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Bibliothek => Software => Thema gestartet von: MartinV in November 11, 2018, 19:57:58 NACHMITTAGS

Titel: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in November 11, 2018, 19:57:58 NACHMITTAGS
Hallo!

Ich habe ein kleines Programm geschrieben, das ein Lineal in ein Bild zeichnen kann, und möchte es hier zur freien Verfügung anbieten.

Es läuft auf Linux und benötigt Imagemagick (https://www.imagemagick.org). Grundsätzlich sollte es auch auf Windows nutzbar sein. Bei Interesse teste ich das aus und beschreibe, wie man es auch auf Windows zum Laufen bringt.
Es läuft auf Linux, MacOS und Windows.
Außerdem gebraucht wird  ImageMagick (https://www.imagemagick.org), das es für alle drei Systeme gibt.
Für Windows wird außerdem Cygwin gebraucht, die Installation und Bedienung wird etwas weiter unten im Thread (https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=32742.msg241681#msg241681) beschrieben.

Programm: imgruler (https://raw.githubusercontent.com/mviereck/microscopy-tools/master/imgruler)

Zwei Beispielbilder:
(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures009/241533_66622070.jpg)

(https://www.mikroskopie-forum.de/pictures009/241533_45203171.jpg)

Linux Benutzer dürften sich schnell damit zurecht finden. Windows Nutzer, die mit der Befehlszeile nicht vertraut sind, werden es eher gewöhnungsbedürftig finden, da es keine grafische Bedienung für die Maus hat.

Ausgabe von `imgruler --help`:

Draw a ruler into an image.
Usage: imgruler [OPTIONS] [IMAGENAME]

Does not overwrite source file IMAGENAME.
Multiple IMAGENAMEs or wildcards * ? can be given. (E.g. pic*.jpg)
Without IMAGENAME a new image with a ruler only will be created.

Needs convert utility from ImageMagick.

Options: All options expect an argument.
Without options (or -h only) this help is displayed.
     
-u   Real world size [and unit] of one element. Example: 5µm
      Default: 10
-w   Pixel width of one element.
      Floating values like 7.4 are allowed. Element line positions
      will be rounded within the full ruler length. Default: 10
-h   Pixel height of one element. Ruler height will be 5 times this height.
      Default: Same as element width.
-n   Number of elements of the ruler. Determines its length. Default: 100
                 
-x   X position of ruler. Default: center of image.
-y   Y position of ruler. Default: bottom of image.

-c   Color of ruler. Default: black. Possible e.g. white, red.
-p   Font point size. Default: twice the element height.
-f   Font to use. Get a list with:  convert -list font | grep 'Font:'
-b   Background color of empty ruler images.
      Default: white. Possible e.g.: transparent
                   
-m   Run with a predefined calibrated parameter set.
      (Define your own parameter sets in imgruler_calibrated().)
                 
-o   Output file.
      Default: Source file with 'ruler_' added before file name.
      Default without source file: ruler.jpg
      Option makes only sense with not more than one source file.



Die wichtigsten Optionen sind:
-u   5µm       Das Maß einer Linealeinheit
-w  7.48       Breite einer Linealeinheit in Pixel. Nachkommastellen sind erlaubt. (Wird passend gerundet, Nachkommastellen nötig für exakte Gesamtlänge des Lineals).
-n 40            Anzahl von Linealeinheiten = Länge des Lineals

Standardmäßig wird das Lineal in der Bildmitte unten plaziert.  Mit weiteren Optionen können z.B. Position, Schriftgröße und Farbe geändert werden.
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: WStephan in November 14, 2018, 14:59:49 NACHMITTAGS
Hallo Martin,
das sieht sehr vielversprechend aus.
Vielleicht läuft das Script ja auch auf dem Mac wenn ImageMagick installiert ist.

