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Foren => Mikroskopie-Forum => Thema gestartet von: Bernd Miggel in Februar 12, 2021, 08:22:09 VORMITTAG

Titel: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 12, 2021, 08:22:09 VORMITTAG
Hallo zusammen!

Bei Porlingen die Poren pro Millimeter oder pro Quadratmillimeter auszählen ist oft eine mühsame Sache.
Jetzt habe ich gelesen, dass man mit der Software ImageJ Objekte in Bildern auszählen kann.
Wer hat Erfahrungen mit ImageJ gemacht?

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: mhaardt in Februar 12, 2021, 09:39:05 VORMITTAG
Ich benutze es gelegentlich für Photometrie.  ImageJ ist nicht nur ein Programm, sondern vor allem ein Framework, welches mit Plugins erweiterbar ist.  Es gibt verschiedene Distributionen, die direkt einen Haufen Plugins enthalten, z.B. https://imagej.net/Fiji .

Die Bedienung von ImageJ ist etwas eigenartig.  Ich empfehle ein Tutorial anzuschauen.  Wenn man das tut, sich drauf einläßt und nicht ohne Vorkenntnisse erwartet, dass es wie andere GUIs arbeitet, dann kommt man sehr gut zurecht.  Um mal zu sehen, was so geht:

https://www.youtube.com/watch?v=uE70E7aZ1Hw  ca. 12:40

Michael
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 12, 2021, 10:20:50 VORMITTAG
Hallo Michael,

mir ist nicht klar, was im Video lif-image mit 35 different series und 3 planes bedeutet. Da bin ich wohl nicht vom Fach.
Könntest du die Begriffe bitte ganz kurz erläutern?

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: micromax in Februar 12, 2021, 14:43:37 NACHMITTAGS
Hallo Bernd,

suche einmal in google "ImageJ tutorials deutsch"

Du wirst viele unterschiedliche Videos finden, die Dir ImageJ erklären. Zum Beispiel hier:

https://www.youtube.com/watch?v=u2kllG_Jg88

Viele Grüße
Thomas
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 12, 2021, 16:17:04 NACHMITTAGS
Hallo,

vielen Dank für eure hilfreichen Antworten, hat mir sehr geholfen!

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: mhaardt in Februar 12, 2021, 16:28:51 NACHMITTAGS
Es gibt ein paar Bildformate, die mehrere Bilder beeinhalten können.  LIF (Leica Image Format) ist so eins.  Im Video wird gezeigt, dass man zwar alle Einzelbilder mit open öffnen kann, aber wenn man die speziellen Eigenschaften eines Formats nutzen will, import benutzen muss.  Es gibt viele Verfahren, die nicht auf einem Bild arbeiten, sondern auf einer Serie.  ImageJ ist in dem Bereich sehr stark.

Farbbilder sind meist RGB (rot grün blau), d.h. sie haben 3 Kanäle/Planes.

Das Video sollte nur mal zeigen, wie man sich ImageJ, und speziell die Distribution Fiji, vorzustellen hat, wie Plugins aussehen können und wie man welche installiert, und wie Plugins z.B. Objekte identifizieren.  Es gibt für eigentlich alle üblichen Abläufe Plugins.  Ein Teil der Arbeit ist, das beste Plugin für eine Aufgabe zu finden.

Nicht verzweifeln! Wie in allen großen Programmen sind die ersten Schritte am schwersten, und die grafische Oberfläche ist gelegentlich sehr altertümlich, aber es lohnt sich.  Du wirst eine Welt voll neuer Möglichkeiten entdecken.  Objekte identifizieren und zählen ist in der Biologie eine typische Aufgabe und darum gibt es in dem Bereich schon viele fertige Plugins.

Michael
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: d65 in Februar 12, 2021, 17:31:28 NACHMITTAGS
Hallo Bernd,

wenn Du Deine Objekte in einem schwarz-weiß-Bild (Farbbild auftrennen: Image-Color-Split channels) einfach über einen Helligkeitsschwellenwert abtrennen kannst (Image-Adjust-Threshold), dann ist das Zählen mit Fiji/ImageJ super einfach (Analyze - Analyze particles.) Das Problem ist nicht das Zählen an sich, sondern das Segmentieren des Bildes, das erstellen einer "Maske": Was gehört zum/ist ein Objekt, was nicht. Bei Fluoreszenzbildern ist das häufig einfach mit Schwellenwert zu machen. Bei Hellfeldbildern kann es schwierig werden. Ich weiß nicht wie Deine Bilder aussehen. Sollten die Poren sehr viel dunkler sein als der Rest, dann ist es wieder einfach (evtl invertieren).

