE-Bilder (Abb. 1) zu setzen.
Die einfachste Art der Colorierung, die auch in den oben verlinkten Tutorials als Startpunkt empfohlen wird, ist die Maskierung der einzelnen Objekte und ein darauffolgendes Übermalen mit dem Pinsel in der gewünschten Farbe. Ich habe die Sporenköpfe des Brombeerrostes entsprechend maskiert und mit einem braunen Pinsel übermalt, siehe Abb. 4.
So kann man zwar sehr schön wichtige Bildelemente hervorheben, wirklich knackige Farbkontraste bekommt man so leider nicht.
Hallo Jürgen,
die Colorierung von REM-Fotos ist ein interessantes Thema und ich werde gerne Deine Vorgehensweise verfolgen. Man muss sich ja nicht nur technischen Herausforderungen stellen, sondern es bedarf auch einer Menge künstlerischer Begabung.
Bernd (bernd552) hat uns in der Vergangenheit schon viele seiner colorierten Kunstwerke gezeigt. Vielleicht kannst Du Dich mit ihm austauschen.
Ich freue mich auf Deine Ergebnisse!
Liebe Grüße
Manfred
Hallo Jürgen,
ich kann Dir zwar nicht helfen, aber da ich mit ,,Micronaut" persönlich bekannt bin, kann ich Dir sagen, dass der Aufwand der Colorierung für seine Aufnahmen immens ist. Das ist in Stunden nicht mehr zu zählen. Daher gibt es hier sicherlich außer den Geheimnissen auch den Unterschied im Aufwand, den man betreibt.
Ich bin sehr gespannt auf Deine Schritte und Fortschritte und freue mich schon auf Deine Bilder!
lg
Anne
Photoshop bietet zum Glück mit den "Adjustment-Layers" zahlreiche Möglichkeiten, Farbe ins Spiel zu bekommen. Mein Ziel war es, die Haare des Brombeerblattes in einem matten grün zu colorieren, die Stiele der Sporen in grau und die Sporen selbst in einer kontrastreichen Farbe mit ausreichend Sättigung.
Dazu habe ich zuerst das ganze Bild, mit Ausnahme des Infofeldes, mittels "Color Balance" global coloriert (Abb. 5). Der darauffolgende (und mühsamste) Schritt war die Maskierung der Sporen mit ihren feinen Warzen an der Oberfläche (Abb. 6). Mit dieser Maske habe ich dann einen Lookup-Table (LUT) auf das Bild angewandt, in diesem Fall "Edgy Amber". Wie Abb. 7 zeigt, kommt jetzt schon einiges an kräftiger Farbe ins Spiel. Die LUTs sind für die Colorierung in meinen Augen ein sehr mächtiges Werkzeug. Einige LUTs sind standardmäßig in Photoshop dabei, mit einer Suche im Netz findet man aber sicher viele weitere.
Einen ebenfalls sehr nützliches Werkzeug ist der "Channel Mixer", siehe Abb. 8. Damit lassen sich zu den Sporen weitere Farbtöne zumischen, und das Bild bekommt in meinen Augen einen deutlich natürlicheren Look.
Hallo,
Ich frage mich ja, ob diese aufwendigen und arbeitsintensiven Colorierungen wirklich einen Erkenntnisgewinn bringen. Was sieht man auf den bunt gemachten Bildern, das man in schwarz/weiß nicht sieht? Die Colorierungen sind doch letztlich willkürlich und zeigen nicht die Wirklichkeit.
Viele Grüße
Alexander
Im letzten Schritt habe ich die Stiele maskiert und mit dem LUT "Fall Colors" eingefärbt und anschließend im Channel Mixer den Farbstich entfernt, siehe Abb. 9. Damit war ich in dem Fall am Ziel, das resulterende Bild ist in Abb. 10 gezeigt und sieht in meinen Augen schon recht herzeigbar aus.
Zitat von: Manfred Melcher in November 19, 2022, 21:32:21 NACHMITTAGS
die Colorierung von REM-Fotos ist ein interessantes Thema und ich werde gerne Deine Vorgehensweise verfolgen. Man muss sich ja nicht nur technischen Herausforderungen stellen, sondern es bedarf auch einer Menge künstlerischer Begabung.
Bernd (bernd552) hat uns in der Vergangenheit schon viele seiner colorierten Kunstwerke gezeigt. Vielleicht kannst Du Dich mit ihm austauschen.
Hallo Manfred,
danke für die schnelle Rückmeldung! Die großartigen Bilder von bernd552 kenne ich natürlich. Wenn er einige seiner Tricks verraten will, bin ich sofort dabei.
Allerdings verstehe ich auch, wenn die "REM-Künstler" ihre mühsam erarbeiteten Techniken für sich behalten wollen.
