Versuche zu einem interaktiven Histopanorama

Begonnen von reblaus, Mai 05, 2021, 15:56:46 NACHMITTAGS

Vorheriges Thema - Nächstes Thema

reblaus

Hallo -

es ging mir wie manchen Kollegen mit astronomischem Hintergrund: Nachdem Wetter und Fußbeschwerden die geplanten Landschaftspanoramen mit biologischen Hintergrund etwas erschwerten, habe ich stattdessen mal geschaut, ob man dafür an einem flächigen Mikroskopschnitt üben kann.
       Von Ronald Schulte besitze ich 1,5 µm dicke Schnitte (Technovit, Toluidinblaufärbung) von einer Jungmaus, und die sind großflächig genug, dass sich ein komplettes Panorama lohnt und gleichzeitig so scharf, dass es den Einsatz einer 100x-Immersion für tiefere Blicke wert ist. Ronald hat mir erlaubt, mal einen Zwischenstand dieses Anfängerprodukts hier zur Diskussion zu stellen, obwohl ja sowohl im Forum als auch auf seiner Homepage (Links im  Panorama) bereits Fotos davon existieren, die schöner und schärfer sind.

Also hier das Übungspanorama: Schnitt durch einen Mauskopfs frontal auf Nasenhöhe (ca. 50 Fotos mit dem PlanNeo 10x). Darauf Hotspots zu kleineren Panoramen (zwischen 10-30 Fotos mit dem PlanApo 100x), nebst einigen Infos, die recht schlicht gehalten sind, weil das Panorama auf meiner Homepage allgemein zugänglich ist.

https://www.phylloxera.de/mauskopf-na/index.html

Bitte also um Kommentare!
Einige Probleme habe ich auch bereits selbst erkannt. Z.B. muss die Auflösung des 100x PlanApos noch besser ausgenützt werden, denn zum einen wären trotz des recht dünnen Schnittes gestackte Einzelbilder angebracht, wie es Oliver hier mustergültig demonstriert hat:
http://www.thum.li/Mikro/Dracaena/Bild-14_gross/index.html ,
zum anderen hätte HDR hilfreich sein können um massiv gefärbte Stellen besser von einigen zarten Zellinnereien differenzieren zu können. Es gibt also viel zu tun - warten wir es ab.

Zur Methode:
1. Aufnahmen mit Canon EOS R auf dem Axioskop 50 - allerdings nicht in Vollformat sondern auf 1,6x gecropt).
2. Herstellung der Panoramen
a) meist durch Entwickeln der RAW-Dateinen direkt in PTGui, grob nachbearbeiten, stitchen, als JPG-Panorama ausgeben und dieses dann nochmals mit DxO Fotolab feinbearbeiten,
    oder
b) Entwicklung der RAW-Dateinen mit DxO zur TIFF16, danach Stitchen mit PTGui zu JPG-Panoramen.
3. Konfektionieren zur WEB-Ausgabe mit Pano2VR

Viele Grüße

Rolf

othum

Hallo Rolf,

ist doch sehr schön (wobei mich auch etwas stört, dass die Zoomrichtung am Mausrad "falsch" rum ist).

Zum Thema HDR: Ich denke, das wäre nicht nötig, wenn Du das Pano als 16-bit Version weiter bearbeiten könntest und nicht an der Stelle schon auf 8-bit gehen müsstest. Der Kontrastumfang der modernen Sensoren, insbesondere der großen, gibt das eigentlich her. Ich kenne DxO nicht, kann das *.psb Dateien importieren? Dann hättest Du eine 16-bit Schnittstelle für Dateien, die zu groß für TIFF sind, könntest dann in DxO die Gradation anpassen und dann erst auf 8-bit komprimieren.

