Autor Thema: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)  (Gelesen 9513 mal)

H. Ott

  • Member
  • Beiträge: 44
Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« am: März 26, 2009, 15:10:23 Nachmittag »
Liebe Mikrofotografen,

bin mir nicht sicher, ob mein Anliegen hierher gehört oder ins allgemeine Forum. Sorry, wenn ich daneben liege.

Ich versuche mich gerade daran, größere Objektbereiche eines Präparates mit überlappenden Mikrofotos abzudecken und daraus ein Mosaik zu machen. Bisher verwende ich den 'Photostitcher' (liegt vielen Canon-Kameras bei) und die Open Source Software 'hugin' (ist eine graphische Oberfläche für mehrere dahinter liegende, kommandozeilenorientierte Programme). Bei 4 bis 6 Bildern und einigermaßen klaren Strukturen im Präparat (wie pflanzlichen Leitbündeln) geht das sehr gut und ohne Probleme mit beiden Programmen automatisch. Bei mehr Bildern in mehreren Reihen und unklareren Strukturen (wie z.B. einem Schnitt durch eine Leber, Bauchspeicheldrüse) produzieren beide Programme im 'Automatik'-Betrieb jedoch jede Menge Fehler. Mit hugin kann man dann zwar recht gut händisch zusammenstückeln, bei 10 bis 20 Fotos wird diese Methode beim Setzen von Kontrollpunkten in den Überlappungsbereichen aber schnell sehr mühsam.

Meine Frage: Hat jemand Erfahrung mit anderen 'automatischen' Programmen und solchen Präparaten? Dass es jede Menge Stitch-Programme gibt, weiß ich. Ich suche jedoch jemanden, der sagt, das Programm xy setzt eine Fotoserie der Leber (oder ähnl.) automatisch korrekt zusammen, auch wenn es 15  (und mehr Bilder) sind!

Dank im Voraus und Mikrogrüße (beides unzerstückelt)

Hubert Ott

Wolfgang Bettighofer

  • Member
  • Beiträge: 344
    • www.protisten.de
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #1 am: März 26, 2009, 16:09:58 Nachmittag »
Guten Tag Herr Ott,

was spräche gegen ein "Handstitchen"? Wenn man mit GIMP, Adobe Photoshop oder Corel Photopaint einigermaßen gut zu Wege ist, frisst das auch nicht soo viel Zeit. Und es macht unabhängig von den Künsten der Automatismen in Stitching-SW.

Tschüß, Wolfgang Bettighofer
Hier gibt es was für Einzellerfreunde: www.protisten.de

H. Ott

  • Member
  • Beiträge: 44
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #2 am: März 26, 2009, 16:19:11 Nachmittag »
Lieber Herr Bettighofer,


...die inhärente Bequemlichkeit des Anfragers!
Wahrscheinlich muss ich jedoch den vorgeschlagenen Weg gehen. Per aspera ad astra, wenn ich dies noch richtig aus einem frühen Schülerleben im Kopf habe.

Beste Grüße

Hubert Ott

Piper

  • Member
  • Beiträge: 329
    • Mikrofotografie
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #3 am: März 26, 2009, 23:02:27 Nachmittag »
Hallo,

ich habe mit Autostitch ganz gute Testerfahrungen gemacht (setzt aber einen leistungsfähigen Rechner voraus, arbeitet viiiiiel langsamer als Photostitch, dafür brauchen die Einzelbilder noch nicht einmal in eine Reihenfolge gebracht zu werden). Zusammengesetzt wurden 9 Einzelbilder eines Augen-Totalschnittes (gefärbter Histo-Routineschnitt). Das Ergebnis war m.E. ok. Wenn nur eine einzeilige Bildreihe zusammengesetzt werden soll, kann auch Panorama-Factory zu guten Ergebnissen führen. Diese positiven Feedbacks mit dem Vorbehalt, dass ich die erwähnten Programme nur relativ selten verwende und mich daher nicht festlegen kann, ob die Software bei jedem in Betracht kommenden Objekt einwandfrei funktioniert.

Viele Grüße

Jörg Piper

Erik W.

  • Member
  • Beiträge: 1154
  • It‘s the little things that make life big.
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #4 am: März 27, 2009, 05:44:00 Vormittag »
Hallo Hubert,

ich habe mit Photomerge, einer Funktion von Photoshop, gute Erfahrungen gemacht. Die Fichtennadel von mir: http://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=451.0, wurde damit aus über 20 Einzelbildern zusammengesetzt.

