Bento Lab: PCR & DNA-Analyse ?

[WinfriedK]

Ich untersuche lichtmikroskopisch Kulturböden und Waldböden auf die dort üblicherweise vorherrschenden Mikroorganismen.
Allerdings stößt man bei Bakterien an Grenzen der Erkennbarkeit und Identifikation.

Normalerweise behilft man sich so wie im beigefügten Bild.

Aus der Interpolation von Gesamtkeimzahl und Hefe- & Pilzkeimzahl läßt sich der Anteil der Bakterien erahnen.

(Analyse nicht von mir)

Nun gibt es Bento Lab für 1.500 Euro

https://www.bento.bio/

Ob das wohl für den genannten Zweck funktioniert?

Mir würde es genügen, die üblichen Verdächtigen zwei bis drei Dutzend Bodenbakterien nachzuweisen.

Ok., ich kann ja auch mal BentoLab direkt befragen.

[mlippert]

Wird schon gehen, aber wie willst du an die Verbrauchsmaterialien kommen? Primer? Gels? Das Zeug kostet richtig Geld! Der Thermocycler ist das billigste an dem ganzen und den bekommst du auch billig bei eBay gebraucht.

[Wes]

Primer und Agarose sind günstig. DNA-Bibliothekspräparationskits für NGS und NGS-Fließzellen sind jedoch sehr teuer.

Vielleicht möchten Sie nur Sanger-Sequenzierung ribosomale RNA kodierende Regionen? Das ist auch ohne NGS möglich. Wenn Sie einen Anbieter finden, der Ihnen PCR-Verbrauchsmaterialien (Primer, Polymerase, dNTPS usw.) verkauft, können Sie im Prinzip die PCR-Produkte aus dem Boden topoklonieren und die Klone einzeln nach Sanger sequenzieren.

Gruße
Wes

[Peter Ludwig]

Hallo Winfried,

wenn Du das Zahlenverhältnis von Hefen/Pilzen zu Bakterien bestimmen willst, dann hilft Dir die PCR-Maschine nicht weiter. Das musst Du schon wie in Deinem Bild mit Agarplatten machen.
Wenn Du nur bestimmte Arten nachweisen möchtest, dann könnte das mit PCR klappen, falls Du spezifische Sequenzen hast, die Du für Deine Primer nutzen kannst. Da musst Du dann
noch etwas tüfteln, bis Du die richtigen PCR-Bedingungen für jedes Primerpaar gefunden hast. Aber ich denke, das weißt Du schon. Es kann dann aber sein, dass Du jedes Bakterium in jeder Probe nachweisen kannst, weil die PCR bei geringster Keimzahl noch ein positives Signal gibt. Ob Dich das dann weiterbringt?

Viele Grüße,

Peter

[WinfriedK]

Danke für eure Antworten, die auf die verschiedenen Probleme hingewiesen haben!
Bin kein erfahrener Spezialist und wundere mich immer über die propagierten umfangreichen Darstellungen des Mikrobioms des Bodens/der Erde.
Ich werde auch Bio Lab befragen und hier das Ergebnis veröffentlichen.

Winfried

[WinfriedK]

Hier die Antwort von Bento Lab:


Hi Winfried,

Great to hear that you're interested in applying molecular biology approach to identifying microbes. The quick answer – in part, yes. Bento Lab could be included in the workflow, but it is not a complete solution.

For identification of 20-30 species, you would typically need three experimental steps to get a profile of the species present:

1. DNA extraction
2. DNA barcoding using PCR
3. Sequencing

Bento Lab can be used for the first two steps, along with the appropriate reagents. And the majority of our users that work with Bento Lab for exactly those two steps: preparing samples for sequencing.

The third step, sequencing is generally outsourced, although there are some new portable technologies (Nanopore, iSeq). These new technologies aren't super cost-effective at low volume as the upfront cost can be quite high, where as outsourcing sequencing would typically cost about €4-10 a sample (depending on the provider).

If you're interesting in exploring more, this open-access paper might be interesting to you:
A low-cost pipeline for soil microbiome profiling
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mbo3.1133

I would be happy to have a call if you'd like to discuss. We are really interested in supporting newcomers using molecular biology techniques.

Let me know if I can help to answer any questions, or provide any other materials. How did you find out about us?

Best wishes,
Bethan


--
Bethan Wolfenden



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{#HS:1562350413-3559#}
On Mon, Jul 5, 2021 at 7:08 AM UTC, <cncforumholz@web.de> wrote:


Detecting & identifying bacteria in cultivated and forest soils.

Hi!

Using a light microscope, I examine cultivated and forest soils for the prevalent microorganisms that are common there.
However, with bacteria you come up against the limits of recognizability and identification.

Is Bento Lab suitable for detecting the bacteria present in these soils?

It would be enough for me to detect two to three dozen bacteria normally living in these soils.

Thank you for a reply!

--

Tja, jetzt muß ich erstmal all mein Halb- und Nichtwissen sortieren und weiter studieren ..