Liebe Mikroskopiker,
nachdem es zwischenzeitlich etwas stiller um mein Projekt für ,,digitale virtuelle Mikroskopie" geworden war, soll es nun endlich weitergehen. Hierfür möchte ich euch gerne dazu einladen, das Ganze anzuschauen, auszutesten und Feedback dazu zu geben (weiteres s.u.).
Bei "UDE BioSLiDES" handelt es sich um eine Sammlung von aktuell ca. 200 großformatig in hoher Auflösung und über viele Fokus-Ebenen digitalisieren Präparaten; diese stammen von über 70 unterschiedlichen Organismen-Arten und sind größtenteils botanische Dünnschnitte, es gibt aber auch einige zoologische Gewebeschnitte, Totalpräparate und Mikroorganismen.
Diese digitalen Präparate können im Webbrowser ähnlich wie direkt am Mikroskop betrachtet werden, wobei im Gegensatz zu anderen Präparate-Scans auch durchfokussiert werden kann. Außerdem sind die Präparate um Informationen zu Organismus, Präparation, Färbung, Mikroskop-Optik etc. ergänzt. In den nächsten Monaten sollen dann noch in einzelnen Präparaten individuelle Gewebetypen markiert und beschrieben werden.
Alle Inhalte stehen unter einer Open-Source-Lizenz als sog. "Open Educational Resources" frei zur Verfügung und sollen mittelfristig zu einer Lehrplattform für Mikroskopie ausgebaut werden.
Ich würde gerne ein paar Testläufe absolvieren, um zu schauen, ob der aktuell aufgesetzte Server ausreichend dimensioniert ist. Aus diesem Grund möchte ich gerne möglichst viele von Euch dazu einladen, UDE BioSLiDES einmal auszuprobieren.
Am kommenden Samstag (09. Juli 2022) ist für 16:30 bis 16:45 ein Belastungstest des Servers geplant. Es wäre großartig, wenn sich möglichst viele von Euch zu diesem Zeitpunkt unterschiedliche Präparate anschauen und durch diese hindurch-Scrollen, Zoomen und Fokussieren könnten was das Zeug hält. Da es sich dabei um einen Lasttest handelt, wird der Server vermutlich in die Knie gehen und die Bedienung irgendwann keinen Spaß mehr machen, aber nur so kann ich herausfinden, woran ich noch schrauben muss, damit es flüssiger läuft. Dafür macht es Sinn, sich schon vorab mit der Bedienung des Viewers ein wenig vertraut zu machen, daher könnt ihr auch gerne außerhalb dieses Zeitfensters in UDE BioSLiDES hineinschnuppern. Eine Anleitung und ein Video-Tutorial zur Bedienung sind auf den Webseiten verlinkt.
Ihr findet UDE BioSLiDES unter https://bioslides.biologie.uni-due.de (https://bioslides.biologie.uni-due.de).
Wegen der Testphase ist das System im Moment noch zugangsbeschränkt, das Login lautet "test", das Passwort "kondensor" (beides in Kleinbuchstaben und, falls irgendjemand Zweifel hat, auch ohne die Anführungszeichen ;)).
Wie gesagt, Feedback ist gerne willkommen (möglichst per Email an die auf der Webseite hinterlegte Adresse), weitere Präparate auch (diese müssten aus rechtlichen Gründen allerdings dem Projekt bzw. der Uni Duisburg-Essen gespendet werden).
Nochmals vielen Dank vor allem an Rainer Teubner und Jörg Weiß, welche den Großteil der aktuell eingescannten Präparate gestiftet haben.
Ich bin gespannt wie es euch gefällt,
liebe Grüße,
noch so'n Michael
Auf dem iPhone(iOS 15.5) ist das Bild nach 20 Sekunden eingefroren.
Einzig die X-Y Koordinaten haben sich noch bewegt.
Guten Morgen Michael,
das ist sehr gut geworden! Auf einem Windows PC mit Firefox läuft alles einwandfrei.
Auf meinem MacBook Air tuts auch (Safari).
Auf dem iPhone 13 tuts ebenfalls, allerdings ist die Seite nicht für Mobilgeräte optimiert: der Name der Probe steht ein bisschen quer in der Gegend. :)
Herzliche Grüße
Jörg
p.s.
Brauchst Du noch Präparate?
