Installation ImageJ unter Linux (openSuSe 11.0)

[Ulf Titze]

Liebe Forumsteilnehmer,

möglicherweise bin ich mit meinem Thema etwas off topic, aber vielleicht stand der ein oder andere Forumsteilnehmer oder -mitleser schon mal vor dem Problem, vor dem ich jetzt stehe.

Habe letztes Wochenende als kompletter Linux-Anfänger openSuSe 11.0 auf meinem Rechner installiert - nach einer Woche läuft jetzt alles wie ich es möchte. Alles? Nein, ein kleines (aber wichtiges) Progrämmchen zickt rum: ImageJ

Zunächst hat es mich irritiert, dass es für ImageJ unter Linux kein Installationspaket zum Download gibt, sondern ich als kompletter Newbie das Programm von Hand installieren soll!? Na gut. Nach ein paar Tagen habe selbst ich das hinbekommen und auch einen schönen Link in mein kde-Programm gebastelt. Nun aber das Hauptproblem: ich möchte gerne die Macros von MBF installieren. Auf der Seite dort heißt es ganz lapidar, ich soll die Dateien (wieder ein Archiv) einfach im Programmordner /ImageJ/plugins extrahieren. Aber nix is! Wenn ich das so mache sind die MBF-Funktionen tot wie Julius Cäsar! Erst wenn ich in das Archiv gehe, und Datei für Datei in das entsprechende Verzeichnis in ImageJ kopiere, erlernt ImageJ die MBF-Tugenden.

Nur eine nicht: Wenn ich jetzt ImageJ starte, kommt eine Fehlermeldung:

unknown command: mbf.


Hat jemand eine Ahnung, wie ich diese Fehlermeldung wegbekomme?

Gruß von der dunklen Ostsee

Ulf Titze

[Dieter Friedrich]

Lösung: Benutzen Sie Windows. Das einzig richtige Betriebssytsem!

Installieren Sie es doch mit Linux als Dual Boot System auf einem Rechner

Habe letztes Wochenende als kompletter Linux-Anfänger openSuSe 11.0 auf meinem Rechner installiert - nach einer Woche läuft jetzt alles wie ich es möchte.

Du lieber Gott, in der Zeit hat man einen Windowsrechner ja schon 100 mal neu aufgesetzt....
Aber auf so Sachen wie Benutzerfreundlichkeit waren die ganzen luserz ja noch nie besonders scharf.

Allein schon dieses ständige benutzen müssen von irgendwelchen DOS ähnlichen Befehlen, nur um einen Grafikkartentreiber zu installieren....

[RainerTeubner]

Hallo,

wenn ich eine Bitte äußern darf: bitte keine Betriebssystemdiskussionen in diesem Forum. Oder gibt's über Mikroskopie nichts mehr zu diskutieren?

Mit freundlichen Mikrogrüßen

Rainer Teubner

[Detlef Kramer]

Ich möchte das, was Herr Teubner schreibt etwas differenzieren: Bitte keine Diskussion über Vorzüge oder Nachteile eines bestimmten Betriebssystems. Aber ImageJ ist ein enorm wichtiges Programm für die mikroskopische Bild-Be- und Verarbeitung, so dass ich Fragen zu dessen Installation hier nicht abwürgen möchte.

Ich halte mich auch ganz brav mit meiner Meinung zum "besten Bs aller Zeiten" zurück.

Herzliche Grüße

Detlef Kramer

[Ulf Titze]

Ich verstehe wirklich diese teils unsachlichen Antworten nicht! 

Es lag nicht in meiner Intention über die Betriebssysteme zu diskutieren. Ratschläge hierüber brauche ich nicht - ich weiß schon, warum ich mich so entschieden habe.

Ich hatte nur gehofft, dass jemand bei diesem Problem helfen kann - vielleicht stand jemand schon selbst an diesem Punkt. Diese Idee finde ich in einem Forum für Mikroskopiker, von denen bekanntlich viele ImageJ benutzen, nicht abwegig.

