Wieder eine Idee, diesmal eine für die Botaniker

[Johannes Kropiunig]

Hallo,

seit längeren plagt mich eine Idee von der ich keine Ahnung habe ob sie überhaupt umsetzbar ist.
Das liegt einerseits an meiner Unkenntnis in Färben von Schnitten, andererseits am fehlen eines Mikrotoms um überhaupt erst welche anfertigen zu können.

Die Idee ist folgende und eigentlich recht simpel, Färben vor den Schneiden und dann am Mikrotom unter einem Stemi Schnitt für Schnitt abfotografieren, diese Bilder anschließend mit einem Bildbearbeitungsprogramm bearbeiten sodass nur eine Farbe über bleibt, danach Stacken.
Der Sinn des ganzen wäre eine 3D Darstellung z.B. der Leitbündel in einem Teilstück der Pflanze, eventuell der Übergang von Ast zum Blatt.

Dieses Färben vor den Schneiden habe ich mir in etwa so vorgestellt und an einem Hibiscus acetosella (?) ausprobiert.

Leider habe ich zu spät bemerkt das meine Powershot gesponnen hat, entschuldigt bitte die schlechte Qualität des Bildes.

Unter meinem Makrstativ habe ich anschließend mit einem Art Nähgarnmikrotom einen Versuch unternommen den im obigen Bild rot markierten Bereich zu schneiden.
Das kam dabei heraus.


Noch ein Schnitt knapp unterhalb der Blüte, diesmal mit Sperrfilter.


Prinzipiell sollte es also funktionieren, die Farbe geht komplett durch die Pflanze, schneiden und fotografieren sollte auch kein Problem sein, einzig beim Stacken bin ich mir nicht sicher was dabei heraus käme.
Aber wahrscheinlich gibt es so etwas in der Art sowieso schon lange...

Viele Grüße,
Johannes

[Karl73]

Hallo Johannes,
Deine Idee klingt interessant - dürfte aber nicht ganz neu sein. In der Anatomie ist die Rekonstruktion aus Serienschnitten lange bekannt (http://edoc.ub.uni-muenchen.de/11827/1/Muehlbauer_Ulrich.pdf), auch mit Rekonstruktionen bestimmter Regionen anhand von Färbungen. Es gibt dafür spezielle Software... (z.B. http://amide.sourceforge.net/ oder http://www.vsg3d.com/amira/overview). Beim visible human project wurde ein ganzer Mensch nach genau dem von dir beschriebenen Verfahren geschnitten und fotografiert.
Also prinzipiell müsste es funktionieren. Nur ich frage mich, ob die Färbereagenzien tatsächlich die Pflanze gleichmäßig färben können - wegen Diffusion in die Tiefe.

Viel Erfolg beim probieren!
Karl

[Heribert Cypionka]

Hallo Johannes,

das kann man alles machen. Ich hatte auf der Kornrade 10 vorgestellt, wie es mit PICOLAY geht.  Man kann einerseits farbbasiert stacken oder auch Farben aus Bildern 'extrahieren', subtrahieren und das Ergebnis stacken und in 3D darstellen.



Start mit dem linken Original-Bild, entweder die Farbe des gesuchten Farbstoffs selektieren ('Set target colour for stacking'... plus 'strip non-target part') oder - wie hier gezeigt - die 'Spam'-Farbe selektieren und anschließend subtrahieren...

Herzliche Grüße

Heribert Cypionka

[Johannes Kropiunig]

Hallo,

ich danke euch für eure Antworten.
An dieses visible human project kann ich mich noch erinnern, war das damals nicht ein zu tote verurteilter Amerikaner, der da zersäbelt wurde? 
Jedenfalls habe ich mithilfe von Google versucht eine 3D Darstellung von den Leitbündel zu finden, gefunden habe ich nur einen Kaktus von dem nach Verrottung die Leitbündel übrig waren, keine gestapelten Einzelschnitte.
http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/d06/06i.htm
Außerdem steht da noch etwas von "Stelärtheorie ", nur wieso Theorie, ist sie noch kein Fakt ?

Nur ich frage mich, ob die Färbereagenzien tatsächlich die Pflanze gleichmäßig färben können - wegen Diffusion in die Tiefe.

Das halte ich für das geringste Problem, entweder durch dickflüssige Farbstoffe, oder Pigmentfarben zu lösen.
Nachdem unser Stacking-Genie Herr Heribert Cypionka auch sein OK gegeben hat, bleibt mir nur noch ein Schwierigkeit, ich habe kein Mikrotom, nur ein Brett mit einer Schraube in einem Loch, brauchbare Ergebnisse sind damit nicht drinnen.
Vielleicht weiß ja einer unserer "Schnibbler" mal nichts mit seiner Zeit anzufangen und ist so experimentierfreudig.  

Übrigens brachte mich ein Experiment aus meinen Kindertagen auf die Idee, eines wie dieses hier.
http://www.helles-koepfchen.de/artikel/988.html

Viele Grüße,
Johannes