Siehe auch https://imagej.net/Particle_Analysis (https://imagej.net/Particle_Analysis)

Liebe Grüße
Steffen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: A. Büschlen in Februar 12, 2021, 19:38:15 NACHMITTAGS
Hallo Bernd,

wäre nicht auch die analoge Auszählung mit Hilfe eines Netzgitters um Okular eine Lösung? Mögliche Netzgitter gibt es hier: https://www.pog.eu/de/ms/sms-net-grids.html
Machst die Auszählung am Stereomikroskop, oder am Mikroskop?

Gruss Arnold
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Günter in Februar 12, 2021, 21:11:39 NACHMITTAGS
Hallo Bernd,

bei ImageJ habe ich bei früheren Anwendungsversuchen gestreikt. Ich konnte mich in dessen Philosophie der Bedienung und Plugins als Gelegenheitsnutzer einfach nicht einfinden.
Meine Idee ginge in die Richtung, ein Foto von den Poren so zu machen, dass man anschließend einen Maßstabs-"Balken" einfügen kann.
Also ein definierter Aufbau vom (Stereo-) Mikroskop oder was auch immer. Alternativ Aufnahme mittels Stativ, dann 2 Bilder, einmal die Poren, einmal mm-Papier.
Damit ist es dann möglich, einen Balken oder (in diesem Fall sinnvoller) ein Quadrat von zB 1 mm Kantenlänge in das Bild einzufügen. Dann kann man die Poren innerhalb des Quadrates manuell zählen, ggf. auch mittels Bildbearbeitung ein Kreuzchen an die bereits gezählten Poren machen.
Geht also ein wenig in die Richtung von Arnolds Gedanken.

Grüße
Günter
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: mlippert in Februar 13, 2021, 16:46:30 NACHMITTAGS
Das Vorgehen bei ImageJ wäre, unter Image > Adjust mittels "color threshold" die Poren zu markieren und dann unter Analyze > Analyze Particles die Partikel zählen zu lassen. Dabei kann man die ca. Fläche spezifizieren und die Rundheit. Dann sollte das gut gehen. Dauert 10s pro Bild.
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 13, 2021, 18:12:41 NACHMITTAGS
Hallo zusammen,

danke für die vielen Anregungen!
Hier ein typisches Porenbild mit einer Kantenlänge von 2 mm zum Quadrat, also 4 mm2.
Ich zweifle, dass ImageJ hier funktioniert. Will von euch es mal jemand versuchen?

L.G. - Bernd

Hier das Bild:

Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: d65 in Februar 13, 2021, 21:55:05 NACHMITTAGS
Hallo Bernd,

probier doch mal aus, was Du davon hältst: Im Menu Plugins-Macros-Record, ins neue Fenster die folgenden Zeilen kopieren, dann auf Create

run("8-bit");
run("FFT");
makeOval(508, 510, 13, 12);
setBackgroundColor(0, 0, 0);
run("Clear", "slice");
run("Inverse FFT");
//run("Brightness/Contrast...");
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
run("Apply LUT");
run("Gaussian Blur...", "sigma=5");
run("Duplicate...", " ");
setAutoThreshold("Default dark");
//run("Threshold...");
//setThreshold(0, 44);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=500-Infinity show=Outlines display clear summarize add");


Nach dem Click auf Create geht wieder ein neues Fenster auf, das eigentliche Macro-Fenster. Wenn jetzt das Bild geöffnet und 'vorne' ist im Macro-Fenster auf "run" klicken.

Das Ergebnis ist bei weitem nicht perfekt, aber gibt vielleicht einen Eindruck davon was möglich wäre. Bei entsprechendem Tweaken der Parameter lässt sich das sicher noch verbessern. Die jeweiligen Befehle habe ich mit dem Macro-Recorder aufgezeichnet. Es gibt also auch jeweils eine Entsprechung in den Menus.

