Testlauf virtuelle Mikroskopie im Webbrowser

Peter V. · Juli 07, 2022, 13:45:08 NACHMITTAGS

Hallo,

Zitat von: Adalbert in Juli 07, 2022, 09:29:38 VORMITTAG
Hallo Michael,

OK, das ist aber nur für extrem flache Objekte gedacht, oder?
Für dreidimensionale Objekte im Auflicht eher nicht.

Wenn man ein etwas tieferes Objekt nimmt, wofür sehr viele Einzelfotos benötigt werden,
wird auf einem Einzelfoto eines Stacks, so gut wie gar nichts scharf abgebildet.
Also auf einem 27 Zoll Bildschirm wird ein Streifen mit der Breite gegen 1mm scharf dargestellt.
Der Betrachter sieht auf einem einzelnen Foto praktisch gar nichts.
Bei tiefen Stacks müsstest Du aber Substacks bilden, damit Deine Fokusebenen
überhaupt Etwas sichtbares darstellen.

BTW, auf meinem Handy läuft das Ding ohne Probleme
nur die Anzeige der Koordinaten kommt auf die Buttons drauf (oben links)

LG, ADi

was hat das eigentlich jetzt mit diesem Projekt und diesem Thread zu tun? Ich wüsste kein klassisches durchlichtmikroskopisches Objekt, das sich zwischen Decklglas und Objektrräger befindet und so dick wäre, dass man Tausende von Einzelstacks und Substacks benötigt.

Hier geht es doch eindeutig und ausschließlich um typische Mikrorpäparate zwischen einem Objektträger und einem Deckglas.

Aber klar - darauf hinweisen kann ja mal. Übrigens ist am 14.Mai 2023 Muttertag - nur mal so....

Hezrliche Grüße
Peter

Noch so'n Michael · Juli 07, 2022, 14:51:44 NACHMITTAGS

Hallo Thomas,

könntest du auf deinem iPhone bitte mal folgenden Link ausprobieren?

https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=30&preload=none

Damit ("&preload=none" an den Viewer-Link angehängt) ist das Laden der Daten etwas speicherfreundlicher, dafür wird weniger im Voraus geladen, d.h. der Wechsel der Fokusebene dauert etwas länger. Wenn das klappt, habe ich eine Schraube, an der ich für Smartphones drehen kann.

Vielen Dank und viele Grüße,
noch so'n Michael

Zitat von: Thomas Böder in Juli 06, 2022, 17:18:17 NACHMITTAGS
Auf dem iPhone(iOS 15.5) ist das Bild nach 20 Sekunden eingefroren.
Einzig die X-Y Koordinaten haben sich noch bewegt.

Thomas Böder · Juli 07, 2022, 15:44:37 NACHMITTAGS

Auf dem PC läuft es super.
Unter iOS iPhone leider nicht.
Die Fokussierung funktioniert gar nicht.
Die Bedienelemente werden komplett durch die Koordinatenanzeige verdeckt.
Und nach ein paar Sekunden friert alles ein.
Habe nochmal nachgesehen, mein iPhone hat 4GB RAM.

Grüße, Thomas.

Nochnmikroskop · Juli 07, 2022, 18:28:18 NACHMITTAGS

Hallo Michael,

tolles Projekt und bis hierhin schon sehr gut umgesetzt. Daumen hoch.

Mit Win11 und Edge funktioniert alles sehr gut und super flüssig. Insbesondere auch die Steuerung mit Maus und/oder Tastenkombination finde ich sehr gelungen.

Unter Android 12 und Chrome ist die Funktion nicht so gut. Wie schon Thomas schrieb, werden durch die Koordinaten am Handy die Bedienelemente verdeckt. Am Android Tablett ist auch öfters ein Absturz feststellbar.

Bei dem Diatomeen Streupräparat mit dem 60x / 1,42 würde ich mir wünschen, dass die Stackschritte in Z-Richtung kleiner sind, als die Schärfentiefe des Objektivs. Bei 0,3 µm Schrittweite wird das Objekt noch nicht optimal von Schritt zu Schritt dargestellt. Ist aber Stöhnen auf hohem Niveau.

