Liebes Forum,
obwohl ich schon viele hundert Diatomeen fotografiert habe, bin ich kein Experte. Diese ist mir noch nie untergekommen. Sonst hätte ich mich schon eher an ihr versucht. Sie stammt aus einem Pleurax-Streupräparat von M. Haak, Nieuwe Robbengat, Lauwersoog, NL, ein Brackwasserstandort.
Durch das 40er PlanNeofluar-Objektiv + 1.25x Optovar habe ich im DIC mit ein wenig Hellfeldanteil 4k-Videos auf der Canon 90D aufgenommen (Projektion auf den APS-C-Chip ohne Okular und Kameraobjektiv), wobei die Belichtungszeit manuell auf 1/500 sec bei ISO 400 eingestellt war und sehr langsam mit dem Feintrieb durchfokussiert wurde. Ca. 400 Frames wurden mit FreeVideoToJPG Converter extrahiert, Frames ohne scharfe Strukturen (am Anfang und Ende) wurden gelöscht, so dass am Schluss 300 Frames fürs Stacking zur Verfügung standen. Aufnahme und Bildextraktion dauern pro Video und Stack nicht mehr als 1 min.
4k sind in meinem Fall 3840 x 2160 = ca. 8.3 Megapixel und reichen bei Mikroskop-Objektiven >20x völlig aus, die optisch erreichbare Auflösung einzufangen. Limitierend ist hier das Mikroskopobjektiv. Vorteilhaft ist die hohe Zahl der Schichten. 300 Schichten mag manchen vielleicht sehr viel erscheinen. Man bedenke aber, dass damit in z-Richtung nur 1/10 der Pixel zur Verfügung stehen, die in x- und y-Richtung (Bildbreite und -Höhe) vorhanden sind, und dass gerade bei hochauflösenden Objektiven die Tiefenschärfe sehr gering ist. Schon häufiger habe ich von hervorragenden Fotograf/inn/en Bilderstapel bekommen, in denen wegen zu weniger Schichten nicht alle Strukturen scharf erfasst waren. Man sollte bestenfalls beim Durchscrollen einer Stackingserie von Bild zu Bild kaum Unterschiede wahrnehmen.
Nun zu meiner Kieselalge. Hier wurde der Hintergrund geputzt (alles immer mit PICOLAY), obwohl das bei dem tollen Präparat gar nicht nötig war.
Robbengat_stack.jpg
Verstehen, was man da sieht, kann ich nicht. Die Alge hat offenbar eine komplizierte Morphologie.
Auch die Animation (+/- 6° um die y-Achse) braucht einige Zeit, halbwegs verstanden zu werden...
Robbengat_anim.gif
Deswegen auch noch in 3D (für den Kreuzblick) der Blick von oben
RobbengatSBS_TopView.jpg
und der von unten (nach Drehung der y-Achse um 180°) auf den Stapel:
RobbengatSBS_BottomView.jpg
Für den Blick von unten wurden dieselben Frames verwenden. Allerdings selektiert PICOLAY dabei mit der kürzlich beschriebenen Methode (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=53725.0) im umgekehrten Stapel nicht die Pixel mit der Maximum-Schärfe an jeder Position sondern alle, die einen ausgewählten Minimalwert überschreiten.
Bei all den 3D-Zaubereien bleibt mir aber die Morphologie immer noch unklar. Wie sollen hier Epi- und Hypotheka zusammenkommen? Da ich den Namen der Alge nicht kenne, kann ich auch nicht gezielt nach weiteren Bildern im Netz suchen. Sicher könnt ihr mir da weiterhelfen ;)
Vielen Dank und herzliche Ostergrüße,
Heribert
Hallo Heribert,
sicher ein extrem schwieriges Objekt. Leider kann ich nur das Wackelbild sehen, da ich die üblichen Blickmethoden nicht beherrsche. Insofern weiß ich auch nicht, wie dabei der Seheindruck ist. Bei dem Wackelbild fallen mir allerdings Effekte auf, die ich für "Fehler" halte. Es sieht ja an den markierten Stelle aus, als sei da etwas "abgebrochen".