Hallo ADi,
ja, es werden viele unterschiedliche Fokusebenen in Form eines riesigen Volumen-Stacks eingescannt, im Gegensatz zu anderen Systemen für virtuelle Mikroskopie wird dann aber kein Fokus-Stacking betrieben (ist aber unter "EFI" unten rechts in jedem Präparat verlinkt), sondern die Fokus-Ebenen werden beibehalten. Nur dadurch ist ein nachträgliches Durchfokussieren möglich, was ich für die Mikroskopie-Ausbildung für unerlässlich halte. Im Forschungs-Alltag nutzen wir für Diatomeen zwar meist großformatige "fokus-gestackte" Aufnahmen, aber das Fokus-Stacking verursacht dann doch häufiger mal Artefakte, bei denen nicht vorhandene Strukturen vorgetäuscht werden bzw. feine und häufig wichtige Strukturdetails verschwinden. Und für einige Diatomeen-Arten ist das Durchfokussieren wichtig um sie zweifelsfrei einzuordnen, da müssen wir dann im Zweifelsfall nochmal in die originalen Stacks reinschauen. Aber wie gesagt, UDE BioSLiDES soll vorrangig der Ausbildung dienen, und hat seinen Ursprung eigentlich in den Corona-Lockdowns, während denen wir unsere Mikroskopie-Praktika nicht in Präsenz durchführen konnten und daher irgendeine digitale Lösung brauchten. Und zur Freizeitbewältigung während der Pandemie habe ich dann gleich noch eine eigene Client-/Server-Lösung dafür entwickelt, da mir die Alternativen zu schwergewichtig bzw. zu teuer waren.
Vielen Dank fürs Testen,
noch so'n Michael
Zitat von: Adalbert in Juli 06, 2022, 16:57:47 NACHMITTAGS
Hallo Michael,
ich habe mir ein Bild angeschaut und die Features höhere und niedrigere Focus ebene ausprobiert.
Falls ich das richtig verstanden habe, werden hier alle Einzelfotos eines Stacks gespeichert.
War das die Absicht? Falls ja, soll das ein Protokoll eines Stack-Vorgangs sein?
LG, ADi
Danke für die Info, ich bin ehrlich gesagt gar nicht auf die Idee gekommen, mir das ganze auf einem Smartphone anzuschauen. Theoretisch sollte das funktionieren, wenn das Smartphone über genügend Arbeitsspeicher (RAM) verfügt, aber mit sowas wie 2-3 Gigabyte sehe ich da Probleme. Das könnte ich vielleicht in den Griff bekommen auf Kosten der Ladezeit, das würde aber eine Sonderlösung nur für Smartphones erfordern, das steht auf meiner Dringlichkeitsliste im Moment eher etwas weiter unten ;)
Vielen Dank fürs Testen,
noch so'n Michael
Zitat von: Thomas Böder in Juli 06, 2022, 17:18:17 NACHMITTAGS
Auf dem iPhone(iOS 15.5) ist das Bild nach 20 Sekunden eingefroren.
Einzig die X-Y Koordinaten haben sich noch bewegt.
Hi Jörg,
nochmals vielen Dank für deine großartigen Präparate, falls du da noch mehr übrig hast nehme ich die gerne. Das Verarbeiten könnte allerdings etwas dauern, unser Scanner ist im Moment mit der Erzeugung von Forschungsdaten ziemlich ausgelastet.
Über den Einsatz auf Smartphones habe ich mir, wie bereits geschrieben, überhaupt keine Gedanken gemacht, der Bildschirm dort ist mir dann doch zu klein. Hinsichtlich des Layouts kann ich aber nochmal schauen, allerdings stammen meine Erfahrungen im Bereich Web-Entwicklung aus einer Zeit vor der Verbreitung von Taschenrechnern mit Telefonie- und Videofunktion ;), daher muss ich erstmal schauen, wie ich ein entsprechendes "responsive Design" hinbekomme. An der Bedienoberfläche werde ich vermutlich sowieso nochmal ein bisschen rumschrauben, vielleicht kann ich das in dem Zug gleich erledigen.
Beste Grüße,
noch so'n Michael
Zitat von: Fahrenheit in Juli 07, 2022, 07:18:59 VORMITTAG
Guten Morgen Michael,
das ist sehr gut geworden! Auf einem Windows PC mit Firefox läuft alles einwandfrei.
Auf meinem MacBook Air tuts auch (Safari).
Auf dem iPhone 13 tuts ebenfalls, allerdings ist die Seite nicht für Mobilgeräte optimiert: der Name der Probe steht ein bisschen quer in der Gegend. :)
Herzliche Grüße
Jörg
p.s.
Brauchst Du noch Präparate?
Hallo Michael,
da hast Du ein tolles Projekt in der Arbeit, gefällt mir sehr.
Bedeutet z=0µm Blick fokussiert auf Unterseite des Präparats und z=70µm dann auf Oberseite,
also praktisch von 0 -->70 Absenken des Tischs mit dem Präparat?
Herzliche Grüße,
Rolf
Hallo Adi,
ZitatOK, das ist aber nur für extrem flache Objekte gedacht, oder?
wenn Du die Internetseite einmal liest oder dessen Titel betrachtest, wirst Du feststellen dass es um eine digitale Sammlung biologischer Mikroskop-Präparate geht. Da macht es wenig Sinn, Makroobjekte mit einem Stack aus tausenden Aufnahmen einzustellen. Was soll man damit auch anfangen?
