Ein neues kostenloses Stackingprogramm (mit Downloadlink)

[Nochnmikroskop]

Hallo Bernd,

beim ersten Versuch mit einfachen JPG Dateien verursachte die Rework Funktion eine Fehlermeldung.
Die Umwandlung in TIF hatte mehrere graue leere Bilder gebracht, vermutlich waren die Unterschiede dort zu gering? s. Fehlermeldung 2

Weiterhin kann man nicht alle Funktionen des Programms sehen, wenn nicht die Taskleiste automatisch ausgeblendet wird.
Win10-Rechner.

LG Frank

[bewie]

Hallo Stackfreunde,

den Aspekt ini-Dateien werde ich mal in Angriff nehmen, scheint mir in jedem Fall sinnvoll, einen globalen Satz Einstellung vorzuhalten und die zuletzt gewählten projektrelevanten Einstellungen im Projektordner zu hinterlegen.

@ Frank:
Tut mir wirklich leid, aber da habe ich noch einen Bug übersehen, so dass es zu dieser Fehlermeldung beim Reworking kommt. Inzwischen habe ich die Version 1.0.1 online gestellt, mit der sollte der Fehler nicht mehr auftreten. Du kannst aber auch in der Version 1.0.0 im rosa Kasten das Häkchen bei ScaleSE entfernen, dann sollte es ebenfalls funktionieren.

Was das Verschwinden der unteren Buttons betrifft, dürfte das an der Bildschirmhöhe liegen, die wahrscheinlich zu gering für stacky ist. Ich muss eine solche Bildschirmhöhe aber berücksichtigen und werde noch eine Scrollbar in den Werkzeugkasten einfügen, so dass man auch bei kleineren Bildschirmen die unteren Werkzeuge hochscrollen kann. Wird mit der nächsten Version erledigt. Manchmal bin ich bei der Programmierung einfach betriebsblind und denke nur an meine eigene Hardwarekonstellation; deswegen bin ich dir für deine Rückmeldung so dankbar!

Die SUDiff-Dateien sind Arbeitsdateien für die Reworkfunktion und von Haus aus grau, weil die Daten darin nicht besonders stark streuen. Sie sollten nicht verändert werden, sonst funktioniert das Reworking nicht mehr. Ich hätte für die Dateien ein eigenes Format mit eigener Endung einrichten und sie verstecken können, aber ich habe mich dann doch für ein 48Bit-RGB-PxelFormat entschieden, das alle notwendigen Daten aufnehmen kann und zudem neugierigen Menschen erlaubt, die Daten zu visualisieren: Du kannst du im expert-Modus eine von diesen Dateien in die rechte Bildfläche laden und es dann voll kontrastieren. Der Button dafür ist über der Bildfläche und im Manual erklärt. Dann siehst du die Daten der jeweiligen GL-Summen-Ebene als Bild.

Wenn ich deine Bilder anschaue, erscheinen sie mir wie Schmetterlingsschuppen? Da bin ich gespannt, was das Reworking bringt. Und wenn es Probleme gibt, bitte wieder melden!
LG
Bernd

[Bob]

Hallo Bernd,
ich bin schwer beeindruckt, dass Du sowas programmieren kannst! Es ist auch wirklich nett, dass Du das Programm kostenlos zur Verfügung stellst. Funktionierende aber kostenlose Programme machen es z.B. möglich, Themen in einer Arbeitsgruppe zu bearbeiten, in der nicht alle sich in die Nutzung so eines Programms vertiefen werden und deshalb nicht bereit sind, einen größeren Betrag zu investieren.
Momentan bin ich anderweitig beschäftigt, aber sobald ich wieder weniger zu tun habe, werde ich mir Dein Programm mal vorknöpfen. Spontan besonders ansprechend fine ich die nachträgliche Beeinflussbarkeit des Stackingergebnisses ohne Neuberechnung.

Viele Grüße,

Bob

[Nochnmikroskop]

Hallo Bernd,

Du hast das richtig erkannt, es sind Schmetterlings-Schuppen.
Deine Software hatte erst einmal alle Kontraste und Farben recht hoch eingestellt. Im Expertenmodus konnte ich schon einen ersten Versuch mit der beachtlichen Reworkfunktion anstellen. Was mir auch gut gefällt ist die Bearbeitungsfunktion im Nachgang.

Was mir fehlt wäre noch die Bearbeitung von 4K- und 6K-Videodateien. Bei Helicon kann man die einfach ins Programm ziehen, die Einzelbildauflösung erfolgt dann automatisch --> das ist schon praktisch.

