Makrosammlung ImageJ/Fiji

[M59]

Hallo,

ich mache mal den Anfang mit einem Makro, welches ein 16bit Tiff-File einliest und dann eine Hintergrundkorrektur mit Hilfe eines Leerbildes durchführt.
Im Makro gibt es eine Reihe von Dialogboxen, für Threshhold, Farbanpassung für die  R, G, B Kanäle sowie Helligkeit und Kontrast. Dialogboxen sind nachdem man 'Apply' gedrückt hat mit dem Klick aufs Kreuz zu schliessen.

Die Hintergrundkorrektur gelingt nicht immer gleich gut.  Diese Makros ist vor allem für die Entfernung von Helligkeitsgradienten und Sensorflecken gedacht. Hat man ein Präparat mit klaren Konturen mag es sinnvoll(er) sein, den Hintergrund komplett auszutauschen. Das könnte auch ein zusätzlicher Schritt sein, aber diese Funktionalität ist nicht Bestandteil des Makros.


Das Makro muss in einen Namen mit der Endung '.ijm' umbenannt werden, sonst ist es nicht lauffähig.
Wenn Fiji danach gestartet wird, ist das Macro unter Plugins zu finden.


Fragen, Anmerkungen, Verbesserungen des Makros sind erwünscht.

Grüße,

Michael/M59

[M59]

Hallo,

ein Makro für einen Masstab:

Das erste Makro öffnet im Dialog eine Datei und erlaubt über eine Objektivauswahl einen Massstabbalken einzufügen. Das zweite Makro verwendet die aktuelle offene Datei.

Die Voreinstellung für den Masstabswert sind 50 Mikrometer, es können aber auch andere Werte der Drop-down Liste entnommen oder ein eigener Wert gewählt werden.

Vor der Benutzung ist das Makro zu editieren um, 1.) die Objektivauswahl dem eigenen Bedarf anzupassen, und eventuell Zeilen hinzuzufügen/zu löschen,  2.) die eigenen ermittelten Kalibrierwerte einzugeben in 'xx.xxx' pro Mikrometer.


Das Makro muss in einen Namen mit der Endung '.ijm' umbenannt werden, sonst ist es nicht lauffähig.
Wenn Fiji danach gestartet wird, ist das Makro unter Plugins zu finden.

Man könnte das Makro um Dialoge für andere Telanlinsenfaktoren etc. erweitern, aber das Makro ist absichtlich einfach gehalten.


Fragen, Anmerkungen, Verbesserungen des Makros sind erwünscht.


Grüße,

Michael/M59

[rlu]

Hallo Michael,

gibt es eine andere Möglichkeit als mit einem Staub-Bild, den Gradienten/"Helligkeitsunterschiede/Abschattungen/Vignette bei einem Bild rauszurechnen?

Liebe Grüße
Rudolf

[M59]

Hallo Rudolf,

zu dem Thema gibt es einen längeren Thread und auch ein Makro von Michael Müller, welches, wenn ich mich richtig erinnere, für Fotos im .jpg format geschrieben ist.


https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=51546.0

Alternativ, weil ich das ganz interessant fand, habe ich ein anderes Makro schreiben lassen. Viele Stärken von Fiji zeigen sich vor allem in Bilderserien!

Dazu musst Du das Plugin BASiC installieren: Mit diesem Plugin und dann dem Makro  korrigierst Du nicht ein einzelnes Bild sondern eine Bilderserie die sich in demselben Verzeichnis befindet. Das Makro legt dann ein Unterverzeichnis an, in dem sich die korrigierten Ergebnisse befinden.
Wenn Du keine Serie hast, dann kopiere dasselbe Bild ein paar Mal in das  Verzeichnis. Das Makro funktioniert dann auch.
Die Korrektur funktioniert recht gut, solange die Vignettierung innerhalb der Serie ähnlich ist. Bei unterschiedlichen Einstellungen mit abweichenden Vignettierungen ist es besser, diese Bilder in separaten Verzeichnissen korrigieren zu lassen. 