Hubert
Hallo Michael,
Glyzeringelatine und Wasser geht nur bedingt :-( besser erst das Objekt in eine Schale mit Wasser geben, tropfenweise etwas Glyzerin dazu und dann staubgeschützt eindunsten lassen bis die Objekte in reinem Glyzerin liegen. Dann ab in die Gelatine oder vorsichtig mit Alkohol verdünnen (Verdünnungsreihe) und dann ab ins Euparal. Ich benutze Hydromatrix, ist zwar teuer aber leichter zu verarbeiten. Stark wasserhaltige Objekte neigen aber zum schrumpfen.
Viele Grüße
Wolfgang
Hallo Michael,
super Idee und super umgesetzt!
Die Streupräparate sind aber allerdings optisch nicht so dolle, reichen jedoch für Lehrzwecke sicherlich aus.
Edit: Beim Durchscannen dann doch ganz gut ;), klasse!
Ich schließe mich Lupus voll an und hoffe hier entsteht nun keine sinnlose Diskussion über Makro/extrem Makro/Auflicht usw.
Ich denke auch es klar definiert auf welche Präparate sich die Seite bezieht, wer lesen kann ist da klar im Vorteil.
lg
anne
Hallo Adi,
ZitatHast Du Mal ein Insektenauge in 50x / 80x fotografiert?
1. ist ein Insektenauge in der Regel kein mikroskopisches Präparat weil das meist an einem Insekt befestigt ist ;) (und lässt sich dann mit einem modernen Slide-Scanning Mikroskop auch nicht aufnehmen) und
2. macht ein nicht transparentes Auflichtobjekt als Bilderstapel wenig Sinn. Biologische Präparate enthalten im Gegensatz dazu im Volumen oft interessante Strukturinformationen, die als fertiges gestacktes Einzelbild dann verloren gehen würden.
Hubert
Hallo Adi,
Du wechselst mit jedem Satz Deiner Beiträge das Thema. ::)
Hubert
Hallo Rolf,
der Fokus funktioniert genau anders herum (wie in der Anleitung beschrieben):
"Eine höhere Ebene bzw. ein höherer Z-Wert entspricht dem Höherstellen des Objekttisches am Mikroskop, d.h. die Fokusebene liegt tiefer im Objekt.". Die Position des Fokus-Schiebereglers entspricht also der Position des Objekttisches.
Das sieht man hier relativ gut, die kleineres Diatomen kleben an der Unterseite des Deckglases, sind also auf der Oberseite des Präparates; der riesengroße Oschi, der erst in den Fokusebenen mit höheren Zahlen fokussiert ist, liegt tiefer im Präparat:
https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=26&x=0.5663648004719617&y=0.5130388463447675&zoom=14.715631481426797&r=0&layer=17&language=de (https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=26&x=0.5663648004719617&y=0.5130388463447675&zoom=14.715631481426797&r=0&layer=17&language=de)
Beste Grüße,
noch so'n Michael
Zitat von: Stuessi in Juli 07, 2022, 09:36:39 VORMITTAG
Hallo Michael,
da hast Du ein tolles Projekt in der Arbeit, gefällt mir sehr.
Bedeutet z=0µm Blick fokussiert auf Unterseite des Präparats und z=70µm dann auf Oberseite,
also praktisch von 0 -->70 Absenken des Tischs mit dem Präparat?
Herzliche Grüße,
Rolf
Hallo ADi,
Fokus-Stacking ist in der Qualität oft deutlich unterschiedlich für "undurchsichtige" Objekte in kleiner oder mittlerer Vergrößerung in Auflicht und für durchsichtige Objekte in hoher Vergrößerung in Durchlicht. Bis zu welcher Vergrößerung man das Macro nennt und ab wann Mikroskopie hat für mich eher was mit dem Equipment zu tun und weniger mit der Vergrößerung. Bei hohen Vergrößerungen in Durchlicht spielen Brechungs- und Beugungseffekte (Stichwort "Impulsantwort des optischen Systems") eine sehr viel wichtigere Rolle, und führen oft zu den bereits angesprochenen Artefakten (bei Diatomeen geht das soweit, dass einige Taxonomen behaupten, die Bestimmung auf Fokus-gestackten Aufnahmen wäre gar nicht sauber möglich, was meine Arbeitsgruppe nach jahrelanger Erfahrung damit aber ein wenig anders sieht ;D). Bei UDE BioSLiDES ist (fast) nur Durchlicht-Hellfeld mit mittleren bis hohen Vergrößerungen, dabei 40x und 60x mit hoher NA (>=1.4) im Angebot ;) Fokus-Stacking Aufnahmen sind dabei ein "Abfallprodukt" und nur der Vollständigkeit halber mit eingebunden.
