Autor Thema: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)  (Gelesen 5746 mal)

Bernd

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Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« am: Juni 26, 2011, 09:13:32 Vormittag »
Liebes Forum,

Da das Thema “Wie beseitige ich Hintergrundartefakte, die durch Dreck im Strahlengang, auf dem Kamerachip oder sonst irgendwo ins Bild kommen“ (sog. Flatfield-Korrektur) in Peters Beitrag angesprochen wurde und auch sonst immer mal wieder auftaucht, möchte ich hier eine mögliche Vorgehensweise in Photoshop CS4 beschreiben.

Man braucht dazu 1) das Mikrofoto (= BILD) und 2) ein unter gleichen Bedingungen (Aperturblende, Stellung der DIC-Prismen, etc.) aufgenommenes Bild (= FLAT), auf dem keine Objekte zu sehen sind. Bei stärkeren Vergrößerungen lassen sich solche Bilder meist schon durch geringes Bewegen des Kreuztisches aufnehmen, bei schwächeren Vergrößerungen muß man sich eine leere Stelle im Präparat oder sonst irgendwo auf dem Objektträger suchen. Ggf. leicht defokussieren, um ein homogenes Hintergrundbild zu erzeugen.

BILD und FLAT in Photoshop öffnen, das BILD anwählen und im Menü „Bild“ „Bildberechnungen“ auswählen. Dann als Quelle FLAT auswählen, Füllmethode „Subtrahieren“ wählen und „Versatz“ einstellen. Ich stelle den Versatz immer so ein, daß im Histogramm (Kanal RGB) der alte und neue Helligkeitspeak übereinander liegen. Jetzt noch OK drücken und weg ist der Dreck.



Diese Methode funktioniert nicht nur, wie hier gezeigt, mit jpg-Bildern, sondern auch mit anderen Formaten, wie z.B. tif, und bei tif-Bildern nicht nur mit 8-bit, sondern auch mit 16-bit tif!

Wahrscheinlich führen in Photoshop auch andere Wege zum Ziel. Oder man benutzt andere Programme, wie z.B. Picolay, wobei die auf meinem PC geladene Version 2010-09-10 aber nur 8-bit Bilder bearbeiten kann.

Viel Erfolg und einen sauberen Hintergrund
Bernd


ortholux

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Re: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« Antwort #1 am: Juni 28, 2011, 12:07:14 Nachmittag »
Lieber Bernd,

diesen Menü-Eintrag hatte ich noch gar nicht entdeckt. Ich habe das bisher über die Ebenen-Füllmethoden gemacht (links oben in der Ebenen-Palette "normal, multiplizieren..."). "Bildberechnungen" bietet aber noch mehr Möglichkeiten. Ich werde mal damit spielen.

Danke für den Hinweis
Wolfgang

Heribert Cypionka

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Re: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« Antwort #2 am: Juni 28, 2011, 21:58:35 Nachmittag »
Zitat
Picolay, wobei die auf meinem PC geladene Version 2010-09-10 aber nur 8-bit Bilder bearbeiten kann

Also, dass Sie noch mit einer so veralteten Version arbeiten! Hier die Liste der Verbesserungen seit dem. Vieles hat sich verbessert, aber mehr als 24 Bit pro Pixel kann PICOLAY noch nicht verarbeiten.

Sorry - ich bleibe dran - und besten Gruß!

Heribert Cypionka

P.S. PICOLAY ist immer noch <1 MB klein und braucht keinerlei Installation.

www.picolay.de


What's new in PICOLAY ?

    2011-06-24
    - Bug in 'Mouse function Clone to to result image' fixed.
    - Enhance image | Sharpen routine improved.
     
    2011-06-11
    - Stacking routine improved.
    - Enhance image routines a little bit further developed.
     
    2011-06-10
    - Enhance image routines further developed. It is now possible to adjust brightness and contrast separarately for dark and bright areas.
     
    2011-05-29
    - Alignment routine further improved.
    - Bug in 'Smooth' map during stacking fixed.
     
    2011-05-25
    - Rotation algorithm improved (under 'Enhance image').
    - Alignment routine improved (to be continued...).
     
    2011-05-16
    - Stacking algorithm slightly improved, minor bug in alignment routine removed.
     
    2011-05-12
    - Bug removed that caused artifacts in the smooth stacking and F12 routine.
     
    2011-05-09
    - 'Auto-align positions & resize' routine improved. It's now slower but gives better results.
     
    2011-05-04
    - Some bugs in the 'Auto-align positions & resize' routine fixed.
     
    2011-05-01
    - Resize function improved. Now it is faster, especially with large images.
     
    2011-04-29
    - PICOLAY can now resize images. This routine will especially be helpful for pictures taken through a stereo microscope, where the object appears moving with the focus, as well as for macro images, where the objects appear larger when the lens comes closer. Use this function prior to stacking. Under 'Options' the resize function can be inactivated or switched on again.

    TIP: If the alignment is not perfect, a second run might give a better result.

    TIP: If you have any hot pixels on your chip or dust in your optical systems, it is recommended that you take unsharp images above and underneath the object, average these and subtract them via the 'Set background/flat field' routine (F10). Otherwise those particles could grow to disturbing lines.
     
    2011-04-16
    - Bug fixed that caused abort during F1 routine.
     
    2010-12-16
    - New function implemented: Images in the clipboard can now be pasted to all marked images in the list. Function can be reached via 'Edit' or 'Mouse function' above the image window.
    - Stacking algorithm further developed. Contrast and colour saturation are now corrected for the average colour of an image.
     