(Makro von *.pdf in *.ijm umbenennen und in das 'plugin Verzeichnis' kopieren, danach Fiji starten

Viel Spass beim Ausprobieren,

Michael/M59

Vignette_bAsic.pdf

[rlu]

Hallo Michael,

Stand:
verwendet wird Fiji
das Modul "BaSIC" und die dazugehörigen Files installiert. Siehe Screenshots
Das Macro Vignette bAsic ausgeführt. Es kommt aber die Meldung es sind nicht genug Bilder im Order.
Ein Bild mit Vignette oder zumindest mit ungleichmäßiger Ausleuchtung wurde mehrfach kopiert und in einem Ordner abgelegt.


interessant was das Modul "BaSIC" ist:
BaSiC ist ein Fiji/ImageJ-Plugin zur Korrektur von Hintergrundrauschen (Background) und ungleichmäßiger Ausleuchtung (Shading) in biologischen Bilddaten. Es wird als Teil der Fiji-Update-Sites installiert und ist als Java-Bibliothek verfügbar, die zeitabhängige Korrekturen für zeitraffende Mikroskopie ermöglicht. Es ist eine beliebte Erweiterung zur Verbesserung der Bildqualität für die Analyse, die unter CC BY-NC-ND 4.0 lizenziert ist.

Wo bekommt man BaSIC her?
https://github.com/marrlab/BaSiC
BaSiCPlugin.zip
kommt in den Ordner: C:\temp\Fiji.app\plugins

nur "BaSiC_.jar" kommt nach Fiji.app/plugins/
AUFPASSEN!
der dazugehöriger Ordner dependent wird kopiert, bzw. der Inhalt und dieser Inhalt kommt nach Fiji.app/jars




"Oh my god: warum habe ich gefragt"
Dann Neustart von Fiji dann sollte Plugin da sein


So jetzt muss das Vignette_bAsic.pdf umbenennen in Vignette_bAsic.ijm
Die sollten doch nach Macros und nicht in die plugins?
genauer gesagt plugins/macros
nach neustart:


so far...

jetzt rufe ich das Macro auf
Wähle den Ordern mit den Bildern auf , wobei es immer das gleiche Bild ist.
Warum das überhaupt funktionieren soll?

Und dann kommt die Meldung: "Nicht genug Bilder"
Bildgröße: 1,1kB

Macro starten und Ordner wählen
Die Aufforderung kommt: "Wähle das Verzeichnis"





Fehlermeldung:

[M59]

Hallo Rudolf,

ich kann und möchte an dieser Stelle den Thread auf Makros beschränken und nicht auf Fiji generell eingehen. Deshalb nur kurz: Plugins nachinstallieren über das Menü: Help -> Update -> Manage unpdate site ud dann die plugins auswählen.

Anbei sind 2 neue Versionen, die den von Dir beobachteten Fehler beheben. Eine für tifs und eine für jpgs.
Der Fehler trat nur bei jpgs auf, was ich nicht testete, da ich diese jpgs ausser in  Foren nie verwende.Es gibt auch ein paar andere Änderungen, die die Dateigröße betreffen.

Anmerken möchte ich, dass ich kein Softwarenentwickler bin, selbstverständlich bin ich für Hinweise auf Fehler in meinen Makros ansprechbar. Allerdings teste ich die Makros nur unter 'meinen' Bedingungen und da mag es durchaus sein, dass noch Fehler enthalten oder vielleicht auch nicht das Ziel nicht zur Zufriedenheit erledigen, da das 'Ausgangsmaterial' unterschiedlich ist.

Beispiele:





Makros: Vignette_BaSiC_jpg.pdf
Vignette_BaSiC_tif.pdf
 

Viel Erfolg,

Michael/M59


Edit: Softwarebug in Vignette_BaSiC_tif.pdf

[rlu]

Hallo Michael,

habe jetzt beide Macros für Tiff und jpg installiert.
Leider wird der Ordner
"Korrekturen_Farbe_JPG" und
"Korrekturen" für Tiff nicht gefüllt.

Bei dem Makro für JPEG werden noch zusätzliche Ordner angelegt:
temp_B, temp_G, temp_R die auch mit SW_Bilder  befüllt werden.
Anzahl der Quell-Bilder = Anzahl der Bilder in diesen Ordnern

Sieht so aus, als ob er schon Korrekturen durchführt werden, aber nur in SW




hier der Ordner für Tiff


hier der Ordner für JPG


Korrekturen_Farbe_JPG und Korrekturen (im Ordner Tiff) sind leer

Fehlermeldung:



Die temp Ordner sehen ungefähr so aus und enthalten jetzt tiffs


Liebe Grüße
Rudolf

[rlu]

Hallo,

das Programm mag ja mächtig sein, aber ohne KI keine Chance überhaupt einen hint zu bekommen was da schief läuft.