Weitere Diskussionen zu dem Thema können wir gerne in einem neuen Thread starten, aber ich nehme an, dass das Thema schon häufiger mal im Forum abgefrühstückt wurde.
LG,
noch so'n Michael
Zitat von: Adalbert in Juli 07, 2022, 09:29:38 VORMITTAG
Hallo Michael,
OK, das ist aber nur für extrem flache Objekte gedacht, oder?
Für dreidimensionale Objekte im Auflicht eher nicht.
Wenn man ein etwas tieferes Objekt nimmt, wofür sehr viele Einzelfotos benötigt werden,
wird auf einem Einzelfoto eines Stacks, so gut wie gar nichts scharf abgebildet.
Also auf einem 27 Zoll Bildschirm wird ein Streifen mit der Breite gegen 1mm scharf dargestellt.
Der Betrachter sieht auf einem einzelnen Foto praktisch gar nichts.
Bei tiefen Stacks müsstest Du aber Substacks bilden, damit Deine Fokusebenen
überhaupt Etwas sichtbares darstellen.
BTW, auf meinem Handy läuft das Ding ohne Probleme
nur die Anzeige der Koordinaten kommt auf die Buttons drauf (oben links)
LG, ADi
Hallo Michael,
bei mir (Windows 10, Firefox als Browser) funktionieren die Anzeigen der Präparate problemlos.
Viele Grüße
Rainer
Hallo,
Zitat von: Adalbert in Juli 07, 2022, 09:29:38 VORMITTAG
Hallo Michael,
OK, das ist aber nur für extrem flache Objekte gedacht, oder?
Für dreidimensionale Objekte im Auflicht eher nicht.
Wenn man ein etwas tieferes Objekt nimmt, wofür sehr viele Einzelfotos benötigt werden,
wird auf einem Einzelfoto eines Stacks, so gut wie gar nichts scharf abgebildet.
Also auf einem 27 Zoll Bildschirm wird ein Streifen mit der Breite gegen 1mm scharf dargestellt.
Der Betrachter sieht auf einem einzelnen Foto praktisch gar nichts.
Bei tiefen Stacks müsstest Du aber Substacks bilden, damit Deine Fokusebenen
überhaupt Etwas sichtbares darstellen.
BTW, auf meinem Handy läuft das Ding ohne Probleme
nur die Anzeige der Koordinaten kommt auf die Buttons drauf (oben links)
LG, ADi
was hat das eigentlich jetzt mit diesem Projekt und diesem Thread zu tun? Ich wüsste kein klassisches durchlichtmikroskopisches Objekt, das sich zwischen Decklglas und Objektrräger befindet und so dick wäre, dass man Tausende von Einzelstacks und Substacks benötigt.
Hier geht es doch eindeutig und ausschließlich um typische Mikrorpäparate zwischen einem Objektträger und einem Deckglas.
Aber klar - darauf hinweisen kann ja mal. Übrigens ist am 14.Mai 2023 Muttertag - nur mal so....
Hezrliche Grüße
Peter
Hallo Thomas,
könntest du auf deinem iPhone bitte mal folgenden Link ausprobieren?
https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=30&preload=none (https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=30&preload=none)
Damit ("&preload=none" an den Viewer-Link angehängt) ist das Laden der Daten etwas speicherfreundlicher, dafür wird weniger im Voraus geladen, d.h. der Wechsel der Fokusebene dauert etwas länger. Wenn das klappt, habe ich eine Schraube, an der ich für Smartphones drehen kann.
Vielen Dank und viele Grüße,
noch so'n Michael
Zitat von: Thomas Böder in Juli 06, 2022, 17:18:17 NACHMITTAGS
Auf dem iPhone(iOS 15.5) ist das Bild nach 20 Sekunden eingefroren.
Einzig die X-Y Koordinaten haben sich noch bewegt.
Auf dem PC läuft es super.
Unter iOS iPhone leider nicht.
Die Fokussierung funktioniert gar nicht.
Die Bedienelemente werden komplett durch die Koordinatenanzeige verdeckt.
Und nach ein paar Sekunden friert alles ein.
Habe nochmal nachgesehen, mein iPhone hat 4GB RAM.
Grüße, Thomas.
Hallo Michael,
tolles Projekt und bis hierhin schon sehr gut umgesetzt. Daumen hoch.
Mit Win11 und Edge funktioniert alles sehr gut und super flüssig. Insbesondere auch die Steuerung mit Maus und/oder Tastenkombination finde ich sehr gelungen.
Unter Android 12 und Chrome ist die Funktion nicht so gut. Wie schon Thomas schrieb, werden durch die Koordinaten am Handy die Bedienelemente verdeckt. Am Android Tablett ist auch öfters ein Absturz feststellbar.