Halte uns bitte auf dem Laufendem, wenn es weitere Fortschritte gibt.

LG Frank

roydebatzen · Juli 07, 2022, 22:10:57 NACHMITTAGS

Finds' gut. Wenn's digital ist sind Popup-Beschriftungen cool, dann kann man noch was über die Präparate lernen.
Ich find's auch gut das und wenn die Autoren ihren Ruhm kriegen.

Fahrenheit · Juli 08, 2022, 06:57:21 VORMITTAG

Lieber Michael,

ob man zum Anschauen unbedingt das Handy nutzen muss, sei mal dahin gestellt. Ich hab's lediglich ausprobiert, weil's bei Thomas auf dem IPhone hängen geblieben ist.
Aber auch mit dem neuen Link sind die Bedienelemente durch die Koordinaten verdeckt.

Ich schau' die Tage mal, ob ich noch was Vernünftiges an Präparaten übrig habe.

Herzliche Grüße
Jörg

Thomas Böder · Juli 08, 2022, 07:48:49 VORMITTAG

Zitat von: Fahrenheit in Juli 08, 2022, 06:57:21 VORMITTAG
...ob man zum Anschauen unbedingt das Handy nutzen muss, sei mal dahin gestellt.

Nein, das muss man tatsächlich nicht.
Es ist schon deutlich angenehmer auf einem normalen Bildschirm.

Aber das Handy ist halt immer dabei...

Noch so'n Michael · Juli 08, 2022, 11:28:50 VORMITTAG

Hallo Anne,

ich werde sicherlich noch ein paar hüschere Diatomeen-Präparate hinzufügen, die sind ja mein "täglich Brot". Aktuell kämpfe ich mal wieder damit, ungekochte Lebendproben unter den Slidescanner zu bekommen, das ist technisch leider etwas komplizierter.

Das Präparat unter https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=25 ist tatsächlich etwas problematisch, weil sich das Material beim Präparieren von der Deckglasunterseite abgelöst hat und dann in die Tiefen des Naphrax abgewandert ist, darum musste ich auch den Abstand zwischen den Fokusebenen ein wenig erhöhen (der ist aber immer noch geringer als die Schärfentiefe des Objektivs, dies wurde an anderer Stelle angemeckert

). Bei den lebenden Diatomeen ist der Ebenenabstand etwas größer, da ist damals etwas schief gelaufen, aber da wird es bei Gelegenheit neue Scans geben.

Liebe Grüße von der Diatomeen-Front,
noch so'n Michael

Zitat von: anne in Juli 07, 2022, 10:31:51 VORMITTAG
Hallo Michael,
super Idee und super umgesetzt!
Die Streupräparate sind aber allerdings optisch nicht so dolle, reichen jedoch für Lehrzwecke sicherlich aus.
Edit: Beim Durchscannen dann doch ganz gut , klasse!

Ich schließe mich Lupus voll an und hoffe hier entsteht nun keine sinnlose Diskussion über Makro/extrem Makro/Auflicht usw.
Ich denke auch es klar definiert auf welche Präparate sich die Seite bezieht, wer lesen kann ist da klar im Vorteil.
lg
anne

Noch so'n Michael · Juli 08, 2022, 11:39:45 VORMITTAG

Hallo Frank,

laut Auskunft von Olympus müsste die Schärfentiefe für unser 60x/1,42 Objektiv bei 0,56 Mikrometer liegen, normalerweise scanne ich mit der Hälfte dieses Abstands, bei einem Präparat (https://bioslides.biologie.uni-due.de/BioSLiDES.html?id=25) hatte sich das Material allerdings vom Deckglas gelöst und ist in die Tiefe gewandert, deshalb musste ich dort den Ebenenabstand etwas erhöhen (der ist aber immer noch unterhalb der Schärfentiefe). In den Fokus-gestackten Varianten sieht man dann auch die Feinstrukturen aus alles Ebenen, irgendwo müssen die also innerhalb des Stacks einmal scharf abgebildet worden sein. Mit 60-80 Fokusebenen betreibe ich unseren Slidescanner schon deutlich außerhalb seiner technischen Spezifikation, wenn ich den Ebenenabstand noch weiter verringere bin ich auf einen kleineren Tiefenbereich beschränkt, und dieser muss für das komplette Präparat reichen, nicht nur für eine einzelne Stelle. Da das Deckglas normalerweise nicht 100%ig senkrecht zur optischen Achse des Mikroskops steht, brauche ich dann noch ein wenig Spielraum in der Tiefe. Außer ich halte mal zufällig ein superflaches superausgerichtetes Präparat in den Händen wird der Ebenabstand leider nicht kleiner werden. Alternativ könnte ich natürlich eine viel kleineren Bereich des Präparates einscannen, aber das macht deutlich weniger Spaß als ein paar Dutzend Quadratmilimeter aufzunehmen und dabei mal eben ein Terabyte an Rohdaten zu erzeugen