Der "Trick" besteht darin, dass Bild quasi in ein Dunkelfeldbild umzuwandeln, indem im Fourrier-Raum die Mitte, also das Zentralmaximum zu entfernen. Dann ist die Segmentierung einfacher. Der Schritt ist sicher auch noch nicht perfektioniert.

Oder einfach mal die Leute, die das schon gemacht haben fragen, ob sie ihre Tools/Makros her geben.

Liebe Grüße
Steffen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: mlippert in Februar 13, 2021, 22:43:07 NACHMITTAGS
Also ich habe einfach mal Image > Type > 16 bit gemacht, um ein Graustufenbild zu bekommen und dann Analyze > Find Maxima mit Noise Immunity = 10. Findet die Tüpfel nahezu perfekt. Minima geht durch "light background". Ergebnis im Anhang, 72 Punkte, 10 s Arbeit :-)

Grüße,
Micha
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: d65 in Februar 13, 2021, 23:20:53 NACHMITTAGS
Zitat von: mlippert in Februar 13, 2021, 22:43:07 NACHMITTAGS
Also ich habe einfach mal Image > Type > 16 bit gemacht, um ein Graustufenbild zu bekommen und dann Analyze > Find Maxima mit Noise Immunity = 10. Findet die Tüpfel nahezu perfekt. Minima geht durch "light background". Ergebnis im Anhang, 72 Punkte, 10 s Arbeit :-)

Grüße,
Micha

Das sieht gut aus. Vermutlich gibt es auch noch mindestens 5 weitere Wege zum Ziel :-)

Wie immer bei derartigen Auswertungen besteht das Problem, was man mit den Objekten am Rand macht, die nur zum Teil drauf sind. Zählt man die mit oder nicht? Oder nur die, die oben und rechts am Rand sind, aber nicht die links und unten? Aber das Problem hat man mit einer händischen Auswertung natürlich genau so.

Was vielleicht noch erwähnenswert ist, ist der Menupunkt Image-Properties. Da kann man die "Pixelgröße" eingeben (bzw. bei Bildern aus Mikroskopsoftware, bei denen das in den Metadaten steht nachschauen). Dann kann das Programm auch gleich die Anzahl pro Fläche ausrechnen.
Gruß
Steffen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 13, 2021, 23:47:54 NACHMITTAGS
Hallo Micha und Steffen,

das sieht sehr gut aus. Bei Randobjekten verfahre ich so, dass z.B. nur die am oberen und am linken Rand gezählt werden. Wenn hier also die am unteren und am rechten Rand abgezogen werden, erhält man 72 - 5 = 67. Ich selber hatte manuell 63 gezählt, was kaum abweicht!

Vielen Dank, morgen will ich selber mein Glück versuchen, und zwar erst einmal nach den beiden von euch vorgeschlagenen Wegen.

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: güntherdorn in Februar 14, 2021, 12:15:31 NACHMITTAGS
weiter unten der beitrag mit ergebnis
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: d65 in Februar 14, 2021, 15:52:28 NACHMITTAGS
Hallo Günther,

da hast Du sicher recht. Es gibt aber auch einiges auf Deutsch zum Programm. Z.B. https://www.edv-buchversand.de/productinfo.php?replace=false&cnt=productinfo&mode=2&type=2&id=sp-04603&index=2&nr=0&window=edvbv&art=Blick%20ins%20Buch (https://www.edv-buchversand.de/productinfo.php?replace=false&cnt=productinfo&mode=2&type=2&id=sp-04603&index=2&nr=0&window=edvbv&art=Blick%20ins%20Buch) oder https://www.youtube.com/playlist?list=PLcNquyCm_N7QTjVhS8ND2KjHJSJydWpKi (https://www.youtube.com/playlist?list=PLcNquyCm_N7QTjVhS8ND2KjHJSJydWpKi) oder https://docplayer.org/26900222-Imagej-bildanalyse-bearbeitung.html (https://docplayer.org/26900222-Imagej-bildanalyse-bearbeitung.html). Fraglos ist das sehr viel weniger als auf Englisch zur Verfügung steht, aber für einen Einstieg vielleicht doch hilfreich. Erstaunlicherweise führt inzwischen auch Google Translate und Konsorten manchmal zu ganz brauchbaren Ergebnissen.