Bei dem Diatomeen Streupräparat mit dem 60x / 1,42 würde ich mir wünschen, dass die Stackschritte in Z-Richtung kleiner sind, als die Schärfentiefe des Objektivs. Bei 0,3 µm Schrittweite wird das Objekt noch nicht optimal von Schritt zu Schritt dargestellt. Ist aber Stöhnen auf hohem Niveau.
Halte uns bitte auf dem Laufendem, wenn es weitere Fortschritte gibt.
LG Frank
Finds' gut. Wenn's digital ist sind Popup-Beschriftungen cool, dann kann man noch was über die Präparate lernen.
Ich find's auch gut das und wenn die Autoren ihren Ruhm kriegen.
Lieber Michael,
ob man zum Anschauen unbedingt das Handy nutzen muss, sei mal dahin gestellt. Ich hab's lediglich ausprobiert, weil's bei Thomas auf dem IPhone hängen geblieben ist.
Aber auch mit dem neuen Link sind die Bedienelemente durch die Koordinaten verdeckt.
Ich schau' die Tage mal, ob ich noch was Vernünftiges an Präparaten übrig habe. :)
Herzliche Grüße
Jörg
Zitat von: Fahrenheit in Juli 08, 2022, 06:57:21 VORMITTAG
...ob man zum Anschauen unbedingt das Handy nutzen muss, sei mal dahin gestellt.
Nein, das muss man tatsächlich nicht.
Es ist schon deutlich angenehmer auf einem normalen Bildschirm.
Aber das Handy ist halt immer dabei... :D
Hallo Anne,
ich werde sicherlich noch ein paar hüschere Diatomeen-Präparate hinzufügen, die sind ja mein "täglich Brot". Aktuell kämpfe ich mal wieder damit, ungekochte Lebendproben unter den Slidescanner zu bekommen, das ist technisch leider etwas komplizierter.
Das Präparat unter https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=25 (https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=25) ist tatsächlich etwas problematisch, weil sich das Material beim Präparieren von der Deckglasunterseite abgelöst hat und dann in die Tiefen des Naphrax abgewandert ist, darum musste ich auch den Abstand zwischen den Fokusebenen ein wenig erhöhen (der ist aber immer noch geringer als die Schärfentiefe des Objektivs, dies wurde an anderer Stelle angemeckert ;)). Bei den lebenden Diatomeen ist der Ebenenabstand etwas größer, da ist damals etwas schief gelaufen, aber da wird es bei Gelegenheit neue Scans geben.
Liebe Grüße von der Diatomeen-Front,
noch so'n Michael
Zitat von: anne in Juli 07, 2022, 10:31:51 VORMITTAG
Hallo Michael,
super Idee und super umgesetzt!
Die Streupräparate sind aber allerdings optisch nicht so dolle, reichen jedoch für Lehrzwecke sicherlich aus.
Edit: Beim Durchscannen dann doch ganz gut ;), klasse!
Ich schließe mich Lupus voll an und hoffe hier entsteht nun keine sinnlose Diskussion über Makro/extrem Makro/Auflicht usw.
Ich denke auch es klar definiert auf welche Präparate sich die Seite bezieht, wer lesen kann ist da klar im Vorteil.
lg
anne
Hallo Frank,
laut Auskunft von Olympus müsste die Schärfentiefe für unser 60x/1,42 Objektiv bei 0,56 Mikrometer liegen, normalerweise scanne ich mit der Hälfte dieses Abstands, bei einem Präparat (https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=25 (https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=25)) hatte sich das Material allerdings vom Deckglas gelöst und ist in die Tiefe gewandert, deshalb musste ich dort den Ebenenabstand etwas erhöhen (der ist aber immer noch unterhalb der Schärfentiefe). In den Fokus-gestackten Varianten sieht man dann auch die Feinstrukturen aus alles Ebenen, irgendwo müssen die also innerhalb des Stacks einmal scharf abgebildet worden sein. Mit 60-80 Fokusebenen betreibe ich unseren Slidescanner schon deutlich außerhalb seiner technischen Spezifikation, wenn ich den Ebenenabstand noch weiter verringere bin ich auf einen kleineren Tiefenbereich beschränkt, und dieser muss für das komplette Präparat reichen, nicht nur für eine einzelne Stelle. Da das Deckglas normalerweise nicht 100%ig senkrecht zur optischen Achse des Mikroskops steht, brauche ich dann noch ein wenig Spielraum in der Tiefe. Außer ich halte mal zufällig ein superflaches superausgerichtetes Präparat in den Händen wird der Ebenabstand leider nicht kleiner werden. Alternativ könnte ich natürlich eine viel kleineren Bereich des Präparates einscannen, aber das macht deutlich weniger Spaß als ein paar Dutzend Quadratmilimeter aufzunehmen und dabei mal eben ein Terabyte an Rohdaten zu erzeugen ;D.
