Makrosammlung ImageJ/Fiji

[M59]

Hallo,

ich mache mal den Anfang mit einem Makro, welches ein 16bit Tiff-File einliest und dann eine Hintergrundkorrektur mit Hilfe eines Leerbildes durchführt.
Im Makro gibt es eine Reihe von Dialogboxen, für Threshhold, Farbanpassung für die  R, G, B Kanäle sowie Helligkeit und Kontrast. Dialogboxen sind nachdem man 'Apply' gedrückt hat mit dem Klick aufs Kreuz zu schliessen.

Die Hintergrundkorrektur gelingt nicht immer gleich gut.  Diese Makros ist vor allem für die Entfernung von Helligkeitsgradienten und Sensorflecken gedacht. Hat man ein Präparat mit klaren Konturen mag es sinnvoll(er) sein, den Hintergrund komplett auszutauschen. Das könnte auch ein zusätzlicher Schritt sein, aber diese Funktionalität ist nicht Bestandteil des Makros.


Das Makro muss in einen Namen mit der Endung '.ijm' umbenannt werden, sonst ist es nicht lauffähig.
Wenn Fiji danach gestartet wird, ist das Macro unter Plugins zu finden.


Fragen, Anmerkungen, Verbesserungen des Makros sind erwünscht.

Grüße,

Michael/M59

[M59]

Hallo,

ein Makro für einen Masstab:

Das erste Makro öffnet im Dialog eine Datei und erlaubt über eine Objektivauswahl einen Massstabbalken einzufügen. Das zweite Makro verwendet die aktuelle offene Datei.

Die Voreinstellung für den Masstabswert sind 50 Mikrometer, es können aber auch andere Werte der Drop-down Liste entnommen oder ein eigener Wert gewählt werden.

Vor der Benutzung ist das Makro zu editieren um, 1.) die Objektivauswahl dem eigenen Bedarf anzupassen, und eventuell Zeilen hinzuzufügen/zu löschen,  2.) die eigenen ermittelten Kalibrierwerte einzugeben in 'xx.xxx' pro Mikrometer.


Das Makro muss in einen Namen mit der Endung '.ijm' umbenannt werden, sonst ist es nicht lauffähig.
Wenn Fiji danach gestartet wird, ist das Makro unter Plugins zu finden.

Man könnte das Makro um Dialoge für andere Telanlinsenfaktoren etc. erweitern, aber das Makro ist absichtlich einfach gehalten.


Fragen, Anmerkungen, Verbesserungen des Makros sind erwünscht.


Grüße,

Michael/M59

[rlu]

Hallo Michael,

gibt es eine andere Möglichkeit als mit einem Staub-Bild, den Gradienten/"Helligkeitsunterschiede/Abschattungen/Vignette bei einem Bild rauszurechnen?

Liebe Grüße
Rudolf

[M59]

Hallo Rudolf,

zu dem Thema gibt es einen längeren Thread und auch ein Makro von Michael Müller, welches, wenn ich mich richtig erinnere, für Fotos im .jpg format geschrieben ist.


https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=51546.0

Alternativ, weil ich das ganz interessant fand, habe ich ein anderes Makro schreiben lassen. Viele Stärken von Fiji zeigen sich vor allem in Bilderserien!

Dazu musst Du das Plugin BASiC installieren: Mit diesem Plugin und dann dem Makro  korrigierst Du nicht ein einzelnes Bild sondern eine Bilderserie die sich in demselben Verzeichnis befindet. Das Makro legt dann ein Unterverzeichnis an, in dem sich die korrigierten Ergebnisse befinden.
Wenn Du keine Serie hast, dann kopiere dasselbe Bild ein paar Mal in das  Verzeichnis. Das Makro funktioniert dann auch.
Die Korrektur funktioniert recht gut, solange die Vignettierung innerhalb der Serie ähnlich ist. Bei unterschiedlichen Einstellungen mit abweichenden Vignettierungen ist es besser, diese Bilder in separaten Verzeichnissen korrigieren zu lassen. 