Jürgen
Zitat von: anne in November 19, 2022, 21:42:34 NACHMITTAGS
ich kann Dir zwar nicht helfen, aber da ich mit ,,Micronaut" persönlich bekannt bin, kann ich Dir sagen, dass der Aufwand der Colorierung für seine Aufnahmen immens ist. Das ist in Stunden nicht mehr zu zählen. Daher gibt es hier sicherlich außer den Geheimnissen auch den Unterschied im Aufwand, den man betreibt.
Hallo Anne,
Du hast sicher recht damit, dass man hier sehr viel Aufwand treiben kann. Wenn man aus der Masse herausstechen will, führt vermutlich auch kein Weg daran vorbei.
Tage- oder wochenlange Arbeit werde ich nicht hineinstecken. Für das gezeigte Beispiel hat die Colorierung ca. 1,5h gebraucht. Das ist ungefähr dieselbe Zeit, die ich für die eigentliche Aufnahme des Bildes aufgewendet habe.
LG
Jürgen
Wenn man 12 Bilder zusammenhat, kann man die als Kalender verkaufen.
Nach dem "Verbrauch" als Bildergalerie den Gang entlang oder die Treppe hoch.
Ich habe noch die alten legendären Perkin-Elmer-Kalender - mit Kristallaufnahmen von einem gewissen Olaf Medenbach...
Gruß - Werner
Zitat von: Aljoscha in November 19, 2022, 21:46:59 NACHMITTAGS
Ich frage mich ja, ob diese aufwendigen und arbeitsintensiven Colorierungen wirklich einen Erkenntnisgewinn bringen. Was sieht man auf den bunt gemachten Bildern, das man in schwarz/weiß nicht sieht? Die Colorierungen sind doch letztlich willkürlich und zeigen nicht die Wirklichkeit.
Hallo Alexander,
in dem konkreten Fall wollte ich schon, dass die Aufnahme einen gewissen Bezug zur lichmtikroskopischen Aufnahme (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=44551.msg328761#msg328761 (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=44551.msg328761#msg328761)) hat, nur eben mit der höheren Tiefenschärfe und Auflösung, die das REM ermöglicht. Farbe gibt einerseits die Möglichkeit, gewisse Bildelemente hervorzuheben, aber auch analytische Informationen (z.B. Materialkontrast mit dem BSD) zu visualisieren. Ohne "Falschfarbendarstellung" sind auch die analytischen Detektoren am REM (z.B. EBSD, EDX) nicht sinnvoll zu verwenden.
In der Fluoreszenzmikroskopie (Konfokalmikroskop) geht ohne "Colorierung" auch nicht mehr viel. Der Übergang zwischen rein ästhetischer Colorierung und der Verwendung von Farbe zur Darstellung spezifischer Informationen, die man über die unterschiedlichen Bildgebungsverfahren erhält, ist also ein sehr fließender.
Im Zweifelsfall hat man ja noch immer das SW-Bild, wenn einem das am besten gefällt.
Jürgen
Zitat von: jcs in November 19, 2022, 22:14:09 NACHMITTAGS
Im Zweifelsfall hat man ja noch immer das SW-Bild, wenn einem das am besten gefällt.
Hallo Jürgen,
"wenn einem das am besten gefällt." ist doch ein rein ästhetisches Kriterium. Mir ist wirklich unklar, wie man mit Colorierung einen wirklichen Erkenntnisgewinn produzieren kann. Da wird doch letztlich nur die "Sehgewohnheit" des Betrachters bedient. Einen Kontrast, der im schwarz/weißen Bild nicht vorhanden ist, kann man doch nicht durch Colorierung hervorzaubern.
Viele Grüße
Alexander
.
Zitat von: Werner in November 19, 2022, 22:07:07 NACHMITTAGS
Wenn man 12 Bilder zusammenhat, kann man die als Kalender verkaufen.
Nach dem "Verbrauch" als Bildergalerie den Gang entlang oder die Treppe hoch.
Ich habe noch die alten legendären Perkin-Elmer-Kalender - mit Kristallaufnahmen von einem gewissen Olaf Medenbach...
Hallo Werner,
Kalender wird noch etwas dauern, Vollzeit-Mikroskopiker bin ich leider keiner. Aber das eine oder andere Foto hätte ich schon, siehe z.B. die "Goldtruhe" in Abb. 11.
Wer übrigens mit den Originalaufnahmen spielen möchte, hier ist ein Link zu den ursprünglichen Dateien, die Ausgangspunkt für das obige Beispiel waren:
https://photos.app.goo.gl/UYkLCSQ39SimKMBU6 (https://photos.app.goo.gl/UYkLCSQ39SimKMBU6)
https://photos.app.goo.gl/eh2RFFNr4Ekur5nL9 (https://photos.app.goo.gl/eh2RFFNr4Ekur5nL9)
https://photos.app.goo.gl/eBLMCDWw8ziDmd3a8 (https://photos.app.goo.gl/eBLMCDWw8ziDmd3a8)
LG
Jürgen
Das Kolorieren hat nicht nur mit Ästetik zu tun. Farbe ist in jedem Fall ein Erkenntnisgewinn, nämlich sogar mehrere zusätzliche Informationsebenen, und ist leicht zu erfassen.
