Kieselalge aus Präparat von Klaus Kemp

Begonnen von Muschelbluemchen, Januar 28, 2015, 22:26:58 NACHMITTAGS

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Muschelbluemchen

Hallo

Weil es offensichtlich gerade "In" ist Kieselalgen abzulichten, habe ich meine 24Euro 5MPixel CS-Mount Kamera auf eine Schale
eines Legepräparats von Klaus Kemp losgelassen - ein Stack aus fünf Aufnahmen, den Hintergrund habe ich geschönt, da picolay
(die Stackingsoftware) einen fleckigen Hintergrund produziert hat:



herzliche Mikrogrüße
Leo

Heribert Cypionka

Hallo Leo,

ein erstaunliches Bild für eine 24-Euro-Kamera! Welche Kamera und welches Mikroskop haben Sie benutzt?
Fünf Bilder sind sehr wenig, mit mehr ginge es sicher noch besser. Ich habe mir erlaubt, das Bild mit PICOLAY zu bearbeiten: Den Rahmen vergrößert, Schärfe, Kontrast und Helligkeit optimiert, so dass die feinen Details in den Ecken gut sichtbar werden.



Das Ergebnis wäre sicher noch besser, wenn ich die 5-Megapixel-Originale zur Verfügung hätte. Übrigens wird PICOLAY nur dann einen fleckigen Hintergrund erzeugen können, wenn der zuvor im Bilderstapel zumindest ungleich hell war. Und es gibt verschiedene Möglichkeiten, ihn zu glätten, so dass man nicht so sehr putzen muss.

Gern können Sie mir die Original schicken, damit ich mich daran versuche.

Herzlichen Gruß

Heribert Cypionka

Muschelbluemchen

Guten Morgen

Danke für Ihr Programm picolay, die Arbeit, Mühe und Zeit die Sie da investieren!

Ich habe folgende Kamera verwendet:

Diese Kamera ist ein China-Klon der RaspberryPi-Kamera: http://www.heise.de/make/artikel/Angetestet-Pi-Camera-1874976.html
und diese Kamera verwende ich am RaspberryPi http://de.wikipedia.org/wiki/Raspberry_Pi
Wenn man die Optik dieser Kamera abschraubt hat man einen CS-mount-Anschluss zur Verfügung  - was diesen China-Klon
von der Original RaspberryPi Kamera unterscheidet:

Hier bei Nr1 ist die original Raspberry-Pi Kamera zu sehen, bei Nr.2 die Kamera die ich am Mikroskop verwende und bei Nr3 noch
ein weiterer China-Klon mit wieder anderer Optik.

Für Linux - das typische Betriebssystem am Raspberry Pi - gibt es eine Python-API die eine gute Kontrolle der RaspberryPi-Kamera ermöglicht:http://picamera.readthedocs.org/en/release-1.9/
Also eine tolle Sache für Leute die mal selbst aktiv werden wollen und nicht von irgendwelchen Fertiglösungen abhängig sein wollen.
Selbst raw-Daten (raw bayer data) kann man damit abgreifen und abspeichern.

Vermutlich wird man diese Kamera unter Windows nicht so ohne weiteres verwenden können, alleine schon weil sie am
CSI-Anschluss des RaspberryPi betrieben wird.

Die Kamera habe ich an ein Biolam angeschlossen:

und betreibe sie über den Moticam-Adapter am Okular, dieser Adapter ist bei der Moticam2300 dabei: http://www.mikroskopie.de/mikroskope/moticam_2300/moticam_2300.html
und ich denke es gibt ihn leider nicht ohne Kamera zu kaufen (was sicherlich für viele Mikroskopbesitzer eine interessante Sache wäre).
Vielleicht hat der Forum-Betreiber diesbezüglich mehr Infos!