Mit freundlichen Grüßen

Ulf Titze

[Günter]

Hallo Ulf,

die Frage und das mir bislang unbekannte Programm ImageJ hat mich neugierig gemacht.
Ich konnte es eben auf Anhieb bei mir (Suse 10.2) installieren, auch mit den mbf-plugins.

Das beschriebene umkopieren einzelner Dateien kommt mir komisch vor.

Unter http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/mbf-collection.html steht zur Installation:

Download mbf-plugins.zip (12MB), extract the contents, and copy the resulting "plugins" folder into the ImageJ folder. Before doing this, you may want to rename the existing "plugins" folder.

Entscheidend der Satz, das vorhandene Verzeichnis umzubenennen (sichern). Daraus habe ich geschlossen, daß dieser Ordner ersetzt werden soll.
Wenn man mbf-plugins.zip entzippt, entsteht ja ein neuer Unterordner plugins.
Diesen habe ich komplett anstelle des originalen Ordners 'plugins' dorthin kopiert, also nicht beide Ordner vermischt.

Dann startet ImageJ auch mittels 'run'.

viel Erfolg
Grüße
Günter

[Ulf Titze]

Lieber Günter,

herzlichen Dank für die schnelle und konstruktive Antwort. Dieses toolkit hatte ich gar nicht gesehen, sondern nur diesen hier: http://www.macbiophotonics.ca/downloads/MBF_ImageJ.zip

Wenn man diese Dateien installiert, wird ImageJ ein wenig hübscher und man bekommt sogar ein tool, um unterschiedliche Pfeilspitzen sehr präzise einzufügen. Mittels eines kleinen buttons kann man auch einen Messbalken ins Bild einfügen. Die Funktion mit den Pfeilen habe ich in der anderen Sammlung noch nicht entdeckt. Mal sehen, weiter probieren.

Gruß aus Rostock

Ulf

[Dieter Friedrich]

Ich verstehe wirklich diese teils unsachlichen Antworten nicht!

Ein Forum ist nunmal kein Wunschkonzert!  Und wer Linux benutzt muss sich die ein oder andere spöttische Bemerkung eben gefallen lassen, so ist das Leben.... Ich will das ja auch gar nicht weiter vertiefen und Ihre Antwort haben Sie ja schon bekommen.

[Fahrenheit]

>=))));>


Ich denke, wer über anderer Leute HW oder SW lästern will, tut das besser im heise Forum. Besonders Freitag ist da ein guter Tag und man braucht sich nicht von Leuten irritieren zu lassen, die Hilfe suchen.

Wer Sarkasmus findet, darf ihn behalten.

Jörg

[Günter]

manche Menschen müssen wohl spotten um sich darzustellen

[Ulf Titze]

Hallo Günter,

habe eben gesehen, dass man sich ja sein eigenes toolkit zusammenbauen kann. Diese Makros zum Einfügen von Pfeilen kann man auch separat runterladen - link folgt.

Werde wohl noch ein bisschen basteln.

Falls Du weiteres Interesse an ImageJ hast, können wir uns per email austauschen: u.titze(bei)web.de

Gruß
Ulf

[Detlef Kramer]

Hallo,

ich möchte Euch allerdings ermutigen, wichtige Ergebnisse, evtl auch als Anleitung  unter "Mikro-Rezepte"  allen zugänglich zu machen. Ich halte das für wichtig!

Herzliche Grüße

Detlef Kramer

[Rolf-Dieter Müller]

Hallo Günter,
habe eben gesehen, dass man sich ja sein eigenes toolkit zusammenbauen kann. Diese Makros zum Einfügen von Pfeilen kann man auch separat runterladen - link folgt.
Werde wohl noch ein bisschen basteln.
Falls Du weiteres Interesse an ImageJ hast, können wir uns per email austauschen: u.titze(bei)web.de
Gruß
Ulf

Hallo Herr Titze,

da ich selbst wegen der unbestreitbaren Vorzüge mein Betriebssytem von Windows auf Linux geändert habe, bin ich ebenfalls an Ihren Ergebnissen interessiert.

Viele Mikrogrüße
Rolf-Dieter Müller