Deshalb werden ja auch Textmarker gekauft.
Besonders krass fällt das bei den alten Schnittmuster"tapeten" auf. Die rein schwarzen waren nur an der Strichtextur zu unterscheiden, Mama mußte sich sehr konzentrieren, um auf der Linie zu bleiben. Die mehrfarbigen waren da ein großer Fortschritt.
Gruß - Werner
Hallo,
ich empfinde es schon als Aufwertung, wenn man in ein REM-Bild die Erfahrungen anderer Bildgebungsverfahren wie z.B. die Hellfeld-Lichtmikroskopie einfließen lässt. Das ist, wenn es gut und gewissenhaft gemacht ist ja so ähnlich wie ein Stäck in der Lichtmikroskopie, wo ich die Informationen mehrerer Aufnahmen zu einer verschmelze. All diese Verfahren bergen die Gefahr von Artefakten. Letztlich gilt das aber auch schon für eine einfache Aufnahme im Lichtmikroskop, wo ich schon sehr viele Einstellmöglichkeiten habe wie z.B. die Kontrastregelung über die Aperturblende oder den Weißabgleich der Kamera, von den technischen Begrenzungen des Chips ganz zu schweigen. Letztlich zeigt jedes Bild immer nur Teilaspekte der Wirklichkeit, nie die ganze Realität, sonst wäre es kein Bild, sondern die Realität selber und das Foto von einem Parasiten infektiös. 8)
LG Gerd
Lieber Werner,
"You made my day"
:) :) :), Olaf
Hallo Jürgen,
ich habe mich 30 Jahre mit REM von pathogenen Bakterien beschäftigt. Zu Beginn wurden die SW-Aufnahmen gerne genommen, jedoch später wollten die Journale gerne farbige Cover Titel oder auch eingefärbte REM Aufnahmen in den Veröffentlichungen (man konnte damit viel mehr Geld generieren).
Ich habe oft folgendes Vorgehen gewählt.
Bild 1: zeigt ein Ergebnis wie man einfärben kann
Bild 2: zeigt die ersten Schritte um das SW-Bild in Helligkeit und Kontrast "aufzupeppen", falls man mit dem Original entstanden mit den REM settings nicht zufrieden war. Die Entfernung des Hintergrundes ist aber nur für Kalender, Zeitungen etc zulässig. In wissenschaftlichen Arbeiten ist dies strikt verboten. Manche Journals fordern die Originale an oder lassen eine Software über die Bilder laufen, um Manipulationen zu erkennen. Man glaubt gar nicht wieviel hier auch in wissenschaftlichen Artikel "gephotoshoped" wird (war selbst 10 Jahre Ombudsman).
Bild 3: man färbt erstmals das gesamte Bild mit der Hintergrundfarbe ein. Herauszuhebende Strukturen werden mit dem magnetischen Lasso freigestellt und eingefärbt. Die gewählte Farbe wird in Photoshop abgespeichert. Eine weitere identische Struktur wird durch das magnetische Lasso freigestellt, die erste Farbe hochgeladen und mit denselben Werten wird diese Struktur eingefärbt. Vorteil: da an den Werten nichts verändert wird, folgt die Farbgebung den Helligkeitsverläufen in ehemaligen SW-Bild, d.h helle Bereiche zeigen eine hellere gewählte Farbe und dunklere Bereiche eine dunklere Farbe. Entspricht somit den Verläufen im SW-Bild.
Um einigermaßen fließende Übergänge zwischen den Farben zu bekommen, kan man im magnetischen Lasso die sogenannte "weiche Kante" auf unterschiedliche Pixelwerte setzen, oft genügt hier 10-15 Pixel zu wählen, um einen guten Übergang zu erhalten (hängt natürlich von der Bildgröße ab).
Bild 4: in dem so eingefärbtem Bild kann man nun auch noch mit Helligkeit und Kontrast spielen oder die anderen Bearbeitungstools verwenden, um das Bild je nach Verwendung "knackiger" zu präsentieren.
Bild 5: mit dem Farbregler in Photoshop kann man letztendlich noch alle möglichen Farbkombinationen erstellen.
Aufnahmen wurden mit einem Zeiss Gemini DSM 962 mit dem Sekundärelektronendetektor (SE) und dynamischem Focus bei 5 KV Beschleunigungsspannung und leicht gekippt aufgenommen.
Zeige in einer anderen Antwort noch mal ein Beispiel, warum Einfärben eines SW-Bildes einen leichteren Zugang zu einem Bild für den ungeübten Betrachter bietet (muss ich erst noch raussuchen :D).
Schönen Sonntag
Manfred
Hallo Jürgen,
hier mein 2. Beispiel (entgegen meiner Erwartungen die Bilder doch schnell gefunden).