Liebe Grüße

Steffen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 14, 2021, 18:15:00 NACHMITTAGS
Hallo,

dieser Videokurs in 9 Teilen ist auch in deutsch:  https://www.youtube.com/watch?v=u2kllG_Jg88&list=PLA51A289281621A93&index=1&t=4s (https://www.youtube.com/watch?v=u2kllG_Jg88&list=PLA51A289281621A93&index=1&t=4s)

L.G. - Bernd
Titel: deutsches handbuch für ImageJ
Beitrag von: güntherdorn in Februar 23, 2021, 20:39:40 NACHMITTAGS
ich danke euch !!

steffen:
aber leider alles nur für und über programmierung. für mich schlimmer als chinesisch  :-[.

bernd:
1.teil zum einfachen objekte-zählen, "schritt-für-schritt" fertig.
wer´s als txt-datei als 16-punkte-liste haben will: per email anfragen.

irre was das programm alles noch an bildauswertung machen kann !!
danke!
ps.: ich sehe, dass alle hier IT´ler sind :-[

ciao, vom bodensee und mir (güntherdorn)
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 23, 2021, 22:09:14 NACHMITTAGS
Hallo,

nachdem hier ohnehin schon die FFT als Methode zum Glätten in ImageJ vorgeschlagen wurde, frage ich mich, ob sich der Mittlere Abstand zwischen den Punkten nicht direkt aus der Lage der Maxima im Fourier-transfomierten Bild ableiten lässt. Das sollte schneller und genauer als Zählen funktionieren. Du kannst das FFT Bild ja direkt mit dem eines Objektmikrometers eichen.

Viele Grüsse
Florian
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 24, 2021, 08:27:54 VORMITTAG
Jetzt hab ich das mal ausprobiert.
1. Mit Image -> Adjust -> Size 1024x1024 ausgewählt (Dimensionen müssen eine Potenz von 2 sein)
2. Process -> FFt -> FD Math -> Convolute, dies Berechnet die Autokorrelationsfunktion, aus der sich der mittlere Abstand zwischen den Poren bequem ablesen lässt.
3. Linie durch die Hauptmaxima ziehen und mit Analyze -> Plot Profile das Intensitätsprofil entlang dieser Linie zeichnen. Daran kann die Lage der Maxima exakt abgelesen werden.

Viele Grüsse
Florian
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 24, 2021, 09:36:16 VORMITTAG
Hallo Florian,

wie errechnet sich aus deinen Angaben der mittlere Abstand zwischen in Poren pro mm2 oder in Poren pro mm?
Ich bin, wie so viele, mathematischer Laie.  :-[

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: rlu in Februar 24, 2021, 10:35:11 VORMITTAG
Habe gerade gesucht, das Buch heißt:
Digitale Bildverarbeitung von Burger, Wilhelm / Burge, Mark James   
Eine algorithmische Einführung mit Java
Kostet 59,99€
Digitale Bildverarbeitung
Eine algorithmische Einführung mit Java (https://www.edv-buchversand.de/product.php?cnt=product&id=sp-04603&pid=6e10cbe58cf06b22a64a9074756a60a8aa877206)
Bearbeitet eine Menge anderer Themen zur digitalen Bildverarbeitung.
Die Leseprobe ist sehr hilfreich.


Hier das Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis von Digitale Bildverarbeitung (https://www.edv-buchversand.de/productinfo.php?replace=false&cnt=productinfo&mode=2&type=2&id=sp-04603&index=1&nr=0&preload=false)

•Digitale Bilder•ImageJ•Histogramme•Punktoperationen•Filter•Kanten und Konturen•Auffinden von Eckpunkten•Detektion einfacher Kurven•Morphologische Filter•Regionen in Binärbildern•Automatische Schwellwertoperationen•Farbbilder•Farbquantisierung•Colorimetrische Farbräume•Filter für Farbbilder•Kanten in Farbbildern•Kantenerhaltende Glättungsfilter•Einführung in Spektraltechniken•Diskrete Fouriertransformation in 2D•Diskrete Kosinustransformation (DCT)•Geometrische Bildoperationen•Interpolation•Bildvergleich•Elastischer Bildvergleich•Skaleninvariante Bildmerkmale (SIFT)

Dann müßte ich es nur noch zum Laufen bringen....