Grüße
Werner
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in November 14, 2018, 15:15:09 NACHMITTAGS
Hallo Werner,

ja, ziemlich sicher läuft das Skript auch auf einem Mac. Daran habe ich vorher gar nicht gedacht.
Es ist ein bash-Skript, und soweit ich weiß, hat auch Mac ein bash-Terminal.

Auf Windows kann man z.B. mit Cygwin (https://www.cygwin.com/) ein bash-Terminal bekommen.

Imagemagick gibt es für Windows, Mac und Linux.

Gruß, Martin
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: WStephan in November 15, 2018, 07:04:37 VORMITTAG
Hallo Martin,
auf dem Mac läuft das Skript wie befürchtet nicht ohne Anpassungen.
OSX basiert halt auf BSD und unterscheidet sich in Details von Linux.
Wenn ich es dort lauffähig habe lasse ich Dir die Änderungen zukommen.

Grüße
Werner
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: Florian D. in November 15, 2018, 08:57:30 VORMITTAG
Hallo Martin,

sehr schön, danke!

Im Prinzip sollten Bash Skripte das ja auch unter Window 10 und neuer in der Powershell laufen.
Vielleicht mag das ja mal jemand, der mit diesen Betriebssystemen freiwillig arbeitet, ausprobieren.

Gruss,
Florian
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in November 15, 2018, 10:46:42 VORMITTAG
Hallo Werner,

Danke, daß Du das Skript auf Mac testest und anpaßt! Wenn Du mir sagst, an welchen Stellen das Skript auf OSX hängt, kann ich ggf. auch alternative Schreibweisen entwickeln.

Hallo Florian,

Auf Windows 10 wird es nicht in der Powershell, aber sicher in WSL laufen (Windows Subsystem für Linux, auch "Ubuntu für Windows" genannt).
Da WSL noch in Entwicklung ist und nicht auf jedem Windows zur Verfügung steht, halte ich das altbewährte Cygwin zur Zeit für die bessere Wahl. Gehen tut beides.
Ich habe ein Windows in VirtualBox, ich werde es mal ausprobieren.

Gruß, Martin
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in November 15, 2018, 13:11:03 NACHMITTAGS
Ich habe einen Test auf Windows mit Cygwin gemacht. Leider ist Windows bei mir in einer virtuellen Maschine grauenhaft langsam, so daß ich nicht ausführlich getestet habe. Aber gute Nachricht: Es geht!

Installation:
1. Cygwin (https://www.cygwin.com/) installieren
2. Imagemagick (https://www.imagemagick.org/) installieren.
3. imgruler (https://raw.githubusercontent.com/mviereck/microscopy-tools/master/imgruler) herunterladen und im Ordner C:/cygwin64/bin speichern.

Benutzung:
Cygwin starten. Es öffnet sich ein bash-Terminal.
Eingeben:

cd /cygdrive
ls

Jetzt sollten die Laufwerke des Computers sichtbar sein, hier "c" und "e".

Hiermit komme ich zu meinen Bilderdateien:

cd /cygdrive/c/Users/Martin/Bilder


Mit dem Befehl "ls" kann ich mir die Dateien anzeigen lassen.
Mit "cd Ordnername" kann ich in weitere Unterordner gehen.
Mit "cd .." kann ich eine Ordnerebene zurück gehen.

Erster Probelauf: Nur ein Lineal zeichnen:

imgruler -u 5µm  -w 7.5  -n 40


Um das Lineal in ein Bild zu malen, einfach den Dateinamen zum Befehl hinzufügen.
Ohne Dateiname entsteht eine neue Datei "ruler.png".
Mit Dateiname ensteht eine neue Datei "ruler_Dateiname".

Ergebnis:
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in November 22, 2018, 21:33:46 NACHMITTAGS
imgruler läuft jetzt auf Linux, Mac und Windows.

Meinen Dank an Werner / WStephan für Testen und Berichten per PM!