Der Versuch beinhaltete die Fragestellung, können Streptokokken (hier Streptococcus pyogenes) über die Endothelbarriere in den Blutgefäßen wandern oder nicht. Das SW-Bild zeigt das Versuchsergebnis in der Maus. Für den ungeübten Beobachter, der nicht mit der Materie betraut ist, ist es sehr schwer Streptokokken in dieser Übersichtsaufnahme zu erkennen. Im eingefärbten Bidl ist es jedoch ein leichtes die Streptokokken als rötlich eingefärbte Bakterien im umliegenden Gewebe zu erkennen, d.h die Bakterien können über die Endothelbarriere wandern. In der Mitte des Bildes ist die Mausvene mit den roten Blutkörperchen (auch rötlich eingefärbt) zu erkennen. Hier findet man keine Streptokokken mehr.
Wie auch schon Werner geschrieben hat, sehe ich hier einen beträchtlichen Erkenntnisgewinn durch das Einfärben des SW-Bildes durch das richtige Zuordnen der sichtbaren Objekte im REM-Bild.
Schönen Sonntag
Manfred
Hallo Manfred,
sollten Streptokokken nicht bevorzugt in Kettenform auftreten?
LG Gerd
Hallo Gerd,
das kommt ganz auf die umgebenden Wachstumsbedingungen an. Im Gewebe zwischen den Zellen gibt es nicht so viele Nährstoffe und man findet nur sehr kurze Ketten. Gilt übrigens auch meist für intrazelluläre Streps in den invadierten Wirtszellen. Zieht man die Streptokokken hibgegen in Vollmedium an, erhält man sehr lange Ketten bis zu 100 Bakterien in einer Kette. Je nach verwendetem Vollmedium kann man Ketten von unterschiedlicher Länge erzeugen.
Schönen Restsonntag
Manfred
Hallo Jürgen
Es gibt bei dieser Aufgabe überhaupt keinen Grund auf LR zurück zu greifen, mit Photoshop bist du richtig, Zeit sparen kannst du mit einem Retusche-Display. Nicht gerade kostengünstig aber super 🤩
Die Ebenentechnik ist die richtige Wahl, zur Feinabstimmung wählt man als letzte Ebene die selektive Farbkorrektur ...
In Weinberg habe ich ein 16" Retuschedisplay als 3. Bildschirm. In Wien habe ich seit Homeoffice dazu keinen Platz.
Du kannst gerne vorbeikommen, wenn du ein Wochenende frei hast
Liebe Grüße
Gerhard
Zitat von: MikroManni in November 20, 2022, 11:30:10 VORMITTAG
Wie auch schon Werner geschrieben hat, sehe ich hier einen beträchtlichen Erkenntnisgewinn durch das Einfärben des SW-Bildes durch das richtige Zuordnen der sichtbaren Objekte im REM-Bild.
@Manfred, danke für's Zeigen Deiner Bilder und Deiner Methode! Speziell die colorierten Streptokokken in der Maus finde ich ein sehr gutes Beispiel dafür, dass Farbe hilft, eine "Message besser rüberzubringen".
@Werner, das Textmarker-Beispiel leuchtet ein. Allerdings hoffe ich, dass die colorierten REM-Bilder irgendwann nach mehr ausschauen als nur "mit Textmarker übermalt".
@Gerd, Deine Anmerkungen zur Abbildung der Wirklichkeit in der Mikroskopie sind sicher richtig. In einem Forum für Hobby-Mikroskopiker darf man da recht weite Grenzen setzen, in meinen Augen. Was gefällt ist erlaubt, infektiös wird auch der realitätsnäheste Brombeerrost nicht werden.
@Gerhard, so ein Retuschedisplay wäre ene feine Sache, muss ich mir einmal bei Dir anschauen. Im Moment habe ich nur ein 13"-Notebook mit einem guten Stift. Maskieren ist zwar mühsam, aber mit ausreichend Geduld kommt man voran. Das Einfärben mit Photoshop ist schon herausfordernder, mit den endlos vielen Möglichkeiten, die es da gibt.
Inzwischen habe ich ein paar weitere Einfärbestrategien ausprobiert, vor allem die "Gradient Maps" finde ich aktuell sehr nützlich, siehe Anhang. In dem Fall habe ich auch zusätzlich ein BSD-Bild eingeblendet, um die Blatthaare etwas attraktiver zu gestalten.
LG
Jürgen
Liebes Forum,
ich hoffe, alle hatten erholsame Feiertage. Wetterbedingt fällt für mich aktuell die Winter-Outdoor-Saison teilweise aus, da bleibt Zeit für alle möglichen alternativen, lange aufgeschobenen Indoor-Beschäftigungen. Unter anderem mache ich mit meinen REM-Colorierungen weiter, untenstehend ein Produkt dieser Aktivitäten (Pollenkörner des Wiesensalbeis).
LG
Jürgen
Hier noch der Werdegang dieses Bildes. Die erste Aufnahme zeigt das Originalbild (Sekundärelektronenaufnahme, 3072x2304 Pixel).