LG
Rudolf
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 24, 2021, 10:40:10 VORMITTAG
Hallo Bernd,

Der Abstand des ersten Nebenmaximums vom Hauptmaximum sollte dem Abstand der Poren in dieser Richtung entsprechen.
Ich finde etwa 130 Pixel, und 2 mm entsprechen 1024 Pixel. D.h. in der Richtung des geringsten Abstands beträgt dieser d=130/1024*2 mm=0.25 mm.
Um die Anzahl pro Fläche zu bekommen, verbinde ich die nächsten Maxima miteinander. Die Fläche dieses Polygons sollte der von 4 Poren entsprechen.
Analyze -> Measure liefert einen Wert von 57824 Pixel. Das Gesamte Bild von  4 mm^2 Fläche hat 1024*1024 Pixel.
Mit dem Dreisatz findet man also ca 18.1 Poren pro mm^2.
Wäre interessant ob auch das Seitenverhältnis und die Form dieses Polygons zwischen den Arten variiert.

PS: Ich habe keine Ahnung, ob das Alles korrekt ist.

Viele Grüsse
Florian
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: jcs in Februar 24, 2021, 22:02:13 NACHMITTAGS
Hallo Florian,

das ist ja ein recht raffinierter und unkomplizierter Ansatz, klingt sehr vernünftig.

Die Fouieranalyse ist schon eon sehr hilfreiches Tool, einerseits für ein systematischeres Verständnis der Bildentstehung im Mikroskop, andererseits, wie man sieht, auch für die Bildauswertung. Vielleicht sollte man einmal eine spezifische Zusammenstellung "Fourieranalyse für Mikroskopiker" erstellen, wäre sicher sehr hilfreich. Die meisten Bücher zu dem Thema sind sehr umfangreich und streifen die Mikroskopie dennoch nur am Rande.

Jürgen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 24, 2021, 23:00:46 NACHMITTAGS
Den mittleren Abstand der Poren bekommt man so sicher relativ einfach. Ob man allgemein auch die gesuchte Flächendichte so ermitteln kann habe ich jetzt einige Zweifel.
Das geht sicher besser bei periodischen Strukturen, wie z. B. Diatomeen.
Hier eine FFT eines Bildes von Peter-h:
https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=982.0

Viele Grüsse
Florian
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 08:28:53 VORMITTAG
Hallo Florian,

normalerweise reicht bei Porlingen die Angabe "Anzahl Poren pro mm", was ja hier recht einfach zu ermitteln wäre.
Wenn ich deine Grafik zu Grunde lege, messe ich einen Abstand von 118 Pixeln zwischen dem Hauptmaximum und dem ersten Nebenmaximum. Anzahl Pixel pro mm wäre dann (2 * 118) / 1024 = 4,3, was nach der Literatur für die Porlingsart Cinereomyces lindbladii gut hinkommt.

L.G. - Bernd

Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 09:12:35 VORMITTAG
Hallo Florian,

Jetzt habe ich mal versucht, deine Schritte nachzuvollziehen:

1. Mit Image -> Adjust -> Size 1024x1024 ausgewählt (Dimensionen müssen eine Potenz von 2 sein)
► Ergebnis = 1. Bild unten.

2. Process -> FFt -> FD Math -> Convolute, dies Berechnet die Autokorrelationsfunktion, aus der sich der mittlere Abstand zwischen den Poren bequem ablesen lässt.
► Ergebnis = 2. Bild unten.

3. Linie durch die Hauptmaxima ziehen und mit Analyze -> Plot Profile das Intensitätsprofil entlang dieser Linie zeichnen. Daran kann die Lage der Maxima exakt abgelesen werden.
?? Verstehe ich nicht: Mit welchem Werkzeug von ImageJ und wo genau soll ich eine Linie ziehen?!


L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 25, 2021, 09:18:02 VORMITTAG
Hallo Michel,

oben in der Leiste sind doch so Rechtecke, Ovale und eben auch eine Linie.

Gruss
Florian
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 25, 2021, 09:22:03 VORMITTAG
Ah, statt convolute sollte es correlate heissen!
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 10:38:33 VORMITTAG
Hallo Florian,

alles klar, ein bestechendes Verfahren!

