Makrosammlung ImageJ/Fiji

[M59]

Hallo,

ich mache mal den Anfang mit einem Makro, welches ein 16bit Tiff-File einliest und dann eine Hintergrundkorrektur mit Hilfe eines Leerbildes durchführt.
Im Makro gibt es eine Reihe von Dialogboxen, für Threshhold, Farbanpassung für die  R, G, B Kanäle sowie Helligkeit und Kontrast. Dialogboxen sind nachdem man 'Apply' gedrückt hat mit dem Klick aufs Kreuz zu schliessen.

Die Hintergrundkorrektur gelingt nicht immer gleich gut.  Diese Makros ist vor allem für die Entfernung von Helligkeitsgradienten und Sensorflecken gedacht. Hat man ein Präparat mit klaren Konturen mag es sinnvoll(er) sein, den Hintergrund komplett auszutauschen. Das könnte auch ein zusätzlicher Schritt sein, aber diese Funktionalität ist nicht Bestandteil des Makros.


Das Makro muss in einen Namen mit der Endung '.ijm' umbenannt werden, sonst ist es nicht lauffähig.
Wenn Fiji danach gestartet wird, ist das Macro unter Plugins zu finden.


Fragen, Anmerkungen, Verbesserungen des Makros sind erwünscht.

Grüße,

Michael/M59

[M59]

Hallo,

ein Makro für einen Masstab:

Das erste Makro öffnet im Dialog eine Datei und erlaubt über eine Objektivauswahl einen Massstabbalken einzufügen. Das zweite Makro verwendet die aktuelle offene Datei.

Die Voreinstellung für den Masstabswert sind 50 Mikrometer, es können aber auch andere Werte der Drop-down Liste entnommen oder ein eigener Wert gewählt werden.

Vor der Benutzung ist das Makro zu editieren um, 1.) die Objektivauswahl dem eigenen Bedarf anzupassen, und eventuell Zeilen hinzuzufügen/zu löschen,  2.) die eigenen ermittelten Kalibrierwerte einzugeben in 'xx.xxx' pro Mikrometer.


Das Makro muss in einen Namen mit der Endung '.ijm' umbenannt werden, sonst ist es nicht lauffähig.
Wenn Fiji danach gestartet wird, ist das Makro unter Plugins zu finden.

Man könnte das Makro um Dialoge für andere Telanlinsenfaktoren etc. erweitern, aber das Makro ist absichtlich einfach gehalten.


Fragen, Anmerkungen, Verbesserungen des Makros sind erwünscht.


Grüße,

Michael/M59

[rlu]

Hallo Michael,

gibt es eine andere Möglichkeit als mit einem Staub-Bild, den Gradienten/"Helligkeitsunterschiede/Abschattungen/Vignette bei einem Bild rauszurechnen?

Liebe Grüße
Rudolf

[M59]

Hallo Rudolf,

zu dem Thema gibt es einen längeren Thread und auch ein Makro von Michael Müller, welches, wenn ich mich richtig erinnere, für Fotos im .jpg format geschrieben ist.


https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=51546.0

Alternativ, weil ich das ganz interessant fand, habe ich ein anderes Makro schreiben lassen. Viele Stärken von Fiji zeigen sich vor allem in Bilderserien!

Dazu musst Du das Plugin BASiC installieren: Mit diesem Plugin und dann dem Makro  korrigierst Du nicht ein einzelnes Bild sondern eine Bilderserie die sich in demselben Verzeichnis befindet. Das Makro legt dann ein Unterverzeichnis an, in dem sich die korrigierten Ergebnisse befinden.
Wenn Du keine Serie hast, dann kopiere dasselbe Bild ein paar Mal in das  Verzeichnis. Das Makro funktioniert dann auch.
Die Korrektur funktioniert recht gut, solange die Vignettierung innerhalb der Serie ähnlich ist. Bei unterschiedlichen Einstellungen mit abweichenden Vignettierungen ist es besser, diese Bilder in separaten Verzeichnissen korrigieren zu lassen. 

(Makro von *.pdf in *.ijm umbenennen und in das 'plugin Verzeichnis' kopieren, danach Fiji starten

Viel Spass beim Ausprobieren,

Michael/M59

Vignette_bAsic.pdf