Herzliche Grüße
Peter
Lieber Heribert,
früher hieß sie Amphiphrora alata. Nun Entomoneis alata.
Tolle Bilder!!!
lG
Anne
Hallo Peter,
ZitatEffekte auf, die ich für "Fehler" halte. Es sieht ja an den markierten Stelle aus, als sei da etwas "abgebrochen".
die Brüche entstehen zwangsläufig, da hier ganz oben und ganz unten liegende Strukturen in der Tiefenkarte, auf der die Animation beruht, nebeneinander liegen.
Robbengat_depthmap.jpg
Man kann sich die Tiefenkarte wie ein dünnes (1 Pixel dick) Gummituch vorstellen, das über die Struktur gespannt wird. Da ist es dann sehr steil und wenn man dass Objekt dreht, kann mal an einer, mal an der anderen Seite etwas durch die hellgrünen (oberen) Strukuren verdeckt werden...
P.S.
Nachdem ich den Namen bekommen habe, konnte ich auch Bilder dazu finden. Unter diesem
Link (https://images.fineartamerica.com/images-medium-large-5/1-amphiprora-diatom-steve-gschmeissner.jpg) ein Bild der Alge. Dort rechts im Knick käme es bei Verdrehung auch zu 'Brüchen'...
Es wäre vielleicht ganz nett, wenn du deine Kopiebilder nicht größer als meine Animation machen würdest.
Liebe Anne,
Danke für die Aufklärung! Übrigens, den Tipp zu dem Präparat habe ich von dir im Mikro-Café gesehen - vielen Dank auch dafür!
Heribert
Hi Heribert, that is indeed a nice test subject for your stacking program. With a SEM it is much easier to make sense of it ;)
Best, René
There might actually be a reason for the 'fault' in your images: the edge of the mantle is folded up and that's what probably messes up your stack. If you know what to look for, you can find it back in LM images.
Apologies for these gruselige images, it is from the Phenom desktop SEM era. I must repeat it sometime with my current setup!
Best, René
Hallo Rene,
so sieht man die Struktur gut.
2026-04-06 01_14_27-.jpg
2026-04-06 01_14_16-.jpg
Vielleicht weniger Bilder nehmen ~7 und mit den Parametern spielen zum Testen?
Das semitransparente müsste raus.
Vielleicht mehr von oben?
Liebe Grüße
Rudolf
Thank you Rene,
this helps so much!
Rudolf,
hmm, Rene´s Bilder sind nicht gestapelt sondern am REM gemacht, wie soll er da weniger Bilder nehmen und mit den Parametern spielen? Er hat doch geschrieben es ist mit einem Desktop REM vor längerer Zeit gemacht.
lG
anne
Hallo Anne,
nach mehreren Leerzeilen geht es um PICOLAY, weil man in dem Programm oft die optimalen Parameter finden muss.
Deshalb weniger Bilder, dann kommt man schneller zu einem Ergebnis.
Bei der Entwicklung von Software sollte man seine Testdaten auf das Wesentliche reduzieren.
Liebe Grüße
Rudolf
Hallo Rudolf,
dann habe ich das wohl missverstanden, Leerzeilen zu interpretieren war mir bisher unbekannt.
Heribert freut sich sicherlich über Deinen fachlichen Kommentar.
lG
Anne
Lieber Rene,
danke für die Bilder - sehr hilfreich!
Anne, du sprichst mir aus dem Herzen!
Lieber Rudolf, du erst recht ;)
Geschwindigkeit ist keine Hexerei - mit 7 Bildern geht Stacking vielfach schneller. Die Semitransparenz sollte raus, das soll doch möglichst aussehen wie im REM! Und wir alle sollten uns auf das Wesentliche reduzieren!!!
Herzliche Grüße,
Heribert
Liebes Forum,
hier noch einige Bilder (Stereo oder animiert), die zeigen wie verschiedene diese geflügelte (lat. alata) Diatomee aussehen, kann. Aber auch die glasartige Transparenz ist zu erkennen...
