Entomoneis alata - Diatomee mit schwieriger Morphologie

[Rene]

here are some more SEM images shwowing the internal architecture of the valve, with a clear view of the internal bridges in the keel (fibulae).

Best wishes, René

[Michael K.]

Hello Rene,

Very interesting Pics.
I don't know how nature can create something like this. It's a mystery to me!

Thanks for sharing the pictures.


Greetings
Michael

[rlu]

Hello Rene,

The Ark wasn't a wooden ship like Noah's in the Bible, but a small diatom with ribs—just kidding.

Your photos are great, and they also help us better understand the structure of these complex diatoms. But an SEM isn't a "jack-of-all-trades."
You can't use a SEM to look into different layers. And with Picolay and a microscope, you have the ability to view these layers simultaneously.
Now there are two areas of application, as I see it. These are macro photographers, who mainly want to capture surfaces. And the specialized field that Picolay covers with semi-transparent layers and their 3D representation. Of course, Picolay can do even more.

The question with this complex structure is whether deeper contrast differences cause the outer surface to fade out. That should be checked. That's why I've included the images with the arrows.

And another question is if one tool can/should fit all purposes.


German
Die Arche war kein Holzschiff vom biblischen Noah, sondern eine kleine Diatomeen mit Spanten - Scherz beiseite.

Deine Aufnahmen sind toll und sie tragen auch dazu bei den Aufbau dieser komplexen Diatomeen besser zu verstehen. Aber ein REM ist keine "EierlegendeWollmilchsau".
Man kann mit dem REM nicht in verschiedene Schichten reinblicken. Und mit Picolay und der Lichtmikroskopie hat man die Möglichkeit, diese Schichten gleichzeitig zu sehen.
Jetzt gibt es zwei Anwendungsfelder so sehe ich das. Das sind die Makrofotografen, die hauptsächlich Oberflächen wollen. Und der Spezialbereich den Picolay abdeckt mit semitransparenten Schichten und deren 3D Darstellung. PICOLAY kann natürlich noch mehr.

Jetzt ist die Frage bei diesem komplexen Gebilden, ob nicht tieferliegende Kontrast-Unterschiede zum Ausblenden der äußeren Oberfläche führen. Das sollte man prüfen. Deshalb habe ich die Bilder mit den Pfeilen eingestellt.

Und eine weitere Frage ist, ob ein einziges Werkzeug für alle Zwecke geeignet ist oder sein sollte.

Liebe Grüße
Rudolf

[anne]

Hello Rene,
these images are sooooo great!!!
best
anne

[Rene]

Certainly, Rudolph. It does feel a bit like rinsing the beasty clean to (only) study his bones.
Every semmer gets the respect for color and live cells back quickly, after the initial wow.

Jack of all trades? Ha, that would be a nice dream.
That said, my instrument can actually look round the corner, although imaging the nucleus might be a bit too much to ask for my machine.

Best, René

And thank you, Anne

[Heribert Cypionka]

Lieber Rudolf,

Ich habs ja jetzt schon genau beieinander wie man im Bayrischen sagt, dann is eh scho egal.

Seit 20 Jahren bin ich dabei PICOLAY zu entwickeln. Und bin wirklich dankbar für Nutzer-Hinweise auf Fehler, da sie mir sehr helfen, das Programm zu verbessern. Ob dabei Rundumschläge im öffentlichen Forum besonders hilfreich sind, kann man in Frage stellen. Eher helfen persönliche Nachrichten, in denen einzelne Problemsituation mit konkreten Informationen und Bildern unterlegt sind. Und das hast du ja auch öfter schon gemacht, auch wenn ich nicht immer alle Wünsche umsetzen kann...

Heute habe ich auch wieder eine neue Version hochgeladen, in der zwei Fehler behoben sind, die mir bei dem folgenden Posting zu Renes REM-Bildern aufgefallen sind.

Vielen Dank und herzliche Grüße,

Heribert

[Heribert Cypionka]

Dear Rene,

thank you so much for the SEM details! This is of course far beyond of what a light micrsoscope can show.

But did you - and everybody else - know that a single SEM image can easily (with two clicks in PICOLAY) be transformed into a synthetic stereo image? The method doesn't work always, and is not as correct as the use of well defined depth maps. But quite often -  depending on the SEM settings - the luminance of SEM picture is correlated to the distance of structures. And then one can simply try to use the SEM picture as the depth map and to generate 3D images easily.

Work flow:

1. Just load an SEM picture and click above the image window on Edit -> Transform darkness to depth map ...





2. Then click again on Edit above the SEM picture and -> Copy to right window (= stacked image)

Thereafter click 3D view above the right window and generate all types of stereo images...




Good luck!

Heribert

[Heribert Cypionka]

... hier noch die Version für die Anqglyphenbrille dazu:



Liebe Grüße,

Heribert

[jcs]

@Rene: Sehr eindrucksvolle Aufnahmen, danke für's Zeigen!

@Heribert: Picolay ist ein sehr mächtiges Werkzeug. Finde ich super, dass Du das für alle verfügbar machst.

Bezüglich des Ansatzes "Shape from Shading" bei REM-Aufnahmen muss man allerdings beachten, dass die Luminanz/Helligkeit eines Bildpunktes durch mehrere Faktoren beeinflusst wird:
(1) Durch die Entfernung eines Punktes zum Detektor
(2) Durch die Neigung einer Fläche in Bezug auf die Richtung zum Detektor
(3) Durch den Kantenradius (Blitzableitereffekt)
(4) Durch die Elementverteilung an der Probenoberfläche (Materialkontrast)

Wenn man nur (1) für die 3D-Rekonstruktion heranzieht, wird man zwangsläufig Artefakte bekommen. Man sieht das zum Teil auch in dem Anaglyphenbild, wo beispielsweise die Höhe der Rippen (vermutlich?) überbetont wird.

LG
Jürgen

[Heribert Cypionka]

Hallo Jürgen,

deinen Kommentar kann ich nur bestätigen. Die Methode liefert keinesfalls quantitativ verwertbare Tiefendaten, wie etwa eine beim Stacking mit definierten Schritten gewonnene Tiefenkarte. Und je nach dem untersuchten Objekt und den REM-Einstellungen funktioniert sie oft auch gar nicht. Aber manchmal ist sie verblüffend gut

LG
Heribert

[Rene]

Hello Heribert, thanks for this tip, it does indeed give a good feeling of depth! I've started playing with it, and noticed that it works well for this image because the details are quite big. If there are pinpoint pores in the image, the result goes weird.
I will start another topic on it, as it has nothing to do anymore with Entomoneis.

Best wishes, René

[rlu]

Hallo Heribert,

kannst du schon was zu den beiden Bildern sagen?
Sind das Artefakte?
Oder einem tieferliegenden stärkeren Kontrast geschuldet?





Liebe Grüße
Rudolf

[Heribert Cypionka]

Lieber Rudolf,

ich weiß jetzt nicht, ob du den Kreuzblick wirklich beherrscht. Im oberen Bild sieht man durch den nach oben stehenden Kamm auf die Streifen des stärker kontrastiertes 'Flügels'.

Im unteren schimmern die durch Renés REM-Bilder gut belegten dunklen 'Löcher' durch.

In beiden Fällen heißt das Stichwort dazu Transparenz, von der du ja nach einem Kommentar weiter oben wenig zu halten scheinst, die aber Diatomeenschalen durchaus zu eigen ist.

Mit bestem Gruß,

Heribert