Viele Grüße,
noch so'n Michael
Zitat von: Nochnmikroskop in Juli 07, 2022, 18:28:18 NACHMITTAGS
Hallo Michael,
tolles Projekt und bis hierhin schon sehr gut umgesetzt. Daumen hoch.
Mit Win11 und Edge funktioniert alles sehr gut und super flüssig. Insbesondere auch die Steuerung mit Maus und/oder Tastenkombination finde ich sehr gelungen.
Unter Android 12 und Chrome ist die Funktion nicht so gut. Wie schon Thomas schrieb, werden durch die Koordinaten am Handy die Bedienelemente verdeckt. Am Android Tablett ist auch öfters ein Absturz feststellbar.
Bei dem Diatomeen Streupräparat mit dem 60x / 1,42 würde ich mir wünschen, dass die Stackschritte in Z-Richtung kleiner sind, als die Schärfentiefe des Objektivs. Bei 0,3 µm Schrittweite wird das Objekt noch nicht optimal von Schritt zu Schritt dargestellt. Ist aber Stöhnen auf hohem Niveau.
Halte uns bitte auf dem Laufendem, wenn es weitere Fortschritte gibt.
LG Frank
Hallo Michael,
kannst Du uns noch ein paar Infos zum Scanner geben?
Zur Schärfentiefe: da gibt es ja mehrere Rechner, die auch bei der nA um die 0,6 µm angeben. Aber bei edmundsoptics wird bei Deinem Objektiv 0,21 angegeben, keine Ahnung wie es da berechnet wurde. https://www.edmundoptics.com/p/olympus-uplxapo-60x-oil-immersion-objective/43027/
Wenn man über den entsprechenden Schalter einen Screenshot mit Maßstabsbalken abspeichert, dann liegt der Maßstabsbalken ca. in Bildmitte, genau über dem Objekt der Begierde (Android 12 Chrome, Win 11 Edge). Sollte das nicht immer so, wie auf dem Bildschirm aussehen, Maßstab unten rechts?
LG Frank
Hallo Frank,
der Slidescanner ist ein Olympus VS200 https://www.olympus-lifescience.com/de/solutions-based-systems/vs200/ (https://www.olympus-lifescience.com/de/solutions-based-systems/vs200/), ausgerüstet mit 20x/0,8, 40x/1.4 und 60x/1,42, Durchlicht-Hellfeld und PhaKo (leider keine Fluoreszenz). Bezüglich der Schärfentiefe traue ich dem Hersteller eher als einem von irgendjemandem bei Edmund zusammengesuchten Datenblatt ;) Olympus selbst scheint sich in den üblichen Werbematerialien dazu auszuschweigen, aber die Schärfentiefe von 0,56 µm ist in der Scanner-Software hinterlegt, und da ich täglich Fokus-Stackings von Diatomeen mache und dabei die Feinstrukturen ausreichend aufgelöst werden, gehe ich davon aus, dass das stimmt.
Bezüglich des verrutschten Maßstabsbalkens tappe ich noch ein wenig im Dunkeln, natürlich soll der unten rechts sein wie im Viewer, auf den vor mir bisher getesteten Systemen funktioniert das auch, da muss ich wohl nochmal dran basteln. Kannst du mir verraten, welche Bildschirmauflösung du hattest bzw. wie groß der Screenshot war? Damit könnte es zusammen hängen...
Vielen Dank für die Infos,
noch so'n Michael
Zitat von: Nochnmikroskop in Juli 09, 2022, 08:50:54 VORMITTAG
Hallo Michael,
kannst Du uns noch ein paar Infos zum Scanner geben?
Zur Schärfentiefe: da gibt es ja mehrere Rechner, die auch bei der nA um die 0,6 µm angeben. Aber bei edmundsoptics wird bei Deinem Objektiv 0,21 angegeben, keine Ahnung wie es da berechnet wurde. https://www.edmundoptics.com/p/olympus-uplxapo-60x-oil-immersion-objective/43027/
Wenn man über den entsprechenden Schalter einen Screenshot mit Maßstabsbalken abspeichert, dann liegt der Maßstabsbalken ca. in Bildmitte, genau über dem Objekt der Begierde (Android 12 Chrome, Win 11 Edge). Sollte das nicht immer so, wie auf dem Bildschirm aussehen, Maßstab unten rechts?
LG Frank
Hallo Michael,
die Auflösung vom Tab mit Android 12 hat 2560 x 1600, mein Surface hat 2736 x 1824 Px unter Win11. Beim Windows liegt der Maßstab etwas links, nicht exakt mittig. Bei meinem Handy wandert der Balken noch weiter nach links oben.
Der Scanner kann ja scheinbar große Mengen an Objektträger hintereinander scannen, sehr interessant, was es alles gibt ....