Hier die Ansicht von unten (mit der neuen PICOLAY-Methode) angewendet auf denselben Stapel, den ich oben schon einmal gezeigt hatte. Hier versteht man die Morphologie viel besser:
EntomoneisBottomViewSBSx50.jpg
Nun eine Ansicht, die den von Rene gezeigten REM-Bildern ein wenig ähnelt, aber mit Transparenz, die eben nur im Lichtmikroskop sichtbar bleibt:
EntomoneisBottomSBS_2.jpg
Hier eine von vielen Formvariationen auf dem Präparat, auch transparent. (Ich weiß nicht, ob die Variationen Artefakte durch die Präparation in Pleurax sind oder natürlich auftreten):
EntomoneisBottomSBS_30Prz.jpg
Die Animation war etwas zu groß fürs Forum, deshalb nur als Link (http://www.picolay.de/forum/Entomoneis3_anim.gif).
Viel Spaß beim Ansehen!
Heribert
Hallo Heribert,
entspricht das dem realen Bild der Diatomeen oder bricht dort an den mit blauen Pfeilen markierten Stellen der dahinterliegende stärker getönte Bereich durch?
Es sieht so aus als wäre da ein Loch.
Auch ein Grund, warum ich gerne große Bildreihen zusammenfasse auf wenige Einzelbilder ist der, dass man dann leichter händisch Fehlstellen, Fehlinterpretationen korrigieren kann. Die Helicon-Leute machen ja nichts anderes in ihrem Leben{;-)}, indem sie die Bereiche an den denen die Software nicht richtig arbeitet, diese mit den richtigen Layern korrigieren.
2026-04-10 10_25_37-Präsentation2 - PowerPoint.jpg
grüner Pfeil, fehlt da was. Das sind für mich zwei unterschiedliche Bereiche, aber kein 3D. Ich meine die nach unten laufende Linie vom linken Bild.
Der Rest vom Bild scheint OK
2026-04-10 10_49_27-Präsentation2 - PowerPoint.jpg
Liebe Grüße
Rudolf
Außerdem glaube ich, dass PICOLAY einzigartig ist.
Fast schon eine Verschwendung bei grauen Diatomeen. :-). Ich hab's lieber bunt.
Man sieht Dinge, die man sonst so nicht sehen kann, nicht erkennen kann.
Ich habs ja jetzt schon genau beieinander wie man im Bayrischen sagt, dann is eh scho egal.
Dieser Index Fehler wenn man das erste Bild löscht. Mehrere Bilder mit der Maus selektieren und bearbeiten. Abbrechen von langen Stacking-Läufen. Das Programm im Hintergrund halten. Malen über den Bildrand hinaus. Mehrfaches rückgängig machen. "Picolay Image Enhance" zurücksetzen auf die Grundparameter; und noch ein paar mehr. Das würde das Programm noch benutzerfreundlicher machen...
Hello Rudolf, there are internal silica bridges present, clamping both sides of the keel. Sometimes from the outside, it looks like an Indentierung, so you might be right.
Best, René
Lieber Heribert,
wenn auch verspätet so hier doch auch von mir ein ganz herzliches Dankeschön für die schönen 3D-"Schielbilder". Welch Wohltat im Vergleich zu den schrecklichen Anaglyphen-Bildern!
Beste Grüße,
Olaf
here are some more SEM images shwowing the internal architecture of the valve, with a clear view of the internal bridges in the keel (fibulae).
Best wishes, René
Hello Rene,
Very interesting Pics.
I don't know how nature can create something like this. It's a mystery to me!
Thanks for sharing the pictures.
Greetings
Michael
Hello Rene,
The Ark wasn't a wooden ship like Noah's in the Bible, but a small diatom with ribs—just kidding.
Your photos are great, and they also help us better understand the structure of these complex diatoms. But an SEM isn't a "jack-of-all-trades."
You can't use a SEM to look into different layers. And with Picolay and a microscope, you have the ability to view these layers simultaneously.
Now there are two areas of application, as I see it. These are macro photographers, who mainly want to capture surfaces. And the specialized field that Picolay covers with semi-transparent layers and their 3D representation. Of course, Picolay can do even more.
The question with this complex structure is whether deeper contrast differences cause the outer surface to fade out. That should be checked. That's why I've included the images with the arrows.
And another question is if one tool can/should fit all purposes.
