Bildartefakte ganz einfach beseitigen

[Piper]

Lieber Herr Höbel,

ich möchte Sie trösten, auch ich scheine weiterhin zu "dumm" zu sein, um mit Picolay 2010 den Untergrund adäquat im bereinigten Bild aufzuhellen. Soweit ich bei den meinerseits heruntergeladenen Versionen feststellen kann, habe ich nur in der Vorgängerversion (von 2008) die Möglichkeit, bei der Bildsubtraktion den Hintergrund durch Mausklick im Originalbild vorzugeben. Die Option "Set background" fehlt einfach im Bearbeitungsfenster bei der neuesten Version, wenn die Bildsubtraktion gewählt wird. Zwar kann ein separates Bearbeitungsmakro aufgerufen werden, um einen Bildhintergrund zu kreieren (auch über Mausclick ins Originalbild), allerdings bekomme ich dann nur einen homogen grauen Hintergrund ohne jegliche Objektstrukturen. Ob oder wie man beide Bearbeitungsalgorithmen mireinander kombinieren kann, ist mir unklar.

Fazit: Mir bleibt nur Picolay Version 2008 und/oder Giotto in der aktuellen Version.

[Piper]

Kleiner Nachtrag / Korrektur zu meiner Wortmeldung, speziell für Herrn Höbel und Felix, die ebenso wie ich nicht zum Ziel kamen:

Picolay 2010 funktioniert tatsächlich doch in der gewünschten Weise, wenn man die beiden Bilder (Objekktbild und objektfreies Bild mit Hintergrundartefakten) lädt und anschließend als ersten und einzigen Bearbeitungsschritt das Makro "Set Background / Flatfield" anwählt (und nicht das separate Makro "Add or Substract 1st Image"). In diesem Fall ist das Bearbeitungsergebnis identisch mit demjenigen der Vorgängerversion. Wenn man allerdings die beiden Ausgangsbilder lädt, zuerst eine Bildsubtraktion versucht (über das Makro "Add or Substract 1st Image") und anschließend die Hintergrundanpassung vornehmen will, wird das zuvor erstellte, weitgehend schwarze Subtraktionsbild in einer zweiten Bearbeitungsstufe in ein nahezu homogenes Graubild ohne erkennbare Objektdetails umgewandelt. Diesem Bedienungsfehler war ich offenbar aufgesessen.

Korrigiertes Fazit: Auch die aktuelle Picolay-Version ist gleichermaßen geeignet, wenn man sie richtig bedient.

Schönen Restabend

Jörg Piper

[peter-h]

Hallo Herr Piper,

danke für Ihre Nachricht und die Hilfestellung, nur leider geht es bei mir auch mit dieser Information nicht 
Vermutlich gibt es noch eine versteckte Einstellung oder in einer INI-Datei ist der Wurm drin.
Ich hoffe und warte nun bis zur Tagung in Emden, wo ich den Durchbruch von Picolay ganz sicher erleben werde. Wie ich "reinigen" kann hatte ich gezeigt und die Restfehler werden weiter händisch korrigiert.

Für die Canon 450D und die ImagingSource DBK41 benötige ich sowieso kein Flatfield. Einzig bei sehr heiklen Aufnahmen an der Auflösungsgrenze mit UV-Licht bei 365nm und der monochromen Kamera von Lumenera ist es zwingend nötig ein Flatfield zu erzeugen und zu nutzen. (Amphipleura pellucida mit Grenzauflösung unter 180nm).

Die Canon A620 war nur als Beispiel für die schönen Ringartefakte adaptiert 

Ein schönes Wochenede und Grüße
Peter Höbel

[Nomarski]

Hallo,

nach einigen Experimentieren mit dem Picolay-Programm bin ich zu der Erkenntnis gekommen, daß sich diese Bildartefakte wenn man als erstes Bild eine Aufnahme hat, das außer den Artefakten keinen Inhalt hat. Das bekommt man z.B. durch Defokussierung, wobei zwar kein Objekt aufgenommen wird, aber die Staubpartikel auf dem Chip trotzdem fotografiert werden, weil sie eben immer da sind, egal wie man fokussiert.
Wenn man diesen unerwünschten Bildinhalt per Algorithmus vom erwünschten Bildinhalt abziehen kann, bleibt theoretisch zumindest, das "schöne" Bild.
Wenn man aber ein Bild mit allen Inhalten vom selbigen subtrahiert, bleibt logischerweise die graue, schwarze oder sonstige Fläche, die man durch die drei Parameter einstellen kann ohne weiteren Bildinhalt.