Für die Aufnahmen selbst habe ich als Objektiv den Lomo Apochromat 40/0.95 verwendet, kombiniert mit Okular PK8 von ZeissJena am Mikroskop Lomo Biolam.
Die fünf Aufnahmen habe ich einer Flatfield-Korrektur unterzogen wie ich es hier beschrieben habe: https://www.blogger.com/blogger.g?blogID=4714738031755432545#editor/target=post;postID=3853060458353124197;onPublishedMenu=posts;onClosedMenu=posts;postNum=3;src=postname

Ich werde die fünf Aufnahmen Ihnen an die bei http://www.picolay.icbm.de/ zu findende E-mail Adresse senden!
Würde mich sehr freuen wenn Sie mir da die optimalen Einstellungen ermitteln könnten.
Ich verwende picolay über wine https://www.winehq.org/ auf Linux, schön wäre es würde es eine Linuxversion davon geben  :D
oder zumindest eine CLI-Version für Windows - ich träume davon meine Stitch-Witch https://www.blogger.com/blogger.g?blogID=4714738031755432545#editor/target=post;postID=6054453703670488786;onPublishedMenu=posts;onClosedMenu=posts;postNum=2;src=postname
mit einer Stackingfunktion zu erweitern!

herzliche Mikrogrüße
Leo

Heribert Cypionka

Hallo Leo,

vielen Dank für die Infos - die Eigenbastelei erklärt vielleicht den günstigen Preis. Ich werde so etwas nicht nachbauen können.
Leider kann ich auch noch kein PICOLAY für andere Betriebssysteme anbieten, freue mich aber immer wenn jemand es schafft, das Programm dahin zu portieren.

Herzlichen Dank auch für die Originale. Ich habe mich noch einmal daran versucht. Viel besser ist es aber nicht geworden...



Vielleicht aber noch einige Kommentare dazu:
- Definitiv waren die fünf Bilder im Stapel zu wenig. Einige Bereiche sind nirgends scharf zu sehen.
- Oft verliert man ja beim Verkleinern Details, hier war das weniger der Fall, der Kamerachip ist sicher nicht groß, und man sieht, dass viel mehr als das hier gezeigte, sehr gute Ergebnis nicht möglich sein wird.
- Um den Hintergrund zu glätten, habe ich nicht die Flatfield-Korrektur benutzt, sondern einfach den Minimum-Kontrast auf 9 gesetzt. Den Wert erreichen die Hintergrundstrukturen nicht und werden deshalb gemittelt und glatter.
- Alternativ hätte man auch eine Helligkeitanpassung probieren können (habe ich nicht versucht). Die macht aber oft auch neue Artefakte.
- Um das Bild aus dem engen Kasten des Originals zu befreien, habe ich die Funktion 'Draw into larger frame' verwendet. Damit man den Rahmen nicht sieht, habe ich natürlich vorher den Hintergrund einfarbig ausgemalt.
- Anschließend habe ich ein Quadrat mit dem Mauszeiger so gezogen, dass die Alge mittig liegt, und zum Ausschneiden die Funktion 'Crop selection' genutzt.
- Mit der Funktion 'Enhance image' habe ich die Original-Farbe ich etwas abgeschwächt, den Gamma-Wert etwas erniedrigt, Kontrast und Schärfe erhöht und das Bild auf Forumsgröße verkleinert. Das war's wohl.

Noch mal vielen Dank und weiterhin viel Erfolg

Heribert Cypionka



Reinhard

Hallo Heribert,

auch von mir vielen Dank für Dein schönes Programm picolay.
Ich fange gerade erst an, botanische Schnitte zu fertigen, abzufotografieren und mit Deinem Programm zu "schtäcken".
Ich habe es einfach mal probiert, weil ich noch nicht die Muße hatte, Deine Anleitungen zu studieren und ich weiß nicht, ob man es vielleicht anders besser machen könnte.
Ich habe das Gefühl, das Programm rechnet sehr lange, bis es mit meinen Bildern "zufrieden" ist.
Wäre es evtl. möglich, anhand eines Beispiels, wie das von Leo, einen einfachen "wöökflo" zu beschreiben, ohne daß man (schon) tiefer in Dein Programm einsteigen muß?

viele Grüße
Reinhard
seit wann ist Kunst ein Fehler ?



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www.mikrochemie.net

Heribert Cypionka

Zitateinen einfachen "wöökflo" zu beschreiben, ohne daß man (schon) tiefer in Dein Programm einsteigen muß?

Da verweise ich gern auf die PICOLAY-Hompage (auf Deutsch!) http://www.picolay.icbm.de/deutsch.htm, dort z.B. "Schritt für Schritt". Habe die Datei gerade noch einmal angesehen, es stimmt fast alles noch. Nur F1 ruft jetzt die Online-Hilfe auf, man sollte also gleich zu F2 gehen, wie dort beschrieben...

