Diatomarium in 3D

[Michael K.]

Hallo zusammen,

Diese Legearbeit habe ich schon Anfang letzen Jahres begonnen. Ich habe es auch einige Monate liegen gelassen, weil ich in der Zeit mit dem Bau des Manipulators beschäftigt war. Zu dem gab es ja Probleme mit dem Speedax.
Diese -noch nicht ganz- fertige Arbeit habe mit Hand gelegt.
Was mir Sorge macht ist der Punkt, wie ich es "unfallfrei" eindecken kann. Klebegrund ist Debes, da ja Speedax nicht mehr verwendet werden soll, bleibt mir nur Darax. Eine kleine Probe habe ich von einer
bekannten Foristin vor einiger Zeit erhalten.
Meine Vorgehensweise wäre etwas Xylol zu nehmen um die Luft aus den Diatomeen zu treiben, kurz vorm völligem Verdunsten des Lösemittels würde ich das Darax auf träufeln und wie gewohnt weiter verarbeiten.
Um einem "Unfall" wie Luftblasen oder abgerissene Diatomee vorzubeugen, habe ich vorsichtshalber ein Gesamtbild erstellt und zwar in 3D mittels 20x Objektiv.  Dazu habe ich einzelne oder 2er, 3er Gruppen von Diatomeen erstellt und daraus ein sehr grosses Bild zusammengesetzt.
Was mich zur Idee des Bildes gebracht hat, ist in diesem Link zu sehen.
https://www.flintsauctions.com/news-item/large-single-owner-collection-mollers-diatom-microscope-slides/

Eine 4er Gruppe habe ich ebenfalls letztes Jahr begonnen, hat also auch noch den Klebegrund n. Debes.
Den neuen "nassen" Klebegrund habe ich nur kurz angetestet, funktioniert natürlich.
Jetzt stellt sich mir die Frage, ob man nicht einfach etwas Glycerin auf fertig geklebte Diatomeen ( KG n.Debes) geben kann und dieses dann auf 190 Grad für 40 Min erhitzen kann, bevor man "Pleurax"
drauf gibt. Der Test steht noch aus.

Hier erst einmal die 2 Bilder:

Dieser Link führt zu der Bilddatei in Originalgrösse. Am besten auf Bild gehen, rechte Maustaste drücken und Bild herunter laden und mittels Bildbetrachter am PC und red-cyan Brille ansehen.

https://ibb.co/xDbJ20F


Gruss
Michael

[Siegfried]

Hallo Michael
Eine sehr schöne Legearbeit zeigst du uns hier. Da hast du dir Fähigkeiten angelernt, die ich nicht habe.
Besonders die Geduld fehlt mir. Zum Eindecken solcher doch komplexen Arbeiten kann ich dir leider keinen Ratschlag geben. Ob sich einzelne Diatomeen evtl. beim Erhitzen verschieben ist sicher ein Risiko. Wie Darax da reagiert weiß ich nicht. Günstig wäre halt ein Einbettmittel, wo man zB. das Präparat bei 60 Grad in Wärmeschrank oder auf Wärmeplatte legt und dann viele Tage trocknet. Aber du kommst bestimmt noch dahinter.
    Gruß von Siegfried
PS:  Ich habe jetzt von Michael (MIR) aus Berlin 3 verschiedene Proben von seinem Pleurax bekommen und bin bei ersten Test's.

[Rene]

Enjoyed that. Danke, Michael!
René

[anne]

Lieber Michael,
einfach fantastisch!
Dir hier einen Rat zu geben, ist gefährlich, falls es dann schief geht?
Die Luft austreiben kannst Du auch mit recht verdünntem Einbettmittel.

In dieser Gruppe findest Du auch noch den einen oder anderen Tip:
https://groups.io/g/diatom-forum

Glycerin alleine wird nicht kleben, es ist ja die Verbindung mit der Gelatine die die Klebung bedingt.
lg
anne

[bill2penn]

Hello Michael,
Beautiful work!

It would be very informative if you provided more details of your experiences with my "wet" adhesive. My feeling is that heating the "wet" adhesive at lower temperatures (say 130C for 30 min) simply evaporates the glycerine and leaves the gelatine as it would be found in regular Debes. We know this would not work with Pleurax mountant. However, heating the "wet" adhesive to 190C for 40 minutes not only evaporates the glycerine but also "denatures" or "cooks" the gelatine making it stable to Pleurax. It may be that simply heating Debes (without any glycerine) to 190C for 40 minutes allows the same. I have never tried this because of my severe allergy to Pleurax. Your idea of adding glycerine on top of the regular Debes may also be the same. Please let us know your results.
Best regards,
Bill

[Michael K.]

Hello,

 
I'll test it with some other "standard" diatoms this weekend.
Under no circumstances will I do it with the preparation shown here, which has not yet been covered.


Greeting
Michael

[Michael K.]

Hallo,


ja, was soll ich sagen...  Ich habe es heute gewagt, das "Gelege"auf Debes Kleber mit Pleurax einzudecken. Jeder weis das sich Debes Kleber und Pleurax nicht verträgt, bisher!
Versuche zeigten das sich Diatomeen auf Debes Kleber der hoch erhitzt wird (160 C°) , nicht nicht löst.
Aus diesem Grunde wagte ich heute diesen Schritt. Momentan lasse ich gerade das Lösemittel bei Raumtemperatur etwas abdunsten bevor ich das Präparat auf die Heizplatte lege, um es endgültig fertig zu stellen.
Bis jetzt bleibt alles an Ort und Stelle.  Ich habe es noch -ein wenig- ;-)  erweitert!
Bilder durch das STM habe ich, stelle es aber erst zusammen wenn das Präparat fertig ist.
Noch kann es schief gehen...