Ich denke es lohnt sich ab und an mal bei dem Projekt vorbei zu schauen. Danke noch einmal für dieses tolle Projekt und dass Du uns teilhaben lässt.
LG Frank
Vielen Dank an alle, die den UDE BioSLiDES-Server heute nachmittag gequält haben ;D. Zumindest den Zahlen nach hat es nicht fürs Glühen gereicht ;), auch wenn ich gemerkt habe, dass das Laden zwischendurch etwas zäher wurde. An die Wand gefahren wurde der Server jedenfalls nicht, was mich hoffnungsvoll für den Dauerbetrieb stimmt.
Falls euch noch irgendwelche Probleme aufgefallen sind, gebt mir bitte kurz Bescheid.
Nochmals vielen Dank für eure Unterstützung,
und ein schönes Rest-Wochenende,
noch so'n Michael
Hallo Michael,
ein sehr schönes Projekt, das ich sehr gerne unterstütze.
Vorab: Dies ist ein Bericht - ich möchte damit keine Kritik formulieren.
Ich arbeite mit W10 pro / 16 GB. Edge/Firefox/Chrome.
Ich konnte während der Testphase von heute 16:30 - 16:45 keine Probleme bei der Nutzung des Systems feststellen.
Aufgefallen ist einzig, dass beim scrollen durch die Fokusebene manchmal ein pixeliges Bild entstand, welches sich nach kurzer Zeit von selbst zum "normalen" Bild entwickelte.
Bischen unschön ist das die Funktion der rechten Maustaste (Focus-scrollen) im allen drei Browsern beim loslassen durchschlägt und ein pop-up aufruft.
Folgendes stimmt leider nicht, hab mich getäuscht und daher gestrichen: Meine Maus (Logitech M555b) hat keine eigene Mitteltaste, das scrollrad hat ersatzweise dafür auch eine Klickfunktion. Diese löst aber das Fokus-scrolling nicht aus (ggf. Konfigurationsgeschichte der Maus?)
Umschalten mit der shift Taste funktioniert ohne Probleme.
Unabhängig davon sind Tests mit ipad 64GB 2021 / 9.Gen / 3GB Ram iPadOS 15.5 stets mit Einfrieren des Bildes nach kurzem Focus-Scrolling geendet (auch bei reload=none).
Sehr schön ist auch hier der neue Scrollbalken für das Focus-Scolling) - nur lässt sich dieser (noch) nicht ziehen. Man muss über bzw unter dem Thumbsbutton tippen um diesen zu bewegen.
(das Ipad ist für mich allerdings auch ein bequemes Gerät zum surfen vom Sofa und unterwegs aus. Ich verstehe dass hier keine Prio dahinterstecken kann.)
Ich wünsche diesem Projekt alles Gute!
Besten Gruß
Hans
korrigiert: nicht W11 - sondern W10, Maus Mitteltaste gestrichen
Hallo Hans,
vielen Dank für die Blumen und deine Unterstützung.
Das Problem, dass die rechte Maustaste das "Kontextmenü" von Browser aufruft, habe ich jetzt mit dem Vorschlaghammer abgestellt, könntest du bitte bei Gelegenheit einmal kurz probieren ob du damit nun zufrieden bist? Evtl. muss deinem Browser aber klargemacht werden, dass sich was an UDE BioSLiDES geändert hat und er die neue Version auch tatsächlich laden soll statt die aus dem Cache zu nehmen, da sind Firefox & Co. machmal etwas dickfällig. Daher am besten, sobald du ein Präparat geladen hast, einmal kurz die drei Tasten "STRG+SHIFT+R" zusammen drücken, dann wird alles neu geladen.
Das Aufpixeln hat damit zu tun, dass die Daten für die neue Fokusebene erst nachgeladen werden müssen, was abhängig von deiner Internetanbindung und Serverauslastung ein paar Sekunden dauern kann, daran kann ich leider nicht viel ändern. Die "Verpixelt -> voll aufgelöst" Variante brennt mir dabei am wenigsten in den Augen, alternativ würde es auf dem Bildschirm viel blitzen und blinken.
Zum Thema iPad kann ich leider nichts sagen, habe Äpfel meist nur als Beilage zum Frühstück ;D. Ich schaue mal, ob ich eine entsprechende Tablett(e) in die Finger bekomme, dann könnte ich ein wenig Ursachenforschung betreiben, aber das muss leider noch ein wenig warten.
Nochmals vielen Dank und viele Grüße,
noch so'n Michael
Zitat von: mikrowastl in Juli 09, 2022, 17:14:29 NACHMITTAGS
Hallo Michael,
ein sehr schönes Projekt, das ich sehr gerne unterstütze.
Vorab: Dies ist ein Bericht - ich möchte damit keine Kritik formulieren.
Ich arbeite mit W10 pro / 16 GB. Edge/Firefox/Chrome.