(1) Im ersten Schritt (Bild 2) habe ich die Tonwerte angepasst, um etwas mehr Kontrast zu bekommen.
(2) Danach wird es etwas mühsamer (Bild 3). Als Korrekturebene habe ich eine Verlaufsumsetzung gewählt und eine passende Maske erstellt, mit der die einzelnen Pollenkörner freigestellt werden. Den dunklen Bereichen habe ich ein kräftiges Rot zugewiesen, um etwas Farbe ins Bild zubringen. Die Mitteltöne bekamen ein Gelb, und die hellen Bereiche blieben Weiß.
(3) Die Furchen auf den Pollenkörnern bekamen eine eigene Verlaufsumsetzung mit dazugehöriger Maske, der gewählte Farbton schwankt zwischen Blau und Violett (Bild 4).
(4) Schließlich wurde noch der Hintergrund selektiert und mit einem dunklen, blau-grünen Farbton coloriert (Bild 5).
Den größten Aufwand macht, wie zu erwarten, das Freistellen der einzelnen Bereiche. Photoshop bietet da endlos viele Möglichkeiten, ganz optimal habe ich das noch nicht gelöst. Bleibt also noch einges zum Üben für die nächsten Versuche.
LG
Jürgen
Hallo Jürgen
Toll, das schaut doch schon wirklich gut aus. Ein kleiner Verbesserungsvorschlag bezüglich Hintergrund, ich wurde ihn auf unter L=8 legen, dort findest du zeichnungsloses Schwarz. Tiefe Grautöne wirken verschmutzt - ja, sieht man nicht auf allen Bildschirmen.
L = Grauachsen vom Lab Farbmodell, dem internen Rechenmodell von Photoshop und allen restlichen professionellen Bildbearbeitungs-Software-Programmen. Von 0 bis 15% liegt Schwarz im Farbraum
Liebe Grüße
Gerhard
Hallo Gerhard,
danke für den Hinweis auf den Lab-Farbraum. Entsprechend habe ich in meinem Photoshop jetzt das Info-Feld adaptiert, damit statt CMYK die Lab-Werte angezeigt werden. Der Hintergrund des Bildes ist eigentlich nachtblau auf meinem Photoshop-Monitor. Beim Umwandeln in JPEG und Anzeigen im Forum geht das Blau aber ziemlich verloren.
Ich werde bei den nächsten REM-Aufnahmen auch andere Substrate ausprobieren. Aktuell verwende ich die leitfähigen Klebe-Tabs, die aber teilweise eine recht undefinierte Oberfläche haben, was dann bei der Bildbearbeitung stört.
Das Substrat ist relevant, da ich meistens den tatsächlich verwendeten Hintergrund beibehalten möchte. Ein nach Freistellen eingefügter künstlicher Hintergrund ist in meinen Augen nicht immer passend.
Beim Freistellen hat sich auch gezeigt, dass große Bilder (=hohe Anzahl von Pixel) das Leben einfacher machen, was natürlich keine Überraschung ist. Bei den nächsten Aufnahmen werde ich deshalb die Bildauflösung erhöhen, auch wenn das auf Kosten der Rauschfreiheit geht. Das Rauschen bekommt man vermutlich in der Bildbearbeitung ganz gut in den Griff mit den richtigen Softwarewerkzeugen.
LG
Jürgen
Hallo Jürgen,
ich bin aktuell eher seltener hier im Forum, deshalb habe ich deinen Beitrag jetzt erst bemerkt.
Ich freue mich, dass hier ein neuer REMmer aktiv ist und dann noch mit Colorierung!!
Du hast ja in rasender Geschwindigkeit sehr schöne Colorierungen hinbekommen, dass hat bei mir viel länger gedauert. Weiter so.
Hier kannst du mal nachschaen ... aber vieles davon hast du ja schon "drauf" https://www.youtube.com/playlist?list=PLKq6GUpBc9MB2pelwvL0smpX0WKolnFm-
Die schwierigste Farbe, ein leuchtendes Gelb hast du auf Anhieb hinbekommen. Gratulation! Das A&O für leuchtende, saubere Farben sind die richtigen Tonwerte .... aber wem schreibe ich dass ;)
Ich würde dir empfehlen, bei der Aufnahme die Tonwerte nicht nach deinem ästhetischen Empfinden einzustellen sondern die kontrastarme, flaue Variante, damit du für PS erstmal alle Tonwerte im Bild hast.
Die Freistellerei mit entsprechend angepassten Kanten ist echt Fleißarbeit, hier bin ich auf das gebührenpflichtige PS umgestiegen, da der Hand-Freisteller dort viel "intelligenter" ist.