Da man meist eigene Messwerte mit Literaturangaben vergleicht, stellt sich natürlich die Frage, ob in den Porlings-Monografien entsprechend vorgegangen wurde.

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 25, 2021, 10:50:55 VORMITTAG
Hallo Bernd,

das wage ich jetzt mal zu bezweifeln.
Aber warum sollte der Fortschritt vor der Mykologie halt machen?
Btw. In Deinem Beispiel war die gewählte Linie nahezu waagrecht, so dass man annehmen konnte, dass die Strecke durch das ganze Bild annähernd 1024 Pixeln entspricht. Sonst sollte man das Bild wohl vorher drehen, bevor man es auf 1024 Punkte Breite skaliert.

Viele Grüsse
Florian
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 11:12:29 VORMITTAG
Hallo Florian,

irgendwie verstehe ich nicht, was du mit "die gewählte Linie nahezu waagrecht" meinst. Wo sollte denn diese waagerechte Linie sein?
Die drei folgenden Bilder zeigen mein Vorgehen. Das ist doch voll OK, oder?

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 25, 2021, 11:40:06 VORMITTAG
Das ist keine Richtung minimalen Abstands der Maxima.
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 11:52:27 VORMITTAG
Hab's kapiert, danke dir!
Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 14:23:53 NACHMITTAGS
Hallo Florian,

wie aber geht man bei Verteilungen vor, wenn die Poren länglich sind wie bei Trametes gibbosa oder wenn eine lamellige Struktur vorliegt wie bei Lenzites betulina. Bei länglichen Poren müsste man eigentlich je ein Maß in x- und in y-Richtung bekommen. (Beide Bilder aus Pilze der Schweiz Band 2).

Viele Grüße
Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Florian D. in Februar 25, 2021, 15:15:45 NACHMITTAGS
Bei der Tramete geht das auch noch, wobei die Nebenmaxima in y Richtung nur noch als Schultern ausgebildet sind. Bei dem Birkenpilz wird es schwierig, auch weil die Lamellen ja nicht mehr alle parallel liegen.
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 25, 2021, 15:38:09 NACHMITTAGS
Hallo Florian,

dann wird es für mich Zeit zum Experimentieren und Vergleichen mit Literaturangaben!!

Danke nochmal - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: mlippert in Februar 25, 2021, 23:27:39 NACHMITTAGS
Das geht einfach mit dem Zellzähler von Hand. Punkte setzen, Zahl wird angezeigt. Bei den länglichen Poren müsste es je nach Kontrast auch so funktionieren.
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 26, 2021, 07:11:45 VORMITTAG
Hallo mlippert,

wie würden denn die einzelnen Befehle in ImageJ nacheinander für das Porenbild von Trametes versicolor aussehen?

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: mlippert in Februar 27, 2021, 00:12:46 VORMITTAG
Hallo,
ich sitze nicht davor, aber ich glaube unter Analyze gibt es irgendwo einen  Punkt "Cell counter". Da kann man dann händisch mit der Maus Punkte setzen und ImageJ zählt mit.

Grüße,
Micha
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in Februar 27, 2021, 07:28:22 VORMITTAG
Hallo Micha,

das manuelle Auszählen kenne ich bisher nur von der Freeware ClickMaster2000.

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in März 04, 2021, 17:20:03 NACHMITTAGS
Hallo Steffen,

dein Algorithmus funktioniert einwandfrei, bin erst jetzt zum Testen gekommen.

Kannst du mit nochmal bei einem anderen Bild helfen? Ich weiß nämlich nicht, an welchen "Schrauben" ich drehen muss.
Die Randporen einmal zählen und einmal nicht zählen. Über den Mittelwert der Zählerstände bekomme ich das Optimum hin.

Danke schonmal!!

