Das Stacken von Tümplermotiven

Begonnen von Monsti, Oktober 15, 2013, 16:31:17 NACHMITTAGS

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Monsti

Hallo zusammen,

vielleicht geht anderen genauso wie mir: Das Stacken von lebenden, aber still liegende Organismen führt sehr oft zu unbefriedigenden Ergebnissen. Das Resultat taugt oft genug nur für den Papierkorb. Kürzlich nahm ich mir ein Xanthidium armatum vor und testete drei Versionen:


Stack (Picolay) aus 8 Fotos, anschließend freigestellt sowie Helligkeit und Kontrast erhöht


Dasselbe Bild nach einstündiger Bildbearbeitung


Stack aus 2 Fotos (2. und 8. Bild der Serie), danach wie oben


Der Stack nach 20-minütiger Bildbearbeitung

Abschließend kein Stack, sondern ein gestitchtes Bild obiger Alge:


Arbeitsaufwand ca. 30 min.

Mir persönlich gefällt das letzte Ergebnis am besten, weil die Alge plastisch wirkt und die nervigen Stack-Artefakte fehlen.

Meine These für das oftmalige Misslingen brauchbarer Stacks: Eine lebende Alge hat ein gewisses Innenleben, zudem kippt sie im Wasserfilm immer etwas, wenn auch mit bloßem Auge nicht unbedingt wahrnehmbar. Und schließlich nimmt die Wasserdicke eines Präparats während der Beobachtung kontinuierlich ab, was sich bei einer geringen Anzahl von zu stackenden Bildern vermutlich nicht auswirkt, bei einer großen aber sicher. Möglicherweise spielt auch die Beleuchtung eine Rolle. Ich arbeite überwiegend mit leichtem Schieflicht. Schließlich schöpfe ich vielleicht auch nicht alle Möglichkeiten des Stacking-Programms aus ...

Wie geht es Euch? Falls Ihr erfolgreicher seid, welche Tricks wendet Ihr an?

Es grüßt Euch mit der Hoffnung auf eine interessante Diskussion
Angie

rhamvossen

Hallo Angie,

ZitatMir persönlich gefällt das letzte Ergebnis am besten

Das finde ich genau so. Ein bischen schiefe Beleuchtung kann machmal genug sein um etwas Tiefe zu erreichen. Meistens aber finde ich die saubere Hellfeld Aufnamen von solche Proben am schönsten. Beste Grüsse,

Rolf

Robert Sievi

Hallo Angie,

das letzte Bild gefällt mir auch am besten, auch weil es die Realität am zuverlässigsten wiedergibt. Beim Stacken kann man wegen der Artefakte nie sicher sein - außer, man kennt die Anatomie der Zellen genau.

Ich habe mich mal an einer Stephanosphaera pl. versucht, um der Kugelstruktur einerseits gerecht zu werden und andererseits möglichst viele Ebenen scharf wiederzugeben. Wahrscheinlich sind mehrere Aufnahmen, die die Ebenen einzeln wiedergeben, doch besser. Oder die fantastischen Aufnahmen von Holger Adelmann.


36 Aufnahmen gestackt (Helicon Focus), Plan Neofluar 40x/0,75

Jedenfalls wäre ich für Tipps sehr dankbar

Viele Grüße
Robert


Monsti

Servus Robert,

Dein artefaktenfreier Stack hat mich veranlasst, mir die Testversion von Helicon Focus Pro runterzuladen und meine Testbilder damit zu stacken. Hier 8 gestapelte Fotos (unbearbeitet, nur freigestellt):



Nach ca. 10 min. Bildbearbeitung sieht das gute Stück so aus:



Es liegt also auch am Programm, denn die Fotos waren dieselben, und schon im Rohbild sind die Artefakte nur geringfügig.

Herzliche Grüße
Angie

Heribert Cypionka

Hallo Angie,

ich hab' jetzt vom Herunterladen deines ersten Bildes bis zum diesem Ergebnis mit PICOLAY 9 Minuten gebraucht (etwas länger als nötig, da ich zwischendurch etwas übermalt hatte und noch einmal vom Original klonen musste):



Liebe Grüße

Heribert

Monsti

Hallo Heribert,

danke für Deine Mühe, doch aus o.g. Gründen gefällt mir auch Dein Ergebnis nicht. Allerdings hattest Du ja auch nur meinen Rohstack und nicht die gesamte Fotoserie zur Verfügung. Möglicherweise mache ich ja beim Stacken selbst etwas falsch.  ???

Liebe Grüße
Angie

Klaus Henkel

Zitat von: Barbara Robert Sievi in Oktober 15, 2013, 17:32:13 NACHMITTAGS

Ich habe mich mal an einer Stephanosphaera pl. versucht, um der Kugelstruktur einerseits gerecht zu werden und andererseits möglichst viele Ebenen scharf wiederzugeben. Wahrscheinlich sind mehrere Aufnahmen, die die Ebenen einzeln wiedergeben, doch besser. Oder die fantastischen Aufnahmen von Holger Adelmann.