.

Viele Grüße,
noch so'n Michael

Zitat von: Nochnmikroskop in Juli 07, 2022, 18:28:18 NACHMITTAGS
Hallo Michael,

tolles Projekt und bis hierhin schon sehr gut umgesetzt. Daumen hoch.

Mit Win11 und Edge funktioniert alles sehr gut und super flüssig. Insbesondere auch die Steuerung mit Maus und/oder Tastenkombination finde ich sehr gelungen.

Unter Android 12 und Chrome ist die Funktion nicht so gut. Wie schon Thomas schrieb, werden durch die Koordinaten am Handy die Bedienelemente verdeckt. Am Android Tablett ist auch öfters ein Absturz feststellbar.

Bei dem Diatomeen Streupräparat mit dem 60x / 1,42 würde ich mir wünschen, dass die Stackschritte in Z-Richtung kleiner sind, als die Schärfentiefe des Objektivs. Bei 0,3 µm Schrittweite wird das Objekt noch nicht optimal von Schritt zu Schritt dargestellt. Ist aber Stöhnen auf hohem Niveau.

Halte uns bitte auf dem Laufendem, wenn es weitere Fortschritte gibt.

LG Frank

Nochnmikroskop · Juli 09, 2022, 08:50:54 VORMITTAG

Hallo Michael,
kannst Du uns noch ein paar Infos zum Scanner geben?

Zur Schärfentiefe: da gibt es ja mehrere Rechner, die auch bei der nA um die 0,6 µm angeben. Aber bei edmundsoptics wird bei Deinem Objektiv 0,21 angegeben, keine Ahnung wie es da berechnet wurde. https://www.edmundoptics.com/p/olympus-uplxapo-60x-oil-immersion-objective/43027/

Wenn man über den entsprechenden Schalter einen Screenshot mit Maßstabsbalken abspeichert, dann liegt der Maßstabsbalken ca. in Bildmitte, genau über dem Objekt der Begierde (Android 12 Chrome, Win 11 Edge). Sollte das nicht immer so, wie auf dem Bildschirm aussehen, Maßstab unten rechts?

LG Frank

Noch so'n Michael · Juli 09, 2022, 15:37:47 NACHMITTAGS

Hallo Frank,

der Slidescanner ist ein Olympus VS200 https://www.olympus-lifescience.com/de/solutions-based-systems/vs200/, ausgerüstet mit 20x/0,8, 40x/1.4 und 60x/1,42, Durchlicht-Hellfeld und PhaKo (leider keine Fluoreszenz). Bezüglich der Schärfentiefe traue ich dem Hersteller eher als einem von irgendjemandem bei Edmund zusammengesuchten Datenblatt

Olympus selbst scheint sich in den üblichen Werbematerialien dazu auszuschweigen, aber die Schärfentiefe von 0,56 µm ist in der Scanner-Software hinterlegt, und da ich täglich Fokus-Stackings von Diatomeen mache und dabei die Feinstrukturen ausreichend aufgelöst werden, gehe ich davon aus, dass das stimmt.

Bezüglich des verrutschten Maßstabsbalkens tappe ich noch ein wenig im Dunkeln, natürlich soll der unten rechts sein wie im Viewer, auf den vor mir bisher getesteten Systemen funktioniert das auch, da muss ich wohl nochmal dran basteln. Kannst du mir verraten, welche Bildschirmauflösung du hattest bzw. wie groß der Screenshot war? Damit könnte es zusammen hängen...