[Heribert Cypionka]

Liebe frustierte Picolay-Nutzer,

die Diskussion hat mich veranlasst, Programmier-Fehler zu suchen - und ich bin fündig geworden -  oder 

Jedenfalls habe ich Buße getan und folgende Verbesserungen eingebracht:

- Wie hier angemerkt (DANKE!), gab es unkorrekte Ergebnisse, wenn man vor dem Flatfield-Verfahren andere Routinen (z.B. Bilder abziehen oder addieren)  hat laufen lassen. Das habe ich hoffentlich durch Weglassen von 5 Programmzeilen behoben.

- Als Verbesserung bieten nun sowohl das Flatfield-Verfahren als auch das Weißabgleich-Verfahren automatisch eine Zielfarbe an, die aus dem aktuell im Bildfenster befindlichen Bild gewonnen wird (Median aus 100 zufällig ausgewählten Pixeln). Man braucht also einen Klick weniger (und wird kaum mehr wie Herr Höbel aus Versehen das Schwarze treffen).  Das muss aber nicht immer die beste Lösung sein. Man kann nach wie vor durch einen Klick mit der RECHTEN Maustaste ins Bild eine Farbe auswählen oder das zusätzliche Farbwahl-Fenster öffnen.

- Die Anleitung (Deutsch und Englisch) wurde aktualisiert.

- Das deutsche Tutorial hat zwei zusätzliche Kapitelchen zum Flatfield-Verfahren und Weißabgfleich bekommen.

Alles zu finden unter http://www.picolay.de


Danke für alle Hinweise auf Programmfehler. Wer sich nicht sicher ist, ob's einer ist, kann ja per mail Anfragen - ich gebe mir nach wie vor gern Mühe, es fast allen recht zu machen.

Heribert Cypionka





 

[Nomarski]

Hallo nochmal,

so frustrierend ist das gar nicht. Und dennoch habe ich es mit der aktuellen Version mal an einem Beispiel getestet:


Hier ein Bild von einer Kieselalge, es dürfte sich um eine Form der Navicula handeln.
Aufgenommen ohne irgendwelche Bearbeitung.


Ein "Leerbild", aufgenommen in einer anderen Fokusebene. Der Vergleich zeigt, daß diese Verunreinigungen in jedem Bild mit aufgenommen werden. 


Die FFC-Funktion bei Picolay putzt die Optik ohne Pinsel.

Nochmals besten Dank für die Anregung und für das Update!
Nomarski

[Frank D.]

Erst einmal möchte ich mich bei Herrn Cypionka recht herzlich für PICOLAY bedanken.
Für mich, der sich erst seit kurzem mit den Stapelaufnahmen intensiver beschäftigt, ist dieses Programm ein enormer Zugewinn;
das Bildergebnis bekommt, ähnlich dem Blick durch ein Stereomikroskop, nun einen räumlichen Charakter.

Ein Vorschlag für die Flatfieldaufnahme und der damit verbundenen Artefakte wie Reflexion, Staub/Schmutz, Vignettierung oder Pixelfehler
ist die Anfertigung eines Leerpräparates.
Dazu habe ich einen sehr sauberen Objektträger mit Kanadabalsam und einem, ebenfalls gut gereinigten, Deckglas bedeckt.
Dieses Leerpräparat wird nun an Stelle des bereits fokussierten und richtig beleuchteten Präparates auf den Mikroskoptisch gelegt und so das "Weißbild" aufgenommen.

Natürlich kann der Objektträger mit dem abzulichtenden Präparat auch so weit verschoben werden, bis ein "leerer" Bereich sichtbar wird.
Häufig zeigen sich aber hier Verschmutzungen auf Präparatebene, die dann negativ in die Korrektur einfließen.

Herzliche Grüße
Frank