Damit es auf allen drei Systemen läuft, waren ein paar Änderungen nötig. Ich habe den Eingangsbeitrag und die Erklärung zur Bedienung auf Windows entsprechend angepaßt.
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in November 23, 2018, 14:41:57 NACHMITTAGS
Ich habe den Hilfetext von imgruler um eine deutsche Übersetzung ergänzt.
Ausgabe von `imgruler` ohne Optionen:

Draw a ruler into an image.
Ein Lineal in ein Bild zeichnen.

Usage: imgruler [OPTIONS] [IMAGENAME]

Does not overwrite source file IMAGENAME.
Multiple IMAGENAMEs or wildcards * ? can be given. (E.g. pic*.jpg).
Without IMAGENAME a new image ruler.png with a ruler only will be created.

Quelldatei IMAGENAME wird nicht überschrieben.
Es können mehrere Quelldateien oder Wildcards mit * ? übergeben werden.
Ohne Angabe eines Bildnamens wird nur ein Linealbild ruler.png erzeugt.

Needs ImageMagick:    https://www.imagemagick.org
Benötigt ImageMagick.

Options: All options expect an argument.
Without options (or -h only) this help is displayed.

Optionen: Alle Optionen erwarten eine Wertangabe.
Ohne Optionen (oder nur mit -h) wird diese Hilfe angezeigt.
     
-u   Real world size [and unit] of one element. Example: 5µm
      Reale Länge [und Längeneinheit] eines Linealelementes. Beispiel: 5µm
      Default: 10
-w   Pixel width of one element.
      Floating values like 7.4 are allowed. Element line positions
      will be rounded within the full ruler length.
      Breite in Pixel für ein Linealelement. Nachkommastellen sind nötig
      für exakte Gesamtlänge des Lineales. Einzelstriche werden gerundet.
      Default: 10
-h   Pixel height of one element. Ruler height will be 5 times this height.
      Höhe in Pixel für ein Linealelement. Das Lineal ist 5 mal so hoch.
      Default: Same as element width / Gleich mit Pixelbreite des Elements.
-n   Number of elements of the ruler. Determines its length.
      Anzahl der Linealelemente. Bestimmt die Länge des Lineals.
      Default: 100
                 
-x   X position of ruler. Default: center of image.
      X Position des Lineals. Default: Mitte.
-y   Y position of ruler. Default: bottom of image.
      Y Position des Lineals. Default: Unterer Bildrand.

-c   Color of ruler / Farbe des Lineals.
      Default: black. Possible e.g. white, red.
-p   Font point size. Default: twice the element height.
      Schriftgröße. Default: Das Doppelte der Elementhöhe.
-f   Font to use. Get a list with:  convert -list font | grep 'Font:'
      Schriftart. Liste:  convert -list font | grep 'Font:'
-b   Background color of empty ruler images.
      Hintergrundfarbe für leeres Linealbild ruler.png.
      Default: white. Possible e.g.: transparent
                   
-m   Run with a predefined calibrated parameter set.
      (Define your own parameter sets in imgruler_calibrated().)
      Kalibrierte Voreinstellungswerte nutzen.
      (Setze Deine kalibrierten Werte in Funktion imgruler_calibrated().)
                 
-o   Output file.
        Default: Source file with 'ruler_' added before file name.
        Default without source file: ruler.jpg
      Bildname für neues Bild mit Lineal.
        Default: ruler_IMAGENAME
        Default ohne IMAGENAME: ruler.png


Außerdem eine deutsche Anleitung, wie das Programm mit eigenen kalibrierten Werten voreingestellt werden kann:

  # Eigene kalibrierte Werte für die Option -m. Beispielaufruf: imgruler -m 100p bildname.jpg
  # Bitte trage hier eigene Namen und Werte ein nach dem Vorbild der Beispiele.
  # Am wichtigsten:
  #   Elementsize    Reale Länge eines Linealelements, z.B. 5
  #   Elementunit    Einheit des Lineals, z.B. µm
  #   Elementwidth   Breite in Pixel einer Linealeinheit. Nachkommastellen möglich und nötig für genaue Kalibrierung
  #   Elementcount   Anzahl der Linealelemente. Effektiv die Länge des Lineals.
  # Außerdem möglich, aber nicht nötig:
  #   Elementheight  Höhe eines Elementes
  #   Pointsize      Schriftgröße
  #   Color          Farbe
  #   Font           Schriftart
  #   Background     Hintergrundfarbe für Lineal ohne Bild
  #
  # Vorgehensweise beim Kalibrieren:
  #  - Kamera auf die gewollte/übliche Bildauflösung einstellen.
  #  - Eine Aufnahme von einem Mikrometer machen.
  #  - Mit Positionsoptionen -x und -y starten.
  #    Beispiel: imgruler -x 100 -y 100 bildname.jpg
  #  - Die Werte von -x und -y anpassen, bis der Anfang des Lineals eine Linie des Mikrometers trifft.
  #    Beispiel: imgruler -x 196 -y 240 bildname.jpg
  #  - Verschiedene Werte für -w (Pixelbreite eines Elements) ausprobieren,
  #    bis die Hauptlinien des Lineals mit dem Mikrometer deckungsgleich sind.
  #    Beispiel: imgruler -x 196 -y 240 -w 7.48 bildname.jpg
  #  - Größe und Einheit eines Linealelementes mit -u festlegen.
  #    Beispiel: imgruler -x 196 -y 240 -w 7.48 -u 2µm bildname.jpg
  #  - Sobald das Lineal gut zum Mikrometer paßt: Positionsangaben -x und -y entfernen.
  #  - Länge des Lineals mit -n festlegen, bis es optisch gefällt und sinnvoll ist.
  #    Beispiel: imgruler -w 7.48 -u 2µm -n 50 bildname.jpg
  #  - In der case-Abfrage unten eigene Namen mit den kalibrierten Werten eintragen.
  #    Dabei an den Beispieleinträgen orientieren.
  #  . Mit der Option -m und dem definierten Namen werden die kalibrierten Werte gesetzt.
  #    Beispiel: imgruler -m 100p bildname.jpg
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: Stefan_D in Dezember 25, 2018, 14:35:57 NACHMITTAGS
Hallo Martin,

Vielen Dank für deine Arbeit, wirklich sehr praktisch das Skript.
Habe mir heute mal eigene 15 kalibrierte Einstellungen gemacht.

Grüsse,
Stefan
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: Aquarius in Dezember 25, 2018, 16:45:08 NACHMITTAGS
Moin,

auf IOS (iPhone/iPad) läuft das auch? Würde mich wundern, da IOS ein geschlossenes System ist und Apps nur über den App-Store zu beziehen sind. Ich nehme an, es ist MacOS gemeint.
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: MartinV in Dezember 25, 2018, 16:52:07 NACHMITTAGS
Zitat von: Stefan_D in Dezember 25, 2018, 14:35:57 NACHMITTAGS
Vielen Dank für deine Arbeit, wirklich sehr praktisch das Skript.
Habe mir heute mal eigene 15 kalibrierte Einstellungen gemacht.
Hallo Stefan, danke für die Rückmeldung! Auf welchem System hast Du es laufen?

Zitat von: Aquarius in Dezember 25, 2018, 16:45:08 NACHMITTAGSauf IOS (iPhone/iPad) läuft das auch? Würde mich wundern, da IOS ein geschlossenes System ist und Apps nur über den App-Store zu beziehen sind. Ich nehme an, es ist MacOS gemeint.
Gemeint ist macOS. Falls es ImageMagick auch für iPhone/iPad gibt, und iPhone/iPad eine bash-Shell haben, würde es dort auch gehen. Das Skript wird von einer Shell ausgeführt, meistens bash.
Titel: Re: Mikrometer in Bild zeichnen
Beitrag von: Stefan_D in Dezember 25, 2018, 21:43:04 NACHMITTAGS
Hallo Martin,

habs jetzt mal auf OS X laufen lassen, da hatte ich magick auch schon drauf.

Gruss Stefan