Coscinodiscus from P. Hobel

[deBult]

Spend some time with the Coscinodiscus slide received this week from P. Hobel (Appreciated !!).

Now I have to start tuning my Photo skills again, Picolay default settings.

Tips on cleaning the background appreciated

Edit: wrong scale bar replaced

Thank you, Maarten

[RainerTeubner]

Hallo Peter,

in picolay kann man den unsauberen Hintergrund von den zu stapelnden Bildern automatisch abziehen, wenn man eine Leeraufnahme (nur Hintergrund, Objekt sehr unscharf) anfertigt und mit Hilfe der Funktion "Set Background/Flat Field (F10)" von allen Aufnahmen abzieht und die so gereinigten picolay-Bilder dann stapelt.

Viel Erfolg!

Rainer

[anne]

Hallo Maarten,
das könnte eine Coscinodiscus gigas sein?
Könntest Du noch den Durchmesser angeben?
Ist das Präparat in ZRAX?
lg
anne

[deBult]

Thanks for the feed -back: busy work-week ahead, so all follow up next weekend

Rainer: will try your trick, understand you clean EACH shot before stacking them?

Anne: will recalibrate and measure again.

Beste, Maarten

[RainerTeubner]

Hallo Maarten,

es wird das Hintergrundbild von jedem Bild des  Bilderstapels abgezogen, picolay macht das für Dich. Die entstehenden Bilder haben einen eigenen Dateinamen und werden ausgewählt und dann gestapelt.

Bei mir funktioniert das so: Das letzte Bild eines Stapels ist das leere Hintergrundbild mit dem Schmutz. Die Reihenfolge der Bilder im Ordner wird umgekehrt, Funktion "Reverse order of images" im  Menüpunkt "Image list", dann wird das Hintergrundbild per Funktion "Set backgrund flatfield" im Menüpunkt "Stack operations" von allen Rohbildern abgezogen, picolay schreibt eine Liste mit neuen, geputzten, aber noch partiell unscharfen Bilder. Im Menüpunkt "Image list" werden nun die Markierungen getoggeld und die dann markierten Bilder wie üblich mit picolay gestapelt. Ich probiere immer 4 Stapelparameter aus.

Viel Erfolg!

Rainer

[Rene]

Goed gelukte stack Maarten. Is de schaal bolrond, of maar een beetje? Meestal zie je in de ruwe beelden een ritmisch patroon in de areolering, dat kan ik niet in dit beeld ontdekken. Blijft toch jammer dat je dat soort subtiele informatie verliest met stacken. Voorlopig houd ik het op filmpjes met doorfocussering voor mijn referentiecollectie. Eigenlijk toch een beetje de toekomst ;-)

Hi Ann, were it North Sea material, I would say it is C concinnus or granii. Easy to see the difference in lugolmaterial, which shows granii as an asymmetric frustule, and concinnus just very big with very round, almost half-football shaped vaves. Always good to keep raw backup sample over resin-only slides ;-)
Awaiting Maarten's recalibration,

René

[deBult]

According to Peter Hobel, the material originates from the south pacific. atlantic

When focusing through, the diatom is asymmetric: slightly curved, most of the areoles are in the same sharpness plane , so not like a half football.

Maarten

[anne]

Hallo Rene,
danke für den Kommentar.
Ich habe eine ähnliche Probe von Päule Heck, beschriftet mit C. gigas, daher die Annahme.
Aber es fehlt tatsächlich die leichte Wölbung.
Maarten, ist das Präparat in ZRAX?
lg
anne

[deBult]

Ceadax, please elaborate why this is relevant (willing to learn here).

Best, Maarten

[anne]

Hallo Maarten,
die Pünktchen im Hintergrund sind typisch für ZRAX.
lg
Anne

[deBult]

@Anne, @Rene: Well recalibrated measurement settings in Micam, 450 mu, Single shot.

I'm new to determination: would expect the size to be a determination parameter,  but ... a first check in the Schmidt atlas did not help ME much yet.
Would appreciate  some guidance on where to start in this determination proces, or a key for "beginners". 

@Rainer: Stacking and background subtraction was not yet successful (cannot get a good sharp "subtraction" shot of the dirt partikels ONLY)

Best, Maarten

[Rene]

Ha Maarten, was ik toch helemaal op het verkeerde been gezet! Voor Coscinodiscus is dit zo plat als een pannenkoek. Dan denk ik meteen aan C. wailesii die in de Noordzee (en elders) voorkomt. Maar als ik de areolae-dichtheid meet is deze vorm met ca. 3 per 10um net iets te grof voor C. wailesii. Dan zoek ik de kenmerken van C. gigas op, en dan klopt dit wel met die beschrijving.

Coscinodiscus gigas it is.

Je ziet aan mijn omtrekkende beweging dat er geen zuiver determinatieproces is. Enerzijds is de soortenrijkdom immens, en heb je vaak te maken met een vorm die qua kenmerken net ergens tussen valt. Anderzijds heb je vrijwel nooit alle kenmerken duidelijk van een zo'n exemplaar, en dan ook nog als leeg kiezelschaaltje zonder gordelbanden etc. Daarbij ligt het ook nog eens ongunstig om kenmerken langs de rand (marginale processen) op te zoeken, en net als de gordelbanden zijn dat sleutelkenmerken voor dit geslacht (en dan zijn de marginale processen bij C. gigas ook nog eens klein en onbeduidend).

Kortom, blijven bladeren in de atlassen is de beste en soms enige manier om een ingang te vinden, en ik voel je frustratie dat dat zo onwetenschappelijk aan doet. Maar biodiversiteit zelf is ook meer chaos dan wetenschap ;-)

Groet, René

[deBult]

A nice writeup on photographing fresh / alive Coscinodiscus, including a side view.

http://www.microscopy-uk.org.uk/mag/indexmag.html?http://www.microscopy-uk.org.uk/mag/artjan02/coscino.html

Best, Maarten