Photoshop ist als Normalversion leider zu teuer. Wenn man in der Familie aber einen Schüler oder Studenten hat, bekommt man das Programm allerdings zu besonderen Konditionen.

Viele Grüße

Erik

 

H. Ott

  • Member
  • Beiträge: 44
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #5 am: März 27, 2009, 08:56:41 Vormittag »
Liebe Mikrofreunde,

danke für die Antworten und Hinweise.

@ Herrn Piper:

Muss ich mal testen. Habe inzwischen auch den Hinweis auf MosaicJ, einem anscheinend sehr leistungsfähigen Plug-In für ImageJ.


@ Erik:

Das ist der Grund, weshalb bei mir der GIMP installiert ist...und diese SW hat so eine Funktion nicht (oder ich habe sie bisher übersehen)


@ Herrn Bettighofer:

Es ist natürlich nicht nur Bequemlichkeit. Wenn ich die Beschreibungen der Panorama Tools, die hinter hugin stehen, einigermaßen richtig verstanden habe, wird auch an den Bilder leicht gezerrt und gedrückt, um sie vor allem an den Rändern 'passend' zu machen. Und das geht durch einfaches Überlagern mit einem normalen Bildbearbeitungsprogramm schon schwerer. Das Angleichen der Bildhelligkeit kostet zudem noch Schweiß. Allerdings ist nach den ersten Versuchen bei mir ohnehin der erste Bearbeitungsschritt ein Flatfield-Abzug bei jeder Aufnahme. Das reduziert diese Angleichungsproblematik enorm.


Ich bin inzwischen auch mit hugin weiter, man muss nur schrittweise vorgehen und vor allem mit den richtigen Parametern etwas experimentieren, wie so oft. Das hat die halbe Nacht gekostet und zwei Zugfahrten (pro Arbeitstag 2 x 45 min) seit gestern dazu. Allerdings hat es das Notebook heute morgen im Zug nach 35 min (trotz 'dual-core') gerade noch geschafft, zu 16 Bildern zwei weitere hinzuzufügen. Irfanview weigerte sich anschließend jedoch, die Datei wegen ungenügendem Arbeitsspeicher zu öffnen (Datei über 900 MB!). Da ist jetzt wohl doch eine generelle Bildgrößenreduktion nötig. Vielleicht hilft auch noch das Verdoppeln auf 4 GB Arbeitsspeicher. Das bisherige Ergebnis ist faszinierend, man kann unerwartet stark hoch zoomen und landet immer noch nicht in leeren Vergrößerungen...ins Forum kann man solche Bilder leider nicht mehr einstellen, zumindest nicht, wenn man diesen Bildeindruck haben will.


Einen schönen Tag und baldigen Frühling wünscht aus dem regnerischen Stuttgart

Hubert Ott

d65

  • Member
  • Beiträge: 214
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #6 am: März 27, 2009, 09:00:24 Vormittag »
ich habe mit Photomerge, einer Funktion von Photoshop, gute Erfahrungen gemacht.

Hallo Erik,

ich habe eben noch mal in meinem Photoshop nachgeschaut, aber keine Funktion Photomerge gefunden. Das betrifft Version 9 = CS2. Wo versteckt sich die? Oder meinst Du " merge layers"?

Steffen

d65

  • Member
  • Beiträge: 214
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #7 am: März 27, 2009, 09:33:36 Vormittag »
Muss ich mal testen. Habe inzwischen auch den Hinweis auf MosaicJ, einem anscheinend sehr leistungsfähigen Plug-In für ImageJ.
...

Irfanview weigerte sich anschließend jedoch, die Datei wegen ungenügendem Arbeitsspeicher zu öffnen (Datei über 900 MB!). Da ist jetzt wohl doch eine generelle Bildgrößenreduktion nötig. Vielleicht hilft auch noch das Verdoppeln auf 4 GB Arbeitsspeicher.