German
Die Arche war kein Holzschiff vom biblischen Noah, sondern eine kleine Diatomeen mit Spanten - Scherz beiseite.
Deine Aufnahmen sind toll und sie tragen auch dazu bei den Aufbau dieser komplexen Diatomeen besser zu verstehen. Aber ein REM ist keine "EierlegendeWollmilchsau".
Man kann mit dem REM nicht in verschiedene Schichten reinblicken. Und mit Picolay und der Lichtmikroskopie hat man die Möglichkeit, diese Schichten gleichzeitig zu sehen.
Jetzt gibt es zwei Anwendungsfelder so sehe ich das. Das sind die Makrofotografen, die hauptsächlich Oberflächen wollen. Und der Spezialbereich den Picolay abdeckt mit semitransparenten Schichten und deren 3D Darstellung. PICOLAY kann natürlich noch mehr.
Jetzt ist die Frage bei diesem komplexen Gebilden, ob nicht tieferliegende Kontrast-Unterschiede zum Ausblenden der äußeren Oberfläche führen. Das sollte man prüfen. Deshalb habe ich die Bilder mit den Pfeilen eingestellt.
Und eine weitere Frage ist, ob ein einziges Werkzeug für alle Zwecke geeignet ist oder sein sollte.
Liebe Grüße
Rudolf
Hello Rene,
these images are sooooo great!!!
best
anne
Certainly, Rudolph. It does feel a bit like rinsing the beasty clean to (only) study his bones.
Every semmer gets the respect for color and live cells back quickly, after the initial wow.
Jack of all trades? Ha, that would be a nice dream.
That said, my instrument can actually look round the corner, although imaging the nucleus might be a bit too much to ask for my machine.
Best, René
And thank you, Anne
Lieber Rudolf,
ZitatIch habs ja jetzt schon genau beieinander wie man im Bayrischen sagt, dann is eh scho egal.
Seit 20 Jahren bin ich dabei PICOLAY zu entwickeln. Und bin wirklich dankbar für Nutzer-Hinweise auf Fehler, da sie mir sehr helfen, das Programm zu verbessern. Ob dabei Rundumschläge im öffentlichen Forum besonders hilfreich sind, kann man in Frage stellen. Eher helfen persönliche Nachrichten, in denen einzelne Problemsituation mit konkreten Informationen und Bildern unterlegt sind. Und das hast du ja auch öfter schon gemacht, auch wenn ich nicht immer alle Wünsche umsetzen kann...
Heute habe ich auch wieder eine neue Version hochgeladen, in der zwei Fehler behoben sind, die mir bei dem folgenden Posting zu Renes REM-Bildern aufgefallen sind.
Vielen Dank und herzliche Grüße,
Heribert
Dear Rene,
thank you so much for the SEM details! This is of course far beyond of what a light micrsoscope can show.
But did you - and everybody else - know that a single SEM image can easily (with two clicks in PICOLAY) be transformed into a synthetic stereo image? The method doesn't work always, and is not as correct as the use of well defined depth maps. But quite often - depending on the SEM settings - the luminance of SEM picture is correlated to the distance of structures. And then one can simply try to use the SEM picture as the depth map and to generate 3D images easily.
Work flow:
1. Just load an SEM picture and click above the image window on Edit -> Transform darkness to depth map ...
DarknessToDepthmap.jpg
2. Then click again on Edit above the SEM picture and -> Copy to right window (= stacked image)
Thereafter click 3D view above the right window and generate all types of stereo images...
ImgToDepthMapRL_zax50_pd1_vie3_x0_y0_z0.jpg
Good luck!
Heribert
... hier noch die Version für die Anqglyphenbrille dazu:
pyrecy_zax50_pd2_vie3_dst8_x0_y0_z0.jpg
Liebe Grüße,
Heribert
@Rene: Sehr eindrucksvolle Aufnahmen, danke für's Zeigen!
@Heribert: Picolay ist ein sehr mächtiges Werkzeug. Finde ich super, dass Du das für alle verfügbar machst.