Bis jetzt habe ich es, ähmm sagen wir mal weitestgehend vermieden, in Dein Manual zu sehen, nur mal kurz reingeblättert. MANN baut doch erst auf und liest die Montageanleitung nicht --> erst wenn Teile über sind ...
Aber ich gelobe Besserung, Dein Programm könnte sich als sehr hilfreich herausstellen, da muss MANN auch mal über seinen Schatten springen können 

Es könnte aber sein, das noch ein paar Wünsche ausgesprochen werden, schließlich ist ja bald Wheinachten.

Nochmals danke für Dein k o s t e n l o s e s Programm.
Ich habe es schon in den Ordner mit den anderen portablen Anwendungen (PortableApps.com) geschoben, ich bin Fan von sowas, die passen auf den USB-Stick und alles läuft überall. Und wenn die INI Datei dann auch da landet ....

LG Frank

[bewie]

Hallo,

vielen Dank für euer Lob. Das mit den Videodateien habe ich mir mal in die ToDo-Liste geschrieben; bin mir aber nicht sicher, ob ich das bis Weihnachten schaffe . Ansonsten immer her mit den Wünschen. stacky soll ja das bringen, was die User haben möchten.

Ansonsten geht es mir ja genauso: Ich spiele auch immer erst rum und lese dann die Anleitung. Hat noch meiner Meinung den Vorteil, dass man die Anleitung dann viel besser versteht.

LG
Bernd

[lsolbach]

Hallo Bernd,

schade, dass Dein Programm Windows only ist. Hätte es gerne unter Linux getestet.

Zerene ist wegen Java plattformneutral.

Viele Grüße
Ludger

[Lupus]

Hallo Bernd,

ich habe den Teststack Maikäfer auch zum Vergleich mit dem Programm PICOLAY verarbeitet und mir erlaubt, eine Gegenüberstellung der Ergebnisfotos zu machen. Ich habe bei PICOLAY wie bei Stacky jeweils nur die Standardeinstellungen verwendet. Im Bild ist ein Ausschnitt des Käfers jeweils mit PICOLAY (links), Stacky mit der weichen Einstellung (PyramidEMA, Mitte) und Stacky mit der mittleren Einstellung (PyramidEMC, rechts) dargestellt. Die harte Einstellung mit der Datei PyramidEMB halte ich für ungeeignet kontrastreich. Die Bilder sind stark herausvergrößert bis zur Pixelauflösung der Originalfotos.

Man sieht zusätzlich im Vergleich mit zwei Originalbildausschnitten aus dem Fotostapel - die jeweils unter dem zugehörigen Bildbereich der drei Ergebnisfotos eingeblendet sind - dass Stacky deutlich unschärfer arbeitet (wohl prinzipbedingt weil immer Mittelwerten aus dem ganzen Stapel verwendet werden). Dafür enthält PICOLAY (oft, zumindest bei meiner nicht optimierten Einstellung) Artefakte z.B. im Hintergrund. So gesehen hat jedes Programm seine Vor- und Nachteile.

Hubert

[bewie]

Hallo Ludger, hallo Hubert,

Ludger, tut mir leid, ich kann stacky nicht für Linux compilieren, das gibt meine IDE nicht her. Ist in C++ geschrieben mit einigen zusätzlichen Paketen fürs Fensterln, aber eben die sind strikt auf Windows ausgelegt.

Hubert, du hast natürlich recht, jedes Programm hat seine Stärken und Schwächen. Nicht nur beim Stacken, sondern in der Bildverarbeitung generell steht man oft vor einem Optimierungsproblem, das es in der Technik oft gibt: Wenn ich an einem der vielen Parameter drehe, wird ein Aspekt besser, aber dafür driftet ein anderer ab. Insofern muss man einen Weg finden, der das Optimum liefert. Das wiederum hängt auch von der Sichtweise des Anwenders ab. Unter anderem deswegen gibt es bei Stacky das Reworking, bei dem man an einigen Parametern drehen kann. Unten mal ein Vergleich, wie du ihn angestellt hast. Ich meine, da ist das stacky-Ergebnis schon noch etwas schärfer als bei dem einfachen Basis-Stack. Weniger zufriedenstellend ist das etwas überstrahlte Licht, das mit dieser Einstellung verbunden ist. Man kann zwar daran noch ein wenig drehen, aber da ist es eigentlich besser, die Beleuchtung bei der Aufnahme weicher einzustellen.