Beste Grüße, Oliver
Zeiss Axiovert S100 HF/Ph/DF, Auflicht-FL
Zeiss Axioskop 50 HF/Ph/Pol, Auflicht-HF/DF/Pol
Kamera: Pentax K-1

reblaus

Hallo Oliver -

das ist eine Grundsatzfrage - hole ich mit dem Mausrad was her oder fahre ich damit irgendwo hin? In der Tat bin ich auch schon mal drüber gestolpert, wenn ich mal zwischendurch krpano benutzt habe, bei dem die Defaultstellung andersrum ist. Aber bei Pano2VR ist es ja jetzt mit einem Häkchenklick umgestellt ...

Das DxO kann Paintshop-Dateien zwar importieren, aber nur TIFF und JPG exportieren. Aber ich mach mir da erst mal keine Gedanken, weil ich von den minimalen Bildbearbeitungsfunktionen, welche der PTGui-Panorama(vor)editor bietet, ganz angetan bin. Man kann ja die Form der Gradationskurve verändern und diese verschieben und auch die Farbtemperatur einstellen - und alles in 16 Bit.  Wenn ich stattdessen die JPG-Datei verwende, welche die EOS R zusammen mit dem RAW ausgibt, finde ich das Resultat jedenfalls deutlich schlechter.
Will dann aber doch noch einige Vergleich anstellen und die Routine steigt auch langsam ...

Viele Grüße

Rolf


Viele Grüße

Rolf




Die EOS gibt ja zu der RAW-Datei auch immer die JPG-Datei aus und wenn ich das PTGui mit dieser füttere statt mit RAW war das Resultat eher schlechter als wenn ich von d

reblaus

Hallo Panoliebhaber -

nach einem kostspieligen Umweg über den Panoramaplayer Pano2VR bin ich nunmehr doch bei Krpano gelandet und kann einen Vergleich anstellen.
Weiter oben im thread hatte ich bereits eine im Versuchsstadium mit Beschriftungen stark überladene interaktive Pano2VR-Tour durch einen Mäusekopf gezeigt:

https://www.phylloxera.de/mauskopf-na/index.html

Diese nimmt etwa 800 MB Platz auf dem Server ein!

Nun habe ich mit den 5 darin verwendeten Panoramen (1 großes, 4 kleinere) was ähnliches mit Krpano produziert - und dessen Daten beanspruchen bei gleicher Bildqualität nur etwa 250 MB!

https://www.phylloxera.de/mauskopf-kr/tour.html

Hinzu kommt, dass Pano2VR zur Berechnung einer Basis-Tour etwa 3 mal so lang braucht wie Krpano und doppelt so teuer ist!

Anfangs hatte ich mich vor Krpano gescheut, weil die ersten Schritte zur Erstellung eines interaktiven Panorama-Rohbaus zwar sehr einfach sind, für weitergehende Ansprüche aber gewisse Programmierkenntnisse benötigt werden, d.h. man muss dazu mit einem Editor in einer XML-Datei herumtippen können und wenigstes ungefähr erahnen was die Funktionsbezeichnungen und Parameterwerte wohl bedeuten könnten.
Das hatte ich mir altersbedingt nicht mehr zugetraut - trotz gewisser Vorkenntnisse aus dem letzten Jahrtausend.  Aber schließlich halfen gute Ratschläge aus dem Forum, fleißiges Lesen von Beispieldateien, Ausprobieren von Beispielsequenzen, Versuch und Irrtum - eine Anleitung für Anfänger gibt es nicht.

Anfangs schien Pano2VR günstiger zu sein - man arbeitet wie bei den Bildbearbeitungsprogrammen meist mit der Maus und kaum mit der Tastatur. Aber auch hier zeigte sich, dass ein Erproben der Unzahl anspruchsvollerer Möglichkeiten schließlich genau so mühsam wurde wie bei Krpano. Mangels tieferen Verständnisses und eines vernünftigen Handbuchs ist man auch hier auf Versuch und Irrtum angewiesen.

Jedenfalls hat mir nach einiger Zeit das Tippen in der Krpano-XML-Datei mehr Vergnügen bereitet und das erfolgreiche Ändern von Parametern in einer XML-Datei oder das erfolgreiche Reinkopieren von Programmsequenzen aus anderen Dateien hat sogar was von einem Erfolgserlebnis.

Viele Grüße

Rolf