Guten Tag!
1. Hat Adelmann Stephanocera pluvialis fotografiert? Ist das hier im Forum veröffentlcht?

2. Wo haben Sie Ihre Steph. pl. gefunden? Bitte per PN antworten, wenn Sie den Fundort nicht öffentlich machen möchten.

3. Ich empfinde die Kugelgestalt Ihrer Aufnahme nicht so prickelnd. Die Dreidimensionalität geht durch die Mischung mehrerer Ebenen verloren, die Zellen in der Gallerthülle scheinen alle in einer einzigen Ebene zu liegen, als ob sie auf einen Hintergrund aufgeklebt seien. Sie drücken ja auch selbst Skepsis aus, ob Stacking tatsächlich die Methode der Wahl bei Steph. sein kann. Ich bezweifle das auch sehr. - Trotzdem: Ein lohnender Versuch.
Wegen ihrer eigentümlich rollenden Taumelbewegung habe ich die Steph. privatim - analog zum Rhönrad - Wasgauer Rädchen genannt.

Pluvialische Grüße aus Oberbayern!
KH


Monsti


Robert Sievi

Sehr geehrter Herr Henkel,

Die Aufnahmen von Holger Adelmann habe ich durch Eingabe des Suchbegriffs "Stephanosphaera" im Forum gefunden. Ihre Meinung dazu würde mich interessieren. Als Mikrofotografie-Lehrling kann ich nur sagen: in ihrer Klarheit beeindruckend. Gelinde gesagt.

Die Stephanosphaera sind mir zugeflogen worden. Kein Weihwasserkessel, kein Pfostenloch in altehrwürdigen Burgruinen, sondern einfache Dachpappe auf einer Garage. Ich habe sie im Regenwasser aufgefangen, über 14 Tage eine Massenentwicklung in einem Marmeladenglas beobachtet, dann Zusammenbruch der Population - in dem Moment, als ich einem Kollegen  eine Probe schicken wollte. pH- Wert liegt bei 6-7, also nicht im Alkalischen. Ich vermute, dass die Stephanosphaerae Aplanosporen gebildet haben und sich dadurch getarnt haben, denn die 8er-Kugeln sind noch da, wenn auch nur sehr vereinzelt.

Der Fundort ist trotzdem nicht so ungewöhnlich. Wir sind hier im Spessart, in einer Buntsandsteingegend. Vögel werden sie eingeschleppt haben.

Wiederbelebungsversuche laufen. Wenn es etwas Neues gibt, lasse ich von mir hören.

Mit stephanosphaerischen  Grüßen eines Regensburgers
Aus Unterfranken

Robert Sievi



abbeköhl

#9
Guten Morgen Angie,

Deine Feststellung ist nicht unbegründet. Aber wie ich inzwischen gemerkt habe, geht es nicht nur um lebende, aber still liegende Organismen deren "Äusseres und Inneres" trotzdem noch in Bewegung sind, wenn auch nur minimal(z.B: durch dass Licht=>Wärme).

Transparente Organismen(auch wenn sie tot sind), sind in der Regel schwerer zum stacken als ein Objekt dass nicht transparent ist und eine einfache Oberflächenstruktur hat.
Dass kommt auch daher weil sich die Strukturen der verschiedenen Aufnahmen bei transparenten "Objekten, Proben" stark "überlappen". Das gibt eine gewisse "Unruhe" ins Bild mit dem die Programme zu tun haben und umgehen müssen.
Auch nicht transparente Objekte mit einer "nervösen, unruhigen" Oberfläche z.B: Mit tausenden von sich überlagernden Haaren können für ein Programm eine Herausforderung darstellen.
Solche nervöse(unruhige) Bilder benötigen beim stacken vielfach eine von den Standarteinstellungen abweichende Einstellung der Parameter, um ein zufriedenstellendes Resultat zu erzielen.

Probiere doch mal ein "ruhiges" nicht transparentes und nicht so stark "überlappendes" Objekt mit einer ruhigen Oberfläche zu stacken(z.B: Ein Stecknadelköpfchen, Münze etc.), dann wirst du sehen, dass die Programme damit viel weniger Probleme haben, vor allem mit den Standarteinstellungen.

Im Helicon Focus kann ich mit den 3 Standarteinstellungen A,B und C schon zwischen "ruhigen und unruhigen" Bildern(Stappel) zum stacken wählen, je nach dem erziele ich bessere Resultate. Ansonsten passe ich die Parameter an.

Meine Erfahrungen mit ImageJ(Freeware) beim stacken sind in etwa dieselben, auch da kommt man meistens nicht um das Anpassen der Parameter herum(Auch bei den diversen Stack-Plugins). Eine Allround-Wunder-Einstellung gibt es da auch nicht. Meistens bringt testen die Erkenntniss welches die beste Einstellung ist, bei mir auf jedenfall ;D.