Vielen Dank für die Infos,
noch so'n Michael

Zitat von: Nochnmikroskop in Juli 09, 2022, 08:50:54 VORMITTAG
Hallo Michael,
kannst Du uns noch ein paar Infos zum Scanner geben?

Zur Schärfentiefe: da gibt es ja mehrere Rechner, die auch bei der nA um die 0,6 µm angeben. Aber bei edmundsoptics wird bei Deinem Objektiv 0,21 angegeben, keine Ahnung wie es da berechnet wurde. https://www.edmundoptics.com/p/olympus-uplxapo-60x-oil-immersion-objective/43027/

Wenn man über den entsprechenden Schalter einen Screenshot mit Maßstabsbalken abspeichert, dann liegt der Maßstabsbalken ca. in Bildmitte, genau über dem Objekt der Begierde (Android 12 Chrome, Win 11 Edge). Sollte das nicht immer so, wie auf dem Bildschirm aussehen, Maßstab unten rechts?

LG Frank

Nochnmikroskop · Juli 09, 2022, 16:28:52 NACHMITTAGS

Hallo Michael,
die Auflösung vom Tab mit Android 12 hat 2560 x 1600, mein Surface hat 2736 x 1824 Px unter Win11. Beim Windows liegt der Maßstab etwas links, nicht exakt mittig. Bei meinem Handy wandert der Balken noch weiter nach links oben.

Der Scanner kann ja scheinbar große Mengen an Objektträger hintereinander scannen, sehr interessant, was es alles gibt ....

Ich denke es lohnt sich ab und an mal bei dem Projekt vorbei zu schauen. Danke noch einmal für dieses tolle Projekt und dass Du uns teilhaben lässt.

LG Frank

Noch so'n Michael · Juli 09, 2022, 16:51:29 NACHMITTAGS

Vielen Dank an alle, die den UDE BioSLiDES-Server heute nachmittag gequält haben

. Zumindest den Zahlen nach hat es nicht fürs Glühen gereicht

, auch wenn ich gemerkt habe, dass das Laden zwischendurch etwas zäher wurde. An die Wand gefahren wurde der Server jedenfalls nicht, was mich hoffnungsvoll für den Dauerbetrieb stimmt.

Falls euch noch irgendwelche Probleme aufgefallen sind, gebt mir bitte kurz Bescheid.

Nochmals vielen Dank für eure Unterstützung,
und ein schönes Rest-Wochenende,
noch so'n Michael

mikrowastl · Juli 09, 2022, 17:14:29 NACHMITTAGS

Hallo Michael,
ein sehr schönes Projekt, das ich sehr gerne unterstütze.

Vorab: Dies ist ein Bericht - ich möchte damit keine Kritik formulieren.
Ich arbeite mit W10 pro / 16 GB. Edge/Firefox/Chrome.
Ich konnte während der Testphase von heute 16:30 - 16:45 keine Probleme bei der Nutzung des Systems feststellen.
Aufgefallen ist einzig, dass beim scrollen durch die Fokusebene manchmal ein pixeliges Bild entstand, welches sich nach kurzer Zeit von selbst zum "normalen" Bild entwickelte.
Bischen unschön ist das die Funktion der rechten Maustaste (Focus-scrollen) im allen drei Browsern beim loslassen durchschlägt und ein pop-up aufruft.
Folgendes stimmt leider nicht, hab mich getäuscht und daher gestrichen: Meine Maus (Logitech M555b) hat keine eigene Mitteltaste, das scrollrad hat ersatzweise dafür auch eine Klickfunktion. Diese löst aber das Fokus-scrolling nicht aus (ggf. Konfigurationsgeschichte der Maus?)
Umschalten mit der shift Taste funktioniert ohne Probleme.

Unabhängig davon sind Tests mit ipad 64GB 2021 / 9.Gen / 3GB Ram iPadOS 15.5 stets mit Einfrieren des Bildes nach kurzem Focus-Scrolling geendet (auch bei reload=none).
Sehr schön ist auch hier der neue Scrollbalken für das Focus-Scolling) - nur lässt sich dieser (noch) nicht ziehen. Man muss über bzw unter dem Thumbsbutton tippen um diesen zu bewegen.
(das Ipad ist für mich allerdings auch ein bequemes Gerät zum surfen vom Sofa und unterwegs aus. Ich verstehe dass hier keine Prio dahinterstecken kann.)