Viel Erfolg!

Heribert Cypionka

koestlfr

#6
Hallo Kollegen!

Danke für den interessanten und lehrreichen Beitrag der zeigt, dass man auch mit geringeren Mitteln, jedoch unter Einsatz von Grips, tolle Ergebnisse erzielen kann!

@Leo: geht das nur mit dem beschriebenen Capture-Programm? Sind die raw-Dateien mit der für raw üblichen Bittiefe von mindestens 24bit?

Liebe Grüße
Franz

Liebe Grüße
Franz

Bernhard Lebeda

Zitat von: Muschelbluemchen in Januar 29, 2015, 09:18:49 VORMITTAG

Die Kamera habe ich an ein Biolam angeschlossen:

und betreibe sie über den Moticam-Adapter am Okular, dieser Adapter ist bei der Moticam2300 dabei: http://www.mikroskopie.de/mikroskope/moticam_2300/moticam_2300.html
und ich denke es gibt ihn leider nicht ohne Kamera zu kaufen (was sicherlich für viele Mikroskopbesitzer eine interessante Sache wäre).
Vielleicht hat der Forum-Betreiber diesbezüglich mehr Infos!


Hallo Leo

ich habe diesen Adapter kürzlich über die Firma Beyersdörfer erworben. Geht also auch ohne Moticam!

Viele Mikrogrüße

Bernhard
Ich bevorzuge das "DU"

Vorstellung

Heribert Cypionka

Von einem Forumsmitglied kam die Frage an mich, wie ich aus dem von Leo eingestellten Bild ohne die Originale das zweite gemacht habe. Dazu verweise ich gern auf die Enhance-Funktion von PICOLAY, die über dem linken Bildfenster aufgerufen wird.

Hier lassen sich 18 verschiedene Bildparameter global verändern, z.B. Schärfe, Helligkeit, Gammawert, Farbsättigung und -Korrekturen, Rotation, Spiegelung, Größe etc. Als Besonderheiten möchte ich erwähnen die Möglichkeit,

- Schärfe für feine und grobe Strukturen selektiv zu verbessern (über die Filtergröße)
- dunkle Stellen (Shadows) gezielt aufzuhellen oder noch dunkler zu machen
- den Kontrast für helle und dunkle Bereiche getrennt einzustellen.

Mit dem Testbutton kann man das Ergebnis vorher prüfen und schnell die richtigen Parameter finden. Es lassen sich auch alle markierten Bilder eines Stapels gleichzeitig verändern. Sicher geht das alles auch mit GIMP, Photoshop o.ä. Programmen, aber schneller und effizient direkt mit PICOLAY :-)

In diesem Fall hatte ich die Schärfe feiner Strukturen angehoben, den Gammawert erniedrigt und den Kontrast heller und dunkler Strukturen erhöht.

Liebe Grüße und viel Erfolg

Heribert Cypionka


Rawfoto

Hallo Franz

Zu Deiner Aussage "Sind die raw-Dateien mit der für raw üblichen Bittiefe von mindestens 24bit"

Diese Aussage verwirrt mich etwas, der Grund ==> das Raw-Bild ist ein Datenbereich der aus 5 Datenblöcken besteht, in einem liegen die Bilddatenbereich und in dem liegen wiederum die Zeilen/Spalteninformationen des Sensors ...

Aus diesem werden durch den RAW-Konverter die Bilddaten generiert ==> in unterschiedliche Farbräume (RGB, CMYK, ...) Ein RGB hat wiederum drei voneinander unabhängige Farbkanäle welche  8, 12, 14 oder 16 Bit Farbtiefe pro Kanal (also z.B. r für ROT), ein CMYK hat 4 Kanäle - generiert aus den selben Daten ...

?!? was meinst Du da mit typisch im Zusammenhang mit 24 Bit ==> RGB mit 3 x  8 Bit in einem RGB JPG, wenn ja, das ist nichts typisch und schon gar nicht für RAW ...

Liebe Grüße

Gerhard

PS: natürlich auch liebe Grüße an Leo :-)
Gerhard
http://www.naturfoto-zimmert.at

Rückmeldung sind willkommen, ich bin jederzeit an Weiterentwicklung interessiert, Vorschläge zur Verbesserungen und Varianten meiner eingestellten Bilder sind daher keinerlei Problem für mich ...

koestlfr

Hallo Gerhard!