    2010-12-10
    - Bug fixed that caused error messages in the hologram routine.
    - Colour-based hologram routine improved.
     
    2010-12-04
    - Same old story (to be continued): Stacking algorithm further developed.
    - Map-based 3-D images improved.
     
    2010-11-29
    - And again: Stacking algorithm further developed.
    - Map-based 3-D images improved.
     
    2010-11-14
    - Even after many hours of optimisation I still find improvements of the stacking algorithm. Besides peak detection, edge detection and colour saturation, contrast is now contributing a bit to the sharpness assessment.
     
    2010-11-05
    - Some bugs (that creep in whenever major changes are made) fixed. Now the program is bug-free ;-) until you let me know what's going wrong...
     
    2010-11-04
    - Faster stacking and hopefully better results again.
     
    2010-10-31
    - Major changes of internal processes:
    - New stacking algorithm, especially for large filter frames. So far all images were scaled down if a filter radius > 1 was used (modified pyramid algorithm). This is now unnecessary. A new radius-dependent algorithm allows to do faster stacking with a single read (as soon as the mean values and target image have been calculated).
    - Colour saturation is now contributing to the quality assessment during stacking.
    - Improved procedure to minmize halos at high- to low-contrast transitions.
    - 3D images are generated faster, especially if the hologram function is applied. (Now a single read generates the two images required for 3D output.)
    - Rectangles are drawn with thicker lines to prevent them from disappearing at zoom values < 100%.
     
    2010-10-14
    - Some minor bugs fixed.
     
    2010-10-10
    - Stacking algorithm improved. When I do this I check the results with at least 20 different image stacks that show a range of different features. I hope that the users also get better output....
     
    2010-10-01
    - Pdf of the presentation at the IME Meeting in Emden (17.-19.9.2010) added under 'Examples'.
     
    2010-09-28
    - Under 'Options' it is now possible to have the original file name added to p# files generated by PICOLAY.

Bernd

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Re: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« Antwort #3 am: Juni 29, 2011, 20:30:25 Nachmittag »
Hallo Herr Cypionka,

sie verbessern ihre Software so schnell und so oft, daß ich offensichtlich wesentliche Neuerungen verpaßt habe, zumal ich ein Anhänger der Philosophie "never change a running system" bin. Deshalb vielen Dank für den Hinweis

Bernd

Heribert Cypionka

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Re: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« Antwort #4 am: Juni 29, 2011, 21:03:36 Nachmittag »
Hallo Bernd und alle PICOLAY-Nutzer,

ich bitte Sie für die häufigen Ergänzungen um Verständnis. Selber bin ich auch genervt, wenn sich auf meinen PC spätestens alle zwei Wochen eine neuer Acrobat Reader, Javascript Antivir und was noch alles installieren will.

Aber als Einzelkämpfer bei der Programmierung brauche ich die Rückkopplung der Nutzer zur Qualitätskontrolle. Ich habe auch schon vermeintlich überholte Routinen wieder aufgenommen, wenn mir jemand Stapel geschickt hat, die früher mit besserem Ergebnis gestackt worden waren. Wenn Sie also Fehler finden oder etwas schlecht verständlich finden o.ä.: ich FREUE mich über Kritik, antworte freundlich und versuche zu reagieren, wenn es denn geht. Ein halbes Jahr im stillen Kämmerlein programmieren, um dann den großen Wurf rauszulassen, würde mich überfordern. Außerdem macht es mir Spaß, die Photoshop-Meister hier und da herauszufordern unter dem Motto ...oder mit PICOLAY :-).

Herzlichen Gruß

Heribert Cypionka

www.picolay.de


Martin Schneider

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Re: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« Antwort #5 am: August 24, 2011, 18:53:43 Nachmittag »
Hallo zusammen,
ich greife dieses Thema wieder auf, weil ich nun erst dazu komme, meine eigenen Erfahrungen zu posten.



Obere Reihe: Originalfoto und Hintergrund nach Entfernen des Präparats
Untere Reihe: Flatfieldkorrektur nach der Anleitung von Bernd in Photoshop, die ich sehr hilfreich finde. Allerdings ergibt sich so ein grauer Hintergrund, der dem Bildcharakter nicht entspricht. Ein identisches Ergebnis erhalte ich mit Picolay, wenn ich ein mittleres Grau als Hintergrund auswähle.
Im letzten Bild ist das automatische Ergebnis von Picolay zu sehen, so wie ein Ausschnitt des scharfgezeichneten Endergebnisses.

Zusammenfassend begeistern mich die Ergebnisse von Picolay, weil mit minimalem Aufwand eine Flatfieldkorrektur unter Beibehaltung der Hintergrund-Farbe auch für einen ganzen Stapel Fotos möglich ist.

Viele Grüße
Martin Schneider

Peter V.

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Re: Bildbearbeitung: Hintergrundartefakte entfernen (Flatfield-Korrektur)
« Antwort #6 am: August 27, 2011, 11:55:20 Vormittag »
Hallo Martin,

darf ich erfahren, was genau Du bei der Optimierung im LAB-Helligkeitskanal auf dem Bild rechts unten gemacht hast? Nur scharfgezeichnet?

Herzliche Grüße
Peter
« Letzte Änderung: August 27, 2011, 18:59:14 Nachmittag von Peter V. »
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