Aber um Missverständnissen vorzubeugen: Picolay ist ein hervorragendes Programm! Ich wollte halt etwas bieten, was primär einfach und möglichst intuitiv zu bedienen ist, aber auch einige Stellschrauben mehr bietet, wenn es denn gewünscht wird.

LG
Bernd

[Lupus]

Hallo Bernd,

ich sehe bei Deinem Programm als großen Vorteil, dass keine Artefakte entstehen können, die bei anderen Programmen oft durch die unklare bzw. undefinierte Selektion von scharfen Bildbereichen in den jeweiligen Bildebenen auftreten. Ob man die maximale Schärfe benötigt hängt sicher von Anwendungsfall ab. Wenn man Makroaufnahmen mit einer Kamera sehr großer Pixelzahl macht dürfte das sowieso kein Problem sein. Bei Mikroskopaufnahmen mit Details im Grenzbereich der Auflösung natürlich schon eher.

Hubert

[bewie]

Hallo Hubert,

das sehe ich auch so. Durchlichtmikroskopische Aufnahmen sind ja ohnehin schwierig, weil sie normalerweise transparent sind und sich mehrer Schärfebereiche überlagern. Ich habe noch keinen Stacker gesehen, der das wirklich für alle Konstellationen befriedigend löst und stacky hat damit auch Probleme. Ich lasse deswegen meist einen automatischen Stack laufen, versuche das Bild mit Rework zu optimieren und arbeite dann mit dem manuellen Kopierpinsel nach (im gelben Feld). Oder ich arbeite gleich mit dem Kopierpinsel, wenn es nur relativ wenige Ebenen sind, Wenn man dann einzelne Strukturen noch nachkoloriert, kommen ganz interessante Bilder raus, mit denen man beispielsweise auch Zellstrukturen gut demonstrieren kann, wie in den beiden Spirogyra-Bildern unten zu sehen. Da habe ich leider mit zu weitem Ebenenabstand fotografiert, sonst wären sie besser - muss ich also nochmals wiederholen. Nachkoloriert habe ich dann allerdings mit Photoshop, stacky hat keine solche Pinselfunktion. Steht auch noch auf der ToDo-Liste ....

LG
Bernd

[bewie]

Hallo ADi,

genau dies gibt es bei Stacky auch, oben im gelben Feld "Retouch with brush". Wenn du den Button anklickst, geht das Fenster in den Retouch-Modus. Dann kannst du Inhalte vom linken in das rechte Bild übertragen, das nächste Bild ins linke Bildfeld laden und so weitermachen, bis die Serie durch ist.

Beim Einschalten dieser Funktion nach dem Neustart von stacky liegen Ziel und Ursprung des Kopierpinsels auf den gleichen Bildkoordinaten, wie bei Zerene auch. Du kannst bei stacky aber zusätzlich mit "Select copy points" erst einen beliebigen Ursprung und und dann einen beliebigen Zielpunkt wählen und damit beliebige Stellen des linken Bildes ins rechte kopieren. Damit kann man ernsthafte Sachen und auch viel Blödsinn machen. Unten habe ich mich mal auf die Schnelle verferkelt, um das zu demonstrieren.

LG
Bernd

[bewie]

Hallo Adi

ich habe mal alles mögliche ausprobiert und bin drauf gekommen, was es sein dürfte. Daran muss ich noch arbeiten, damit der Barcode in der nächsten Version nicht mehr vorkommt.

Du hast rechts ein Ergebnisbild; das hat das Pixelformat 24 Bit RGB, weil die stacky-Ergebnisse dieses Pixelformat haben. Links lädst du eines deiner ursprünglichen Bilder. Und ich wette, das Bild hat das Pixelformat 48 Bit RGB. Denn wenn du dann erst die Retouchfunktion einschaltest und Bildteile überträgst, kommt es zu dem Barcodefehler. Wenn du bei eingeschaltetem Retouch das nächste Bild lädst, wird es im Speicher automatisch in 24 Bit RGB umgewandelt und der Retouch funktioniert einwandfrei; das Bild auf der Platte bleibt natürlich so erhalten wie es ist. Für mich heißt das: Ich muss in der nächsten Version dafür sorgen, dass es beim Retouch in keiner Situation zu unterschiedlichen Pixelformaten kommt. Bis dahin kannst du den Barcode vermeiden, indem du erst die Retouchfunktion einschaltest und dann das linke Bild lädst. Retouch mit Pixelformat 48Bit RGB beherrscht stacky zu Zeit nicht; die durchgängige Verwendung dieses Formats steht zwar auf der Agenda, aber das wird noch etwas dauern.