Hier das Bild:

Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: d65 in März 04, 2021, 22:03:12 NACHMITTAGS
Hallo Bernd

das Bild sieht insofern ganz anders aus als das erste, als das hier jede Pore eindeutig dunkel ist. Das macht die Sache viel einfacher, da muss man nicht im Fourrier-Raum rumspielen.

run("8-bit");
run("Invert");
run("Gaussian Blur...", "sigma=2");
setThreshold(164, 255);
//setThreshold(164, 255);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity show=Outlines display clear summarize add");

Das geht sicher noch einfacher und besser. Ich hab das Bild invertiert, damit die Poren hell sind, so wie bei mir normalerweise die Objekte (Fluoreszenzmikroskopie), wahrscheinlich kann man den Schwellenwert auch als 'dunkler als' festlegen, und nicht nur 'heller als'. Knifflig ist der Schwellenwert an sich (hier 164). Ich hab keinen gefunden, der alle Poren getrennt hat, ohne andere Poren zu verlieren. Jeder Schwellenwert ist nur für einen Teilbereich des Bildes gut. Von daher ist der Ansatz 'lokale Maxima' der auch vorgestellt wurde, sicher auch eine Überlegung wert. Auch dafür bietet sich vermutlich ein Gauss-Filter als Einstieg an, um das Rauschen zu unterdrücken.

Liebe Grüße
Steffen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in März 04, 2021, 22:13:34 NACHMITTAGS
Hallo Steffen,

danke für den Algorithmus!
Ich möchte ihn in Einzelschritten ausführen, um den jeweiligen Effekt zu sehen. Dabei macht mir deine Macro-Befehl-Darstellung noch Probleme.
Deshalb meine dumme Frage: Wie sind die einzelnen Schritte denn im ImageJ-Menü zu selektieren? Vor allem auch: Was bedeutet "//"?

Liebe Grüße
Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: d65 in März 04, 2021, 22:47:56 NACHMITTAGS
Hallo Bernd,
keine Ahnung was der // bedeutet - den macht der Macro-Recorder da so rein..... Definiert 'Parameter-Wert' oder so

ich schreib die Menus einfach mal dahinter, also hinter das semikolon.

Vor allem anderen: Image - Duplicate. Dann geht es schneller, wenn man von vorne anfangen muss.

run("8-bit"); Image-Type-8 bit
run("Invert"); edit invert
run("Gaussian Blur...", "sigma=2"); Process - Filters - Gaussian Blur: Bei Sigma 2 eintragen (rumspielen könnte lohnen)
setThreshold(164, 255); Image - Adjust - Threshold: hier den Wert 164 einstellen - oder halt einen anderen (255 sollte als obere Grenze vorgewählt sein, kann man ändern. Dann auf apply clicken. Die nächsten drei Befehle sind im Prinzip das.
//setThreshold(164, 255);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity show=Outlines display clear summarize add"); Analyze - Analyze Particles. Hier hab ich eine Mindestgröße von 50 pixeln (50-Infinity) eingestellt, das erschien mir sinnvoll. Man kann auch eine obere Grenze einstellen, um zu große auszusortieren. Kann man aber auch in der Ergebnisliste noch machen (in Excel oder Calc sortieren)

Wenn Du in Plugins-Macros-Record den Recorder einschaltest wird alles was Du machst mitgeschrieben. Wenn Du dann die Menu-Befehle eingibst sollte das Macro rauskommen, was ich oben eingefügt habe.

Liebe Grüße
Steffen
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in März 04, 2021, 22:57:57 NACHMITTAGS
Super Steffen, danke!

werde ich mir morgen genau ansehen.

Liebe Grüße
Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in März 05, 2021, 15:53:39 NACHMITTAGS
Hallo Steffen,

nach deiner Methode bekomme ich 789 bzw. 738 Poren auf der Fläche von 36 mm2, je nachdem, ob ich die Randporen mitzähle oder nicht. Nimmt man davon den Mittelwert 764, dann bekommt man 4,6 Poren pro mm (4-6 lt. Literatur).
Wenn man das Verfahren der lokalen Maxima (Micha) anwendet, kommt man etwa zum gleichen Ergebnis.

L.G. - Bernd
Titel: Re: Poren auszählen mit ImageJ ?
Beitrag von: Bernd Miggel in März 05, 2021, 17:40:28 NACHMITTAGS
Hallo zusammen,

jetzt habe ich auf das selbe Porenbild die von Florian vorgeschlagene Methode der Autokorrelationsfunktion angewendet.
Oben = Ausgangsbild
Mitte = Frequenzbereich mit Gerade durch die Hauptmaxima
Unten = Profil

Ergebnis: Die Hauptmaxima sind 0,22 mm von einander entfernt. ► 4,5 Poren pro mm, was im Vergleich mit der Literatur gut hinkommt!

Viele Grüße
Bernd