Hubert Ott

Hallo Herr Ott,

da werden Sie vermutlich auch mit ImageJ unter Windows Schwierigkeiten bekommen. Windows 32-Bit Versionen, (also das "normale" Windows) limitiert den Arbeitsspeicher für einzelne Anwendungen (was manche Programme mit intelligenten Tricks umgehen können.) ImageJ ist ein tolles Programm, unter 32-Bit-Windows ist es aber aus diesem Grund im Arbeitsspeicher limitiert. Wenn ich ihm mehr als 1400 MB zuweise (Edit->Options->Memory) gibt es Schwierigkeiten. Je nachdem welche Dateioperationen durchgeführt werden, muss das Bild ja 2x im Speicher gehalten werden. Unter 64-Bit Linux habe ich diese Beschränkung erfolgreich umgangen, da lassen sich problemlos mehrere GB zuweisen.
Es lohnt sich im übrigen auch nicht, für 32-Bit Windows mehr als ca 3,5 GB RAM einzubauen: Der darüber liegende Speicher wird schlicht nicht angesprochen.

Wenn ich die 900 MB mal nachvollziehe vermute ich: 900 MB durch 16 Einzelbilder ergibt 56 MB pro Bild. Bei  16 bit (=2 Byte) pro Pixel und Farbe (RGB) ergeben sich 56/6 = 9 Megapixel pro Einzelbild. Stimmt das so? Falls ja würde eine Reduktion auf 8bit die Speicher-Probleme schon mal halbieren - ohne dass man das auf dem Monitor oder im Ausdruck sehen kann, denn die schaffen eh nicht mehr als 8 bit pro Pixel und Farbkanal.

Eine andere Frage ist, ob eine hohe Auflösung von 9 Megapixeln pro Bild überhaupt Sinn macht, oder ob da nicht doch leere Vergrößerung mit drin ist. Das ist dann eine Rechenaufgabe mit den Parametern Auflösung des verwendeten Objektivs, evtl. Nachvergrößerung und Abstand der Pixel auf der Kamera zueinander.

Schöne Grüße

Steffen

H. Ott

  • Member
  • Beiträge: 44
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #8 am: März 27, 2009, 10:28:48 Vormittag »
Hallo Steffen,

 
Danke für die wertvollen Hinweise. Ich bin kein Computerfreak, da hilft sowas immer sehr!

Die Rechnung stimmt sicher, das Problem wird jedoch nicht so sehr durch eine zu hohe Auflösung bei der Aufnahme verursacht. Hugin geht recht großzügig mit der Bildgröße um und schafft um das Mosaik herum viel leeren Raum. Dadurch wird die Enddatei erheblich aufgebläht. Ich will nicht ausschließen, dass es irgendwo einen 'Knopf' in der SW gibt, der, in der richtigen Richtung gedreht, genau dieses verhindert. Bis ich den gefunden habe und richtig bedienen kann, habe ich das Bild als Erstlösung aufgemacht, sinnvoll beschnitten und dann reichen plötzlich etwas mehr als 200 MB für die 16 Bilder, die übrigens schön sauber in Reih und Glied aufgenommen werden. Aber dazu muss ich das Endbild halt auf kriegen...und 16 + 2 hat nicht mehr funktioniert. Ich fotografiere mit der Canon A640 (bisher in der höchsten Auflösung), ich müsste allerdings erst nachschauen, wie hoch diese ist. Habe ich nicht im Kopf. Vorne dran war in diesem Fall ein 20x PlanNeo und der sog. kleine ZEISS Universaladapter.


Beste Grüße

Hubert Ott

CaDi

  • Member
  • Beiträge: 255
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #9 am: März 27, 2009, 13:57:32 Nachmittag »
Hallo,

eine gute Frage mit dem Programm. Ich suche das auch. Hier mein Ergebnis, 10 Bilder mit 2,5x plan.
Die obersten 8 habe ich jeweils zu 4 Stück mit ICE gemacht, diese und die unteren beiden mit Corel
Photopaint. Den letzten Schritten habe ich auch diese Ränder zu verdanken.
Welches Proramm würdet ihr mir dafür empfehlen? 8 Bilder wären ideal, evtl. auch 10. Mehr brauche ich
erstmal nicht.



Viele Grüße,
Carsten

CaDi

  • Member
  • Beiträge: 255
Re: Zusammensetzen von Mikrofotos (Mosaik)
« Antwort #10 am: März 27, 2009, 14:10:17 Nachmittag »
Hallo,

hier ein kleiner Nachtrag...das Ergebnis mit Autostitch. Vielen Dank nochmal für den Tipp, das Programm hatte ich schonmal und habe den Namen vergessen.



Viele Grüße,
Carsten
« Letzte Änderung: März 27, 2009, 14:18:46 Nachmittag von CaDi »