(Makro von *.pdf in *.ijm umbenennen und in das 'plugin Verzeichnis' kopieren, danach Fiji starten

Viel Spass beim Ausprobieren,

Michael/M59

Vignette_bAsic.pdf

[rlu]

Hallo Michael,

Stand:
verwendet wird Fiji
das Modul "BaSIC" und die dazugehörigen Files installiert. Siehe Screenshots
Das Macro Vignette bAsic ausgeführt. Es kommt aber die Meldung es sind nicht genug Bilder im Order.
Ein Bild mit Vignette oder zumindest mit ungleichmäßiger Ausleuchtung wurde mehrfach kopiert und in einem Ordner abgelegt.


interessant was das Modul "BaSIC" ist:
BaSiC ist ein Fiji/ImageJ-Plugin zur Korrektur von Hintergrundrauschen (Background) und ungleichmäßiger Ausleuchtung (Shading) in biologischen Bilddaten. Es wird als Teil der Fiji-Update-Sites installiert und ist als Java-Bibliothek verfügbar, die zeitabhängige Korrekturen für zeitraffende Mikroskopie ermöglicht. Es ist eine beliebte Erweiterung zur Verbesserung der Bildqualität für die Analyse, die unter CC BY-NC-ND 4.0 lizenziert ist.

Wo bekommt man BaSIC her?
https://github.com/marrlab/BaSiC
BaSiCPlugin.zip
kommt in den Ordner: C:\temp\Fiji.app\plugins

nur "BaSiC_.jar" kommt nach Fiji.app/plugins/
AUFPASSEN!
der dazugehöriger Ordner dependent wird kopiert, bzw. der Inhalt und dieser Inhalt kommt nach Fiji.app/jars




"Oh my god: warum habe ich gefragt"
Dann Neustart von Fiji dann sollte Plugin da sein


So jetzt muss das Vignette_bAsic.pdf umbenennen in Vignette_bAsic.ijm
Die sollten doch nach Macros und nicht in die plugins?
genauer gesagt plugins/macros
nach neustart:


so far...

jetzt rufe ich das Macro auf
Wähle den Ordern mit den Bildern auf , wobei es immer das gleiche Bild ist.
Warum das überhaupt funktionieren soll?

Und dann kommt die Meldung: "Nicht genug Bilder"
Bildgröße: 1,1kB

Macro starten und Ordner wählen
Die Aufforderung kommt: "Wähle das Verzeichnis"





Fehlermeldung:

[M59]

Hallo Rudolf,

ich kann und möchte an dieser Stelle den Thread auf Makros beschränken und nicht auf Fiji generell eingehen. Deshalb nur kurz: Plugins nachinstallieren über das Menü: Help -> Update -> Manage unpdate site ud dann die plugins auswählen.

Anbei sind 2 neue Versionen, die den von Dir beobachteten Fehler beheben. Eine für tifs und eine für jpgs.
Der Fehler trat nur bei jpgs auf, was ich nicht testete, da ich diese jpgs ausser in  Foren nie verwende.Es gibt auch ein paar andere Änderungen, die die Dateigröße betreffen.

Anmerken möchte ich, dass ich kein Softwarenentwickler bin, selbstverständlich bin ich für Hinweise auf Fehler in meinen Makros ansprechbar. Allerdings teste ich die Makros nur unter 'meinen' Bedingungen und da mag es durchaus sein, dass noch Fehler enthalten oder vielleicht auch nicht das Ziel nicht zur Zufriedenheit erledigen, da das 'Ausgangsmaterial' unterschiedlich ist.

Beispiele:





Makros: Vignette_BaSiC_jpg.pdf
Vignette_BaSiC_tif.pdf
 

Viel Erfolg,

Michael/M59


Edit: Softwarebug in Vignette_BaSiC_tif.pdf