In jedem aber vielen Dank, dass du dieses Problem aufgedeckt hast!

stacky ist nicht für flotte Substacks ausgelegt, denn ich habe sie nie verwendet. Zerene hat wohl die Funktion, aber ich habe sie nie benutzt. Möglich sind Substacks bei stacky trotzdem, aber umständlich. Du musst dazu die Bilder auf mehrere Unterordner verteilen und die Unterordner separat stacken oder sie mit dem Commander in einem Rutsch stacken lassen. Dann funktioniert in jedem dieser Ordner auch die Rework-Funktion. Unterordner kannst du direkt im Kontextmenü des stacky-Ordnerbaums erstelle und sie anschließend umbenennen. Die Bilder kannst du ebenfalls direkt in stacky aus der Dateiliste in den neuen Ordner (oder einen beliebigen Ordner) kopieren oder verschieben.

Eine andere, aber problematischere Möglichkeit besteht darin, nur einen Teil der Bilder auszuwählen und zu stacken, dann den nächsten Teil usw. Dafür muss aber im Optionsfenster das Häkchen bei "Add datetime to filenames" gesetzt werden. Diese Vorgehensweise schränkt aber die Reworkfunktion ein, weil die Arbeitsdateien für die Reworkfunktion immer nur die Daten aus den zuletzt gestackten Bildern enthalten. Ich persönlich würde also, wenn ich Substacks haben möchte, das erste Vorgehen verwenden. Das Erstellen der Ordner und das Aufteilen der Bilder kostet zwar einige Zeit, aber mit dem Commander können sie dann abgearbeitet werden, ohne dafür deine Zeit zu beanspruchen. Anschließend kannst du mit Rework noch jeden Substack nacharbeiten.

Hältst du die Substacks für eine so wichtige Sache, dass sie noch, in welcher Form auch immer, automatisiert werden sollten? Und wie würdest du dir eine solche Funktion wünschen?

LG
Bernd

[Nochnmikroskop]

Damit kann man ernsthafte Sachen und auch viel Blödsinn machen. Unten habe ich mich mal auf die Schnelle verferkelt, ....

Seeeehr schön, die "Ferkelfunktion"! Gut demonstriert!
Wie kommt man auf sowas ....? Ich hatte das bis jetzt noch nicht wissentlich vermisst, wobei ich schon mal copy and paste versucht habe, aber dann gab es scharfe Abgrenzungen, die dann auch wieder bearbeitet werden mussten. So ist das dann natürlich einfacher.
Was es nicht alles gibt.
Ich bin übrigens anderer Meinung als ADi bezüglich der Standard Bildoperationen. Ich finde gut nicht immer in andere Anwendungen springen zu müssen.

LG Frank

[bewie]

Hallo Frank, hallo ADi,

ein paar Spielereien habe ich schon eingebaut  .

Ok ADi, hast mich überzeugt, ich werde eine Substackfunktion integrieren. Ich finde es zwar nicht schwer, auch in großen Serien die richtigen Bilder zu identifizieren, um beispielsweise eine bestimmte Stelle beispielsweise von Halos zu befreien, weil ich das in großen Sprüngen eingrenzen und dann mit ein paar weiteren kleinen Sprüngen das richtige Bild finden kann. Aber bei richtig großen Serien und haarigen Bildern mit vielen Stellen für die Korrektur wird es vielleicht doch etwas nervig.

Aber eine Frage: Was meinst du mit "stacky im Batchmodus"? Wenn du damit das Abarbeiten mehrerer Stapel ohne weitere manuelle Eingriffe meinst, dann gibt es das ja schon. Das ist der Commander, den ich schon ein paar mal erwähnt habe und der die Befehle einer einfachen Makrosprache abarbeitet. Über diese Funktion könnte ich auch die SubStacks integrieren. Oder hattest du mit dem Batchmodus etwas anderes im Sinn?

Und noch ein paar Fragen zu den Substacks: Wie trennst du eine Bildserie in Substacks auf? Teilst du sie einfach in gleiche Teile? Oder teilst du anhand der Bildinhalte auf, was ja wieder zeitaufwändig wäre?

LG
Bernd

[bewie]

Hallo ADi,

vielen Dank für deine vielen Hinweise. Ich mach mich mal an die Substacks, muss aber noch ein bisschen überlegen, wie das am besten zu integrieren ist. Meine ToDo-Liste ist in den letzten Tagen ganz schön gewachsen  , aber das wird schon.

LG
Bernd