Dasselbe gilt meiner kurzen Erfahrung nach auch für Picolay(Freeware), soviel ich bis jetzt sagen kann. Trotzdem bin ich immer mehr am zweifeln, ob ich Helicon Focus nochmals kaufen würde, jetzt da ich Picolay kenne :D. Den Helicon Focus hatte ich damals auch wegen der Panorama-Funktion gekauft, aber ab ca. 30 Bilder macht es beim stichen Probleme :(. Da greife ich zum stichen für meine Zwecke lieber wieder auf den guten alten Photoshop zurück.

Wenn ich auf die schnelle mit den "Parameter-Standartwerten" aller drei genannten Programme einen Stack durchführe, erziele ich erstaunlicherweise meistens mit Picolay(ohne Enhance-Nachbearbeitung) schon die besten Ergebnisse. Ich habe extra als Test alle meine Stack-Stappel die ich habe, durch die drei Programme laufen lassen.

Da überlappende Bilder(Strukturen) schwerer zum stacken sind, schwören viele Anwender darauf dass man während den Aufnahmen am Mikroskop die Aperturblende am Kondensor so weit geöffnet wie möglich lässt(weniger Schärfentiefe => weniger Überlappungen der Strukturen auf den Bildern, dass wiederum ergibt weniger Probleme, Artefakte etc. beim Stacking).
Ich persönlich bevorzuge für Stacks die Aperturblende am Kondensor auch so "weit geöffnet wie möglich" zu halten. Vielleicht solltest du mal ein paar Einstellungen der Aperturblende in Zusammenhang mit verschiedenen Stackingschritten(grösse des Abstandes) testen, kann sein dass es was bringt. Ein stabiler Stand für das Mikroskop etc. ist natürlich unabdingbar. Ich denke richtig weiterhelfen konnte ich dir auch nicht, aber dass sind halt so meine Erfahrungen, die ich bis jetzt "Betreff Stacking" mit den drei Programmen gesammelt und erlesen habe. Vielleicht haben andere Anwender andere Erfahrungswerte gesammelt und teilen sie mit, dass würde mich auch interessieren.

Ich wünsche allen einen schönen Tach, Grüsse aus der Schweiz, Reto B.

Bernd

Hallo Angie,

mit Xanthidium hast du eine Alge gewählt, bei der Stacking eine Herausforderung ist, die meiner Meinung nach nicht ohne Kompromisse bewältigt werden kann. Das Problem sind die Dornen. Stackt man zu viele Ebenen, liegen immer mindestens zwei Dornen aufeinander, was unnatürlich und unschön aussieht. Die Dornen aus nur einer Ebene alle scharf zu bekommen, ist auch nicht einfach. Ich würde versuchen, mit zwei oder drei mit relativ offener Blende aufgenommene Ebenen deiner gestitchten Alge die Dornen scharf zu bekommen.

Closterien kann man überhaupt nicht ohne manuelle Nachbearbeitung vernünftig stacken, auch wenn auf Grund ihrer Spindelform meist erst ein Stach zu Fotos führt, auf denen sowohl die Mitte als auch beide Zellenden scharf abgebildet sind. In den Endvakuolen hat man dann aber immer viel zu viel Kristalle. Da hilft dann nur manuelle Nachbearbeitung. Aber dank der Ebenentechnik von Photoshop ist das normalerweise schnell und problemlos zu machen.

Manchmal geht es gar nicht ohne zu stacken - siehe meinen Beitrag zu Pseudostaurastrum (http://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=17755.0).

Viele Grüße
Bernd

Monsti

Hallo Bernd,

mit Absicht hatte ich ein etwas schwierigeres Objekt gewählt, sozusagen aus dem "Tümpleralltag" gegriffen. Schließlich möchte ich alle interessanten Organismen fotografisch festhalten, und dies natürlich möglichst gut. Andere Mikroskopiker wählen ein Motiv, das ihnen für eine "Veredelung" geeignet erscheint. Gute Stacks von unproblematischen Motiven sind aber keine Kunst. Unsereins nimmt halt alles Unbekannte vor die Linse, ob fotogen oder nicht. Auch die Staurastren können einen zum Wahnsinn treiben.

Ja klar, ein solches Xanthidium hat diverse übereinanderliegende Zähnchen, mit denen ein Stacking-Programm kämpfen muss. Helicon Focus schaffte dies im Automatikmodus aber mühelos innerhalb von nicht einmal 30 sec., Picolay benötigte für dieselbe Serie 4-5 min. und raffte es trotz der Option nicht, die oberen Details stärker zu berücksichtigen, das Durcheinander der Zähnchen zu differenzieren. Wo viele Zähnchen übereinander liegen, herrscht nach dem Stack leider heilloses Durcheinander. Dies sieht man auch auf Heriberts überarbeiteten Bild. Möglich, dass er mit der originalen Achterserie bei eigenhändigem Stacken per Picolay ein wesentlich besseres Ergebnis erzielen würde ... keine Ahnung.

Lieber Heribert, falls Du mitliest, kann ich die die Originalbilder gerne schicken, und Du machst mit Deinem Programm etwas Ansehnliches daraus, um uns anschließend zu verraten, welche Optionen Du benutzt hast. Das wäre eine super Hilfe.

Herzliche Gutenachtgrüße
Angie