Installiere jetzt neu:



Liebe Grüße
Rudolf

[M59]

Hallo Rudolf,

ImageJ/Fiji ist  im akademischen Umfeld zur Bildanalyses entstanden und ist tatsächlich einzigartig, aber für den wenig vertrauten Benutzer und das schreibe ich aus eigener Erfahrung, kann der Umgang damit frustrierend sein.

1.) Schau Dir den Screenshot an und stelle sicher, dass die plugins alle installiert (ij......)

2.) Dann dein Bild enthält links oben eine Vignette, die nicht zu korrigieren ist, da dort Bildinformation fehlt (schwarze). Diese Problem löst Du am besten durch einen Beschnitt des Bildes. Ich hänge mal ein Bild an (Vignette nur abgeschnitten)
3.) das Makro funktioniert auch mit dem Beschnittbild, aber das Ergebnis ist unbefriedigend. Bei stark gefärbten Bildern scheint es ein Problem zu geben. Bei meinen Tiffs habe ich auch eine kräftige Nachfärbung gesehen, aber nicht so ausgeprägt wie bei diesem Bild. Das mag auch am hochkomprimierten jpg File liegen. Hier müsste man das Makro prüfen, ich habe dazu zwar ein Idee, aber kann dem jetzt nicht nachgehen. Wenn immer möglich bevorzuge ich die Bearbeitung von 'Tifs'


Grüße,

Michael/M59

[rlu]

Hallo Michael,

ich gebe auf. Es war wirklich schon schwer überhaupt BaSIC wieder zu installieren.
Mit chatgpt als Codierer kommen ich/wir an unsere Grenzen. Mit deepseek auch.
Bin jetzt bei Macro version 32. Die Schwierigkeiten entstehen, da es scheinbar unterschiedliche Syntaxe gibt für fiji und  ImageJ gibt. Was ich nicht verstehe, weil fiji und ImageJ sind doch verwandt, bzw Fiji baut auf ImageJ auf.

Noch ein paar Hinweise für die, die es auch versuchen wollen:
... tbc




Ich werde das wieder handisch machen. Oder wenn ich viel Lust habe wird das ein Phytonscript.
Mal sehen...

Trotzdem vielen Dank
Rudolf

[M59]

Hallo,

schade Rudolf, dass Du keinen Erfolg hattest! Der Umgang mit ImageJ/Fiji ist, ähnlich wie bei anderer komplexer Software z.B. 'Gimp' gewöhnungsbedürftig, allerdings ist in Fiji das GUI sehr rudimentär ausgelegt.

In diesem Thread wollte ich keine Tipps zu ImageJ/Fiji geben, dazu gibt enorm viel Material im www, z.B. viele tutorials in youtube. Ich möchte den Thread auf die Auflistung praxisnaher Makros beschränken, da der Thread sonst sehr unübersichtlich wird und ziehe ich es vor,  Diskussionen zu individuellen Makros anderswo zu führen.

Die Plugins sollte man immer über das Menü: -Help- Update, Manage update Sites nachinstallieren. Fiji muss dann einmal geschlossen und wieder geladen werden. Nur dann, wenn die Plugins nicht gelistet sind würde ich die manuell herunterladen. Das  mag dann durch veraltete oder sonstwie inkompatible Versionen zu viel Frust und Zeitverlust bei der 'Fehlersuche' führen.

Die KI codierer von ChatGPT, Gemini sind sehr hilfreich, dennoch kann deren Benutzung zeitraubend sein, da die KI (aus Sicht von ImageJ) häufig unsauber programmiert, sich mit Fenstern  'verheddert' also Variablen nicht sauber adressiert, nicht korrekt speichert, und dann nicht mehr 'findet', ...inkompatible Syntax verwendet und vieles andere.  Aufgeben ist keine Option.   


Viele Grüße,

Michael/M59