Autor Thema: ImageJ: Anteil des Bindegewebes bestimmen  (Gelesen 16058 mal)

Curryhuhn

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ImageJ: Anteil des Bindegewebes bestimmen
« am: Oktober 24, 2008, 19:57:47 Nachmittag »
Hallo!

Ich habe Masson-Goldner gefärbte Präparate und möchte jetzt mit ImageJ den relativen Anteil vom Bindegewebe (grün-türkis) in den Präparaten bestimmen.

Wie funktioniert das? Wonach muss ich suchen? Bisher bin ich mit meiner Suche nicht sehr weit gekommen.

Ich freue mich über jeden Tipp!

Egbert Lange

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Re: ImageJ: Anteil des Bindegewebes bestimmen
« Antwort #1 am: Oktober 24, 2008, 23:55:04 Nachmittag »
Hallo Curryhuhn,
am Einfachsten geht das sicher mit dem ImageJ-Plugin "Threshold Colour v1.5". Damit können Sie dann schön in der gewählten Option 'HSB' den Farbbereich durch die 'Hue'-Schieber nach Ihren Vorstellungen eingrenzen. Wenn das Bild Ihren Wünschen entspricht, markieren Sie das"Threshold"-Kästchen. Dann können Sie das Plugin schließen und wandeln das Schwarz-Weiss-Bild, welches immer noch ein RGB-Bild ist,  mit 'Image/Type/8-Bit' in ein Graustufenbild um. Mit diesem Bild können Sie dann mit 'Edit/Selection/Create Selection' eine Auswahl erstellen. Mit 'Analyze/Measure' wird dann die Fläche der Auswahl ausgemessen. Ob das der gewünschte Anteil oder der Hintergrund ist, müssten Sie testen. Wenn nicht, dann können Sie die Auswahl invertieren.

Ich habe das eben an einem alten Goldner-Ausschnittsbild von mir (Hobby-Präparation!!!) getestet.



Ich komme hier bei den "grünlichen Flächen-Anteilen" auf ca. 26%. Im Prinzip müßte es so gehen!

Zur genauen Erfassung - besonders bei nuancenreichen und farbtonmäßig auseinanderliegenden Farbbereichen - kann evtl. eine Mehrfachauswahl (unterschiedliche 'Threshold'-Markierungen) notwendig sein. Die sich ergebenden Flächenanteile sind dann am Ende zu addieren.



MfG E.
« Letzte Änderung: Oktober 25, 2008, 00:48:52 Vormittag von Egbert Lange »

Curryhuhn

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Re: ImageJ: Anteil des Bindegewebes bestimmen
« Antwort #2 am: Oktober 25, 2008, 19:19:55 Nachmittag »
Hallo Herr Lange!

Vielen Dank für Ihren Tipp. Auf jeden Fall funktioniert das mit Ihrer Methode. Allerdings habe ich gehofft, dass ich auch mit weniger Mausklicks zum Ziel kommen könnte. Ich dachte, dass viele den relativen Bindegewebsanteil bestimmen und dass es deshalb etwas auf diesen Zweck Zugeschnittenes geben würde. Völlerei ist bekanntlich nicht gut und ich bin froh, dass ich nun eine Methode gefunden habe.

Wenn man sich jetzt richtig gut auskennt, dann kann man bestimmt aus diesem Plugin das gesuchte zugeschnittene Plugin erstellen.

Ich bin übrigens auf 14% gekommen. Ich erkenne aber auch nicht genau was das für ein Präparat ist; irgendwas mit Knochensubstanz?

Egbert Lange

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Re: ImageJ: Anteil des Bindegewebes bestimmen
« Antwort #3 am: Oktober 26, 2008, 02:03:21 Vormittag »
Hallo Curryhuhn,
die abweichenden prozentualen Anteile ergeben sich aus den subjektiv unterschiedlich eingestellten Schwellenwerten. Mein Bild ist auch ungünstig, da es keine ungestörten Grünflächen hat.
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Ich habe versucht, ein Makro in ImageJ zu erstellen, aber leider werden die eingestellten Thresholding-Werte nicht mit übernommen.

Wenn ich persönlich solche Problematik zu bearbeiten hätte, würde ich bis zur Erzeugung des Graustufenbildes in einem Bildverarbeitungsprogramm arbeiten, welches die Farbauswahl abspeichern kann. Ich meine jetzt nicht die Maske, sondern die für die Maskenerstellung gewählten Farbwerte. Bei Photoshop ist das unter 'Auswahl/Farbauswahl' und ermöglicht die Speicherung, der mit dem Farbaufnehmer-Tool mehrfach ausgewählten, unterschiedlichen Farbwerte.
Dann mit dem maskierten Bild über 'Fläche füllen' mit Schwarz füllen, Auswahl invertieren und dann mit Weiss füllen. Auswahl aufheben und in 8-bit Graustufen umwandeln und abspeichern. Von der Abfolge kann man ein MAKRO erstellen!!!

In ImageJ das Bild einladen, 'Image/Adjust/Threshold...' -dort Auto wählen, dann wie gehabt -Selection und -Analyze/Measurement...
Auch davon kann man ein MAKRO erstellen!!!

Bei entsprechender Überlegung kann die automatische Abarbeitung sicher auch noch weiter vereinfacht als Stapelverarbeitung erfolgen!
Nicht mehr viel zu klicken. ...und die vorgegebene Farbzusammenstellung für die Auswahl (=Threshold) ist reproduzierbar!
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Das war übrigens ein Regenwurm, den ich als Jugendsünde in Paraffin einbettete und erst nach ca. 20-jähriger ungekühlter Lagerung aufgeschnitten und weiterverarbeitet habe. Die verwendeten Farben waren noch aus IG Farben-Zeiten!

MfG E.


« Letzte Änderung: Oktober 26, 2008, 02:13:59 Vormittag von Egbert Lange »