Ich wünsche diesem Projekt alles Gute!

Besten Gruß
Hans
korrigiert: nicht W11 - sondern W10, Maus Mitteltaste gestrichen

Noch so'n Michael · Juli 11, 2022, 09:31:32 VORMITTAG

Hallo Hans,

vielen Dank für die Blumen und deine Unterstützung.

Das Problem, dass die rechte Maustaste das "Kontextmenü" von Browser aufruft, habe ich jetzt mit dem Vorschlaghammer abgestellt, könntest du bitte bei Gelegenheit einmal kurz probieren ob du damit nun zufrieden bist? Evtl. muss deinem Browser aber klargemacht werden, dass sich was an UDE BioSLiDES geändert hat und er die neue Version auch tatsächlich laden soll statt die aus dem Cache zu nehmen, da sind Firefox & Co. machmal etwas dickfällig. Daher am besten, sobald du ein Präparat geladen hast, einmal kurz die drei Tasten "STRG+SHIFT+R" zusammen drücken, dann wird alles neu geladen.

Das Aufpixeln hat damit zu tun, dass die Daten für die neue Fokusebene erst nachgeladen werden müssen, was abhängig von deiner Internetanbindung und Serverauslastung ein paar Sekunden dauern kann, daran kann ich leider nicht viel ändern. Die "Verpixelt -> voll aufgelöst" Variante brennt mir dabei am wenigsten in den Augen, alternativ würde es auf dem Bildschirm viel blitzen und blinken.

Zum Thema iPad kann ich leider nichts sagen, habe Äpfel meist nur als Beilage zum Frühstück

. Ich schaue mal, ob ich eine entsprechende Tablett(e) in die Finger bekomme, dann könnte ich ein wenig Ursachenforschung betreiben, aber das muss leider noch ein wenig warten.

Nochmals vielen Dank und viele Grüße,
noch so'n Michael

Zitat von: mikrowastl in Juli 09, 2022, 17:14:29 NACHMITTAGS
Hallo Michael,
ein sehr schönes Projekt, das ich sehr gerne unterstütze.

Vorab: Dies ist ein Bericht - ich möchte damit keine Kritik formulieren.
Ich arbeite mit W10 pro / 16 GB. Edge/Firefox/Chrome.
Ich konnte während der Testphase von heute 16:30 - 16:45 keine Probleme bei der Nutzung des Systems feststellen.
Aufgefallen ist einzig, dass beim scrollen durch die Fokusebene manchmal ein pixeliges Bild entstand, welches sich nach kurzer Zeit von selbst zum "normalen" Bild entwickelte.
Bischen unschön ist das die Funktion der rechten Maustaste (Focus-scrollen) im allen drei Browsern beim loslassen durchschlägt und ein pop-up aufruft.
Meine Maus (Logitech M555b) hat keine eigene Mitteltaste, das scrollrad hat ersatzweise dafür auch eine Klickfunktion. Diese löst aber das Fokus-scrolling nicht aus (ggf. Konfigurationsgeschichte der Maus?)
Umschalten mit der shift Taste funktioniert ohne Probleme.

Unabhängig davon sind Tests mit ipad 64GB 2021 / 9.Gen / 3GB Ram iPadOS 15.5 stets mit Einfrieren des Bildes nach kurzem Focus-Scrolling geendet (auch bei reload=none).
Sehr schön ist auch hier der neue Scrollbalken für das Focus-Scolling) - nur lässt sich dieser (noch) nicht ziehen. Man muss über bzw unter dem Thumbsbutton tippen um diesen zu bewegen.
(das Ipad ist für mich allerdings auch ein bequemes Gerät zum surfen vom Sofa und unterwegs aus. Ich verstehe dass hier keine Prio dahinterstecken kann.)

Ich wünsche diesem Projekt alles Gute!

Besten Gruß
Hans
korrigiert: nicht W11 - sondern W10