LG
Michael

[purkinje]

🤞🏻
Beste Grüße Stefan

[Walter M]

Hallo Michael, großartiger arbeit die Erstellung dieses Diatomariums, vielen Dank fürs Zeigen!

LG
Walter

[Michael K.]

Hallo,

So das Präparat ist fertig, es ist nichts davon geschwommen. Mein Problem ist nun, wie erstelle ich
ein Bild des Ganzen. Da ich kein Spitzenklasse Objektiv habe, bleibt mir nur das Stückweise zusammen
setzen des Bildes. Es war schon eine "Heiden Arbeit" bei der 3D Ansicht. Gut es hat sich gelohnt, zugegeben.
Nun muss ich das Nochmals und mit mehr Bildern machen, da ich das noch erweitert habe. Wie gehe ich da effektiv vor?
Ich nutze das 20er Objektiv, weil ich damit die Diatomeen fast ganz auf die Kamera bekomme. Das 40er
wäre zu übertrieben, da beim verkleinern des Schlussbildes Details eh verloren gingen.
Ich gehe "Zeilenweise" über das Präparat. Jedes Teilstück wird mit "T-nn" für Teil Nr. 1 bis xx benannt. Die einzelnen Fokusbilder werden automatisch per Batchbefehl nummeriert.

Momentan habe ich folgenden Arbeitsablauf:

Fotos der einzelnen Fokusebenen machen. Bilder Speichern (T1-01  bis  T-XX) ---> Stacken---> Ergebnis speichern (T1) ---> alle Ergebnisbilder zu einem Ganzen Bild zusammen setzen.
Ich diesem Fall muss ich geschätzt 80 Einzelbilder zusammenfügen. Und da jedes Einzelbild aus ca. 10
Fokusbildern besteht muss ich ca. 800 Bilder machen.  Da ist mann eine ganze Weile beschäftigt.
Wie kann man das effektiver / schneller machen?
Bleibt noch die Frage ob man die einzelnen Fokusbilder behält, zwecks Erstellung eines 3D Bildes des Präparates. Das weis ich aber noch nicht. Die Datenmenge ist nicht unerheblich... 
Es sei noch gesagt das ich diesmal jedes Einzelbild mit 1600x1200 Picxel mache, nutze also nicht das maximal mögliche um die Datenmenge nicht zu gross zu machen.


Vielleicht hat ja jemand einen Tip...


Gruss
Michael

[JaRo]

Hallo Michael,
mache ich grundsätzlich auch immer so... Wichtig ist dass der Überlapp der Fotos große genug ist damit man keine Probleme beim Zusammenfügen bekommt.
Je nachdem ob der Rechner die Auflösung beim Zusammenfügen packt würde ich das nicht unbedingt reduzieren, wenn man sich schon die Arbeit macht. Die Datenmengen sind bei sowas immer ein Problem. 800 Bilder gehen aber meiner Erfahrung nach noch...
Bei solchen Riesenfotos muss man dann am Ende allerdings immer überlegen wofür man sie macht und ob sich das wirklich lohnt für den Einsatzzweck. Ich hatte es schon dass ich die Bilder aufgrund der Größe nur auf sehr schnellen Rechnern öffnen konnte und mein damaliger Laptop nicht damit klarkam (4 GB JPG)... Manchmal ist dann ein niedrig vergrößerndes Übersichtsbild einfacher und dauert nicht so lange... 
Viele Grüße
Jan

[Nochnmikroskop]

Vielleicht hat ja jemand einen Tip...

Hallo Michael,

derartige 3D Panoramen kann man z.B. mit Helicon Fokus und Microsoft ICE (Image Composite Editor) automatisiert, bzw. halbautomatisch erstellen lassen.

Es gibt bei Youtube ein schönes Video, das recht gut erklärt wie es an einer Münze gemacht wird, so ab 3:30.
https://www.youtube.com/watch?v=mDYdMJsLSEc

Der ICE ist wohl kostenlos, war er zumindest mal. Die Software ist super um Panoramen zusammen zurechnen.
Helicon ist teuer, aber m.M.n. das Geld wert. Da braucht man nicht unbedingt einen Superrechner, idealerweise aber eine eigene Graphikkarte (oft auch im Notebook ansprechbar), die hilft dann auch mit. 
Die Einzelstacks kann man aber auch kostenlos mit Stacky oder Picolay machen, die sind aber um einige Faktoren langsamer. Aber die liegen ja wohl schon vor.

Bevor ich es vergesse - tolle Bilder und Legearbeit von Dir - wie immer.

LG Frank

[Michael K.]

Hallo zusammen,

Ich habe nun auch das Diatomarium Präparat (Pleurax) fertig digitalisiert. Dazu wurde jede Diatomee einzeln gestackt und daraus ein 3D Bild erstellt. Anschliessend habe ich alle 3D Bilder zu der Gesamtansicht zusammengefügt.
Das Forumsbild hat nur 1600px.  Das Präparat selber habe ich momentan nicht, es befindet sich in der Uni Essen. Ich bin ja mal auf das Scanergebnis von unserem Forumsmitglied "NochsonMichael" gespannt. Er arbeitet ja an dem BioSLiDES Projekt.

Die grössere 3D Ansicht ist hier zu finden: https://ibb.co/YdyQ3d1
Auch hier rechte Maustaste, im Kontextmenü "Bild im neuen Tab öffnen" wählen um herein zoomen zu können.


Gruss
Michael

[bill2penn]

Just beautiful Michael!
Regards,
Bill

[Nochnmikroskop]

Hallo Michael,

Toll umgesetzt, danke fürs Zeigen!

Aus was für Material ist der Schriftzug? Sieht nicht geritzt aus.

LG Frank