Wenn du dabei bleibst, dann prophezeie ich dir, du wirst die Welt mit anderen Augen sehen und wirst erkennen, wie du zuvor die Schönheiten im Detail einfach "übersehen" hast ;)
Ich schaue nun viel bewusster bei allem natürlichen Objekten auf deren Farbkombination, Farbübergänge und Farbharmonien, schaue auf die Schattenwürfe und den emotionalen Gesamteindruck und das alles ohne etwas illegales geraucht zu haben ;D ;D
LG
Bernd
Zitat von: bernd552 in Dezember 29, 2022, 19:07:03 NACHMITTAGS
Wenn du dabei bleibst, dann prophezeie ich dir, du wirst die Welt mit anderen Augen sehen und wirst erkennen, wie du zuvor die Schönheiten im Detail einfach "übersehen" hast ;)
Ich schaue nun viel bewusster bei allem natürlichen Objekten auf deren Farbkombination, Farbübergänge und Farbharmonien, schaue auf die Schattenwürfe und den emotionalen Gesamteindruck und das alles ohne etwas illegales geraucht zu haben ;D ;D
Hallo Bernd,
das Lob vom Profi freut mich natürlich sehr und motiviert am Ball zu bleiben! Das Spielfeld für diesen Ball ist ja ziemlich groß: Auswahl des Objektes, Probenpräparation, Wahl der Detektoren und Aufnahmeparameter am REM, richtige Perspektive bei der Aufnahme, Maskieren und Farbgebung, da raucht der Kopf ganz ohne chemische Zusätze!
Und wie Du sagst, ohne genaues Hinsehen und Liebe zum Detail liegt man schnell daneben. Ich denke (bzw. fürchte), dass bei dem Thema jahrelang keine Langeweile aufkommen wird. Und wenn ich einmal nicht weiterkomme, werde ich gerne um Rat fragen.
LG
Jürgen
Hallo Jürgen,
ich bin weit von einem Profi entfernt und dass ist auch nicht meine Intention aber wenn ich dir helfen kann, jeder Zeit gerne!
LG
Bernd
p.s. der Stefan, der ist ein Profi http://www.nanoflight.info/
Hallo,
ich habe versucht, das in Affinity Photo hinzubekommen.
Dazu dieses Video geschaut:
Affinity Photo - Colouring Black and White Images (https://www.youtube.com/watch?v=2E1iOW_Wfr8)
Basis SW - Farben entfernen(HSL) - Kontraste anpassen - Schatten anpassen - neue Ebene mit Farbe - Blendmode(weiches Licht) - Maske(damit nur das einfärbt wird, was gewünscht ist)
Er verwendet auch noch Gradientmaps, die Farben, nach Helligkeiten zuweisen. Und verweist noch auf eine Internetseite mit Komplementärfarben. Und eine Internetseite mit Gradientenpaletten für verschiedene Themen. Trick bzw. Shortcut um schnell die Farbauswahl wieder auf schwarz/weiß umzustellen.
(nur der Vollständigkeit halber)
https://www.color-hex.com/ (https://www.color-hex.com/)
https://color.adobe.com/de/create/color-wheel (https://color.adobe.com/de/create/color-wheel)
Also das geht sehr schnell und sieht auch noch gut aus.
Aber folgendes. Arbeite ich mit zwei Farben, dann brauche ich auch zwei Masken. Grenzen die Objekte aneinander wie hier der Riss und die Oberfläche vom Pollen,
dann muss man beide Masken ständig per Hand anpassen und nicht nur eine. Wenn das sehr viele Grenzflächen sind, dann wird das Arbeit.
Gibt es dafür eine Lösung, wenn ich die eine Maske verkleinere, dann wird die andere vergrößert und umgekehrt?
Liebe Grüße
Rudolf
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335885_21210914.jpg)
meine Vorgehensweise bei Affinity Photo
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335885_56680499.jpg)
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335885_40362448.jpg)
Hallo Rudolf,
zu Affiinity kann ich nichts sagen, außer dass es offenbar ähnlich mächtige Masken-Tools hat wie Photoshop. In Photoshop habe ich zuerst die Bereiche maskiert, die gelb werden sollen (siehe untenstehendes Bild der Maske). Hilfreich ist da ein drucksensitiver Stift, mit dem geht das deutlich schneller und präziser als mit der Maus.
Danach habe ich die so erstellte Maske auf die Ebene mit den Spalten kopiert und dort invertiert. Dann den Hintergrund schwarz maskiert und die eigentlichen Spaltenbereiche mit dem Pinsel etwas aufgehübscht. Man hat dann zwei unabhängige Masken, wie Du richtig schreibst. Aber der Aufwand dafür ist überschaubar.
Übrigens, das originale REM-Bild kannst Du bei Bedarf hier herunterladen:
https://photos.app.goo.gl/zRJh3tkKrdXwwgUj9 (https://photos.app.goo.gl/zRJh3tkKrdXwwgUj9)
LG
Jürgen
Hallo Jürgen,
so sah das bei mir dann auch aus. Nur konnte ich mich lange nicht entscheiden, welches Detail jetzt wo hingehört.
Und dann muss man die Grenzen von beiden Masken verschieben.