Ich konnte während der Testphase von heute 16:30 - 16:45 keine Probleme bei der Nutzung des Systems feststellen.
Aufgefallen ist einzig, dass beim scrollen durch die Fokusebene manchmal ein pixeliges Bild entstand, welches sich nach kurzer Zeit von selbst zum "normalen" Bild entwickelte.
Bischen unschön ist das die Funktion der rechten Maustaste (Focus-scrollen) im allen drei Browsern beim loslassen durchschlägt und ein pop-up aufruft.
Meine Maus (Logitech M555b) hat keine eigene Mitteltaste, das scrollrad hat ersatzweise dafür auch eine Klickfunktion. Diese löst aber das Fokus-scrolling nicht aus (ggf. Konfigurationsgeschichte der Maus?)
Umschalten mit der shift Taste funktioniert ohne Probleme.
Unabhängig davon sind Tests mit ipad 64GB 2021 / 9.Gen / 3GB Ram iPadOS 15.5 stets mit Einfrieren des Bildes nach kurzem Focus-Scrolling geendet (auch bei reload=none).
Sehr schön ist auch hier der neue Scrollbalken für das Focus-Scolling) - nur lässt sich dieser (noch) nicht ziehen. Man muss über bzw unter dem Thumbsbutton tippen um diesen zu bewegen.
(das Ipad ist für mich allerdings auch ein bequemes Gerät zum surfen vom Sofa und unterwegs aus. Ich verstehe dass hier keine Prio dahinterstecken kann.)
Ich wünsche diesem Projekt alles Gute!
Besten Gruß
Hans
korrigiert: nicht W11 - sondern W10
Hallo Michael,
Deine Korrektur bzg des pop-ups bei der rechten Maustaste funktiert in allen drei Browsern. Danke dafür, ist so angenehmer. Und die Korrektur bezieht sich nur auf das Bioslide Fenster, andere Fenster laufen wie üblich.
Meine Maus hat nun doch keine Mitteltaste, daher habe ich meinen post oben enstrechend korrigiert.
Auch ich finde die Variante "Verpixelt -> voll aufgelöst"bei Ladeproblemen voll ok - es entspricht zudem ja dem üblichen Verhalten beim Laden sehr grosser Dateien.
Heute konnte ich es nicht mehr beobachten (ich habe eine 50MBit Leitung). Daher scheint es wohl eine (erträgliche) Folge der Belastung gewesen zu sein.
Tablets sind halt sehr angenehm als ständiger Begleiter - bzgl der Prio habe ich keine Ansprüche, im Gegenteil: Bei solchen Projekten, finde ich, ist es das wichtigste sich nicht zu verzetteln.
Dann wünsch ich noch viel Erfolg!
Hans
Hallo Frank,
könntest du bitte mal schauen, ob der Maßstabsbalken in der Screenshot-Funktion jetzt an die richtige Stelle geklebt wird? Ursache für die falsche Position könnte sein, dass du evtl. einen anderen Zoom-Faktor als 100% für dein Browser-Fenster eingestellt hattest (hat nichts mit dem Zoom in UDE BioSLiDES zu tun). Dieser Zoom-Faktor wird jetzt berücksichtigt, zumindest bei mir klappt jetzt alles so wie es soll.
Wichtig: einmal nach dem Laden des Viewers "STRG+SHIFT+R" drücken, damit die aktualisierte Version von UDE BioSLiDES geladen wird. In Zukunft wird das nicht mehr nötig sein, da ich den Browser jetzt dazu nötige, die entsprechenden Daten immer direkt vom Server zu laden statt in seinem eigenen Cache zu schauen.
BTW, unser Slidescaner kann nur 5 Präparate am Stück scannen, den automatischen Magazin-Loader für tausende Objektträger haben wir uns dann doch gespart 8) sowas ist eher für kommerzielle Pathologie-Labore o.ä. interessant.
Wie immer: Vielen Dank für deine Unterstützung,
noch so'n Michael
Zitat von: Nochnmikroskop in Juli 09, 2022, 16:28:52 NACHMITTAGS
Hallo Michael,
die Auflösung vom Tab mit Android 12 hat 2560 x 1600, mein Surface hat 2736 x 1824 Px unter Win11. Beim Windows liegt der Maßstab etwas links, nicht exakt mittig. Bei meinem Handy wandert der Balken noch weiter nach links oben.
Der Scanner kann ja scheinbar große Mengen an Objektträger hintereinander scannen, sehr interessant, was es alles gibt ....
Ich denke es lohnt sich ab und an mal bei dem Projekt vorbei zu schauen. Danke noch einmal für dieses tolle Projekt und dass Du uns teilhaben lässt.
LG Frank
Hallo Michael,
bin unterwegs, daher nur schnell mit Handy ausprobiert.
Der Maßstabsbalken liegt unter Android 12 jetzt richtig, unten rechts.
LG Frank