Bezüglich des Ansatzes "Shape from Shading" bei REM-Aufnahmen muss man allerdings beachten, dass die Luminanz/Helligkeit eines Bildpunktes durch mehrere Faktoren beeinflusst wird:
(1) Durch die Entfernung eines Punktes zum Detektor
(2) Durch die Neigung einer Fläche in Bezug auf die Richtung zum Detektor
(3) Durch den Kantenradius (Blitzableitereffekt)
(4) Durch die Elementverteilung an der Probenoberfläche (Materialkontrast)
Wenn man nur (1) für die 3D-Rekonstruktion heranzieht, wird man zwangsläufig Artefakte bekommen. Man sieht das zum Teil auch in dem Anaglyphenbild, wo beispielsweise die Höhe der Rippen (vermutlich?) überbetont wird.
LG
Jürgen
Hallo Jürgen,
deinen Kommentar kann ich nur bestätigen. Die Methode liefert keinesfalls quantitativ verwertbare Tiefendaten, wie etwa eine beim Stacking mit definierten Schritten gewonnene Tiefenkarte. Und je nach dem untersuchten Objekt und den REM-Einstellungen funktioniert sie oft auch gar nicht. Aber manchmal ist sie verblüffend gut :)
LG
Heribert
Hello Heribert, thanks for this tip, it does indeed give a good feeling of depth! I've started playing with it, and noticed that it works well for this image because the details are quite big. If there are pinpoint pores in the image, the result goes weird.
I will start another topic on it, as it has nothing to do anymore with Entomoneis.
Best wishes, René
Hallo Heribert,
kannst du schon was zu den beiden Bildern sagen?
Sind das Artefakte?
Oder einem tieferliegenden stärkeren Kontrast geschuldet?
2026-04-13 08_32_01-.jpg
2026-04-13 08_30_40-.jpg
Liebe Grüße
Rudolf
Lieber Rudolf,
ich weiß jetzt nicht, ob du den Kreuzblick wirklich beherrscht. Im oberen Bild sieht man durch den nach oben stehenden Kamm auf die Streifen des stärker kontrastiertes 'Flügels'.
Im unteren schimmern die durch Renés REM-Bilder gut belegten dunklen 'Löcher' durch.
In beiden Fällen heißt das Stichwort dazu Transparenz, von der du ja nach einem Kommentar weiter oben wenig zu halten scheinst, die aber Diatomeenschalen durchaus zu eigen ist.
Mit bestem Gruß,
Heribert
Hallo Heribert,
doch ich halte sehr viel von der Transparenz, deshalb bin ich ein Fan von Picolay.
Die Armleuchteralge/Charales war eine Erleuchtung.
Davon gibt es auch ziemlich viele Bilder von mir.
Ich versuche, wo ich kann, die Werbetrommel für Picolay und 3D zu drehen.
Du hast fantastische Arbeit geleistet.
Es geht mir darum, ob ich was finde, was Picolay verbessern könnte.
Ich habe geschrieben, dass es grundsätzlich zwei Vorgehensweisen gibt.
1. Makrofotografie, wo es nur um Oberflächen geht.(Erweiterung der Tiefenschärfe, REM Bilder von Diatomeen, Insekten, Uhren alles andere)
2. Semitransparente Oberflächen und Volumina und 3D. Das Steckenpferd von Picolay. Damit versteht man überhaupt die Lage im Raum und die Bilder werden auch schärfer.
Dass ein Programm beides gut kann - vielleicht, nein.
Helicon kann nicht, dass habe ich heute wieder probiert, so gut mit Tiefen-Karten umgehen. Das funktioniert nicht, wenn ich sie nach Picolay lade. Auch die 3D-Umwandlung ein Grauen. Ein Nebenschauplatz.
Vielleicht kann ich den Kreuzblick nicht, aber für mich schaut es so aus, als hängt der Kamm im zweiten Bild in der Luft. Im ersten stimmen die Strukturen und Linien nicht.
Wie heißt der Thread "mit schwieriger Morphologie..."
Da ich der einzige bin, dem das so auffällt, dann liegt es vermutlich an mir.
Sicher kann man es nicht sagen, weil man dazu die Original-Bilder-Reihen bräuchte.
Liebe Grüße
Rudolf