Der Tipp mit dem Invertieren ist gut.
Das Pollenbild ist klasse und eine super Idee sich mit dem Einfärben zu beschäftigen.
Übrigens kann man aus einem REM-Bild auch 3D-Bilder generieren.
Man nehme Picolay. Lade das Bild hoch.
Edit/Copy to result window
Edit/Copy to depth map
3D View/--> 3D-Bild erstellen.
Siehe auch http://www.picolay.de/deutsch.htm
3D Bilder betrachten...
Liebe Grüße
Rudolf
Hallo Rudolf,
Picolay interpretiert die Grauwerte des REM-Bilds als Höhenkarte, was zwar ohne großen Aufwand zu 3D-Bildern führt, die aber in den meisten Fällen nicht oder nur sehr bedingt der Realität entsprechen. Man sieht das auch schön an dem von Dir gezeigten Bild.
Wenn man aus REM-Bildern 3D-Informationen auslesen will, sollte man eher Stereobilder erzeugen, entweder duch Verkippen oder durch Verschieben der Probe im REM. In Kombination mit entsprechender Software, die korresponsierende Punkte in den Stereo-Paaren identifiziert, kann man dann echte Höhenmodelle generieren. Ich habe das vor über 25 Jahren beruflich gemacht, und schnell zwei Uralt-Bilder ausgegraben, siehe unten.
LG
Jürgen
Hallo Jürgen,
das Wackelbild ist natürlich etwas schräg. Und die Helligkeitswerte vom Spalt stimmen nicht mehr, denn ich habe sie verändert. Dadurch liegt der Spalt zu tief.
In dem originalen SW-Bild sieht das schon besser aus.
Das Farb-3D-REM-Bild gefällt mir trotzdem richtig gut.
Macht das noch jemand bei REM-Aufnahmen, 3D-Ansichten durch Versetzen zu erzeugen? Eigentlich schade, dass das kein Standard ist.
Man verliert einfach Information und Orientierung, wenn man die 3D-Informationen nicht hat. Und die Bilder überzeugen ja auch deshalb, weil sie so eine hohe Tiefenschärfe haben.
Das Problem ist halt, nur wenige können den Kreuzblick. Also lernen.
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335952_42119052.jpg)
Hallo Jürgen,
was hast du für Strategien zum Einfärben?
Man muß sich schon sehr gut mit der Anatomie/Histologie auskennen, damit man ein Bild sinnvoll einfärben kann.
Erstaunt hat mich auch das Bild von den Sehzellen(www.eyeofscience.de (https://www.eyeofscience.de/)).
Welche Zelle/Sehzelle hat jetzt welche Farbe? Vermutlich wechseln sie sich in einem bestimmten Muster ab.
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335953_43527150.jpg)
Liebe Grüße
Rudolf
Hallo,
die Kreuzblickbilder sind genial - danke dafür!
Freundliche Grüße
Peter
Hallo,
mir ist gerade der Spieltrieb durchgegangen: Faschings-Dino.
Technisch eine Mischung aus Gradienten(blau und rötlich)
und Ebenen(lila und gelb)
Quelle: https://www.mpi-bremen.de/Umwelt-Rasterelektronenmikroskop.html
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335973_56200037.jpg)
Liebe Grüße
Rudolf
Hallo,
noch ein Versuch
3D-Bild in picolay erzeugt. Das Farbbild drüber gelegt(Frequenzgetrennt).
Nicht perfekt, ging ja um die Technik. Das muss dann schon perfekt passen.
Liebe Grüße
Rudolf
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335982_36038289.jpg)
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures013/335982_55909147.jpg)
Hallo Rudolf,
Zitat von: rlu in Januar 03, 2023, 11:06:40 VORMITTAG
Macht das noch jemand bei REM-Aufnahmen, 3D-Ansichten durch Versetzen zu erzeugen? Eigentlich schade, dass das kein Standard ist.
Stereo-REM ist nichts Exotisches, es gibt sogar einige Anbieter von Software-Paketen, die eine quantitative Auswertung solcher Bilder ermöglichen. Dennoch sind lichtoptische Verfahren gebräuchlicher. REM-Aufnahmen erfordern deutlich mehr Aufwand in der Probenvorbereitung und der Bildaufnahme. Zusätzlich ist die maximale Objektgröße im REM recht beschränkt. Viele lichtoptische Verfahren sind einfacher zu benützen und können auch sehr große Bauteile analysieren, was in der industriellen Messtechnik von Vorteil ist.
Zitat von: rlu in Januar 03, 2023, 11:26:19 VORMITTAG
Welche Zelle/Sehzelle hat jetzt welche Farbe? Vermutlich wechseln sie sich in einem bestimmten Muster ab.
Da ist sicher viel Handarbeit für die Maskierung dahinter, und zusätzlich auch einiges an Wissen über Anatomie und Biologie. Für Hobby-Mikroskopie darf es auch etwas einfacher sein, denke ich.
LG
Jürgen
Ich hatte gerade etwas Zeit und habe mich nach längeer Pause wieder etwas mit REM-Colorierung beschäftigt. Untersuchungsobjekt war wieder der Brombeerrost (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=44551.msg328760#msg328760 (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=44551.msg328760#msg328760)), der gerade die neue Sporengeneration produziert.
Ich habe ein kleines Blattstück mit der Schere ausgeschnitten, auf einen Probenteller gegeben und ein paar Tage trocknen lassen. Nach dem Besputtern kam die Probe ins REM, Aufnahmedaten sind in der Bildlegende.
Eine kurze Zusammenfassung meiner bisherigen Erfahrungen:
(1) Bei der Aufnahme ist es besser, recht "milchige" Bilder aufzunehmen, bei denen keine Lichter ausgebrannt sind. Die Kontraste und Tonwerte sollte man besser in Photoshop auf "knackig" einstellen.
(2) Je höher aufgelöst das REM-Bild ist (im Sinne von hoher Anzahl an Pixeln), desto besser lässt sich später maskieren. Lieber etwas mehr Auflösung, auch wenn das Bild dann mehr rauscht. Eine Einzelaufnahme dauert bei mir typischerweise 5-10min.
(3) Die Einstellung der richtigen Tonwerte ist einer der wichtigsten Schritte in der Bildbearbeitung. Teilweise ist es nötig, einzelne Bereiche zu maskieren um die enthaltenen Objekte im Bild kontrastreich darzustellen.
(4) Für die Maskierung ist ein Stift sehr hilfreich. Mit der Maus kommt man irgendwann an die Grenzen einer praktikablen Bearbeitung.
(5) Mit Verlaufsfiltern lässt sich recht einfach die Farbe ins Bild bringen, die Einstellmöglichkeiten sind hier sehr vielfältig.
(6) Eine höhere Anzahl an maskierten Bildebenen hilft, einen natürlicheren Farbausdruck zu erzeugen. Leider ist das mit entsprechender Mehrarbeit beim Maskieren verbunden.
LG
Jürgen
Liebes Forum,
dank warmem Wetter geht die Blütensaison (und somit die Allergiesaison) voll los, und ich habe beim Radfahren diverse Blumen für meine Mikroskopieprojekte eingesammelt.
Pollenmikroskopie passt da perfekt dazu, hier kommen ein paar Ergebnisse zum Wald-Gelbstern (Gagea lutea), der in den Donauauen aktuell recht häufig zu finden ist. Bis jetzt habe ich die Pollen meistens direkt vor Ort mit einem leitfähigen Klebeband auf einen Probenteller gegeben und nach Trocknung und Besputtern ins REM gelegt, siehe folgende Abbildung:
colorierung_abb01.jpg
Man sieht dabei einerseits den störenden unregelmäßigen Untergrund des Klebers, zusätzlich rollen sich die Pollen beim Trocknen zigarrenförmig ein und verlieren ihre ursprüngliche Form (siehe z.B. https://www.paldat.org/pub/Gagea_lutea/304731 (https://www.paldat.org/pub/Gagea_lutea/304731)).
Deshalb habe ich meinen Workflow modifiziert und arbeite mit Kritisch-Punkt-Trocknung (KPT) der Blüten. Nach KPT tupfe ich die Blüten auf kleinen Silizium-Chips (siehe Bild unten) ab, um dort Pollen zu deponieren. Das Silizium gibt einen schönen neutral-grauen Hintergrund ohne störende Unreinheiten.
colorierung_abb02.jpg
Im REM (Tescan Clara, 2keV Elektronenenergie. Sekundärelektronendetektor) sehen die Pollen dann folgendermaßen aus:
colorierung_abb03.jpg
Um ausreichend Puffer für die Bildbearbeitung zu haben, habe ich die Aufnahme mit hoher Auflösung gemacht (8192x6144 Pixel). Wenn man von dieser Aufnahme einen Ausschnitt (grünes Quadrat) in 100%-Ansicht betrachtet, erhält man untenstehendes Bild. Es ist schon erstaunlich, wie das REM selbst feinste Strukturen in diesem kleinen Bildausschnitt noch abbilden kann.
colorierung_abb04.jpg
Um die Aufnahme zu Colorieren, habe ich Photoshop verwendet und nach einer Tonwertkorrektur fünf Masken verwendet, damit die einzelnen Merkmale des Pollenkorns betont werden.
colorierung_abb05.jpg
Ich habe mit Verlaufsumsetzungen gearbeitet, um den jeweiligen Masken Farbverläufe zuzuweisen. Die Masken überblende ich teilweise mit dem "Normal-Modus", teilweise auch in anderen Modi, um einen etwas natürlicheren Farbeindruck zu erhalten (z.B. "weißes Licht", "Farbe", "Dividieren", ..). Das Endergebnis sieht dann so aus:
colorierung_abb06.jpg
LG
Jürgen