Das wundert mich nicht - 14bit war gemeint.....

Danke und liebe Grüße
Franz
Liebe Grüße
Franz

Muschelbluemchen

@Heribert Cypionka
Danke, Danke - ich werde am Wochenende versuchen Ihre Schritte nachzuspielen!

@Gerhard, Franz
Hier gibt es relativ genaue Informationen zu den "raw bayer data" der "raspicam":http://picamera.readthedocs.org/en/latest/recipes2.html?highlight=bayer#bayer-data

Man kann mit der Kamera ein jpg erzeugen, in dem die raw-bayer-data in den exif-Daten eingebettet sind. Es gibt dann ein Programm, mit dem man die raw-bayer-data heraus-
lösen kann und im Adobe dng-Format abspeichern kann.

Ich selbst habe es noch nicht geschafft aus den Adobe-dng-Daten(Dateien) vernünftige Bilder zu extrahieren, die Farben ware immer fürchterlich und lagen immer im Grünbereich.
Es gibt natürlich einige Information im RaspberryPi-Forum:
http://www.raspberrypi.org/forums/viewtopic.php?f=43&t=44918&hilit=raw+bayer+data

@Bernhard
Was kostet der Adapter dort? Ich kann den Adapter allein nicht finden! Ist es der 16mm oder der 8mm Adapter (bei den neuen Kameras von Motic wird immer
von einer fokussierbaren Makrolinse gesprochen)!
Danke für die Info - würde mich wirklich sehr interessieren!

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leo




Muschelbluemchen

@Franz
Zitat@Leo: geht das nur mit dem beschriebenen Capture-Programm?
Ich denke ich habe da noch was vergessen:
Die Kamera kann man meines Wissen nach nur am RaspberryPi betreiben, und es gibt für den raspberry pi ein angepasstes Debian-Linux: Raspbian:http://www.raspbian.org/
Zum Ansprechen der Kamera hat man unter Raspbian zwei Möglichkeiten:
* mit dem Kommandozeilenprogramm raspistill (Einzelbilder) und raspivid (Videos) http://www.raspberrypi.org/documentation/raspbian/applications/camera.md
* über Python und der Picamera-API, die die Funktion capture zur Verfügung stellt http://picamera.readthedocs.org/en/latest/recipes1.html
Ein C-Api existiert meines Wissens noch nicht.

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leo

Bernhard Lebeda

#13
Zitat von: Muschelbluemchen in Januar 29, 2015, 21:55:33 NACHMITTAGS

@Bernhard
Was kostet der Adapter dort? Ich kann den Adapter allein nicht finden! Ist es der 16mm oder der 8mm Adapter (bei den neuen Kameras von Motic wird immer
von einer fokussierbaren Makrolinse gesprochen)!
Danke für die Info - würde mich wirklich sehr interessieren!

mit herzlichen Mikrogrüßen
Leo






Auf der Seite steht der Adapter nicht. Du rufst oder mailst am besten da an und lässt Dich mit Herrn Beyersdörfer verbinden. Wenn Du Dich auf mich berufst erinnert er sich wahrscheinlich worum es geht. Ich hab so alles in allem um die 70€ bezahlt-Makrolinse plus Verbindungsadapter. Der Durchmesser hängt von Deinem Okular ab, die Brennweite der Makrolinse von Deiner Chipgröße. Meine Touptek hat 1/2,5" und ich hab die 12mm Linse genommen.

Ein kleines Missverständnis gab es damals:  es gibt im Zubehör noch einen Makrotubus, der für unsere Zwecke nicht benötigt wird. In der englischen Liste steht im Original "Macrotube (needs macrolens)".  Dies ist in der deutschen Liste falsch übersetzt worden ( in "Makrotubus (mit Makrolinse)". Geliefert wurde dann tatsächlich nur dieser ömmelige Plastikmakrotubus ohne jede Optik. Auf Nachfrage hatte Herr Beyersdörfer aber bei Motic recherchiert und die korrekte Makrolinse wurde sehr zeitnah nachgeliefert. Ich bin mit der Adaption sehr zufrieden.


Viele Mikrogrüße

Bernhard

Tante Edit:

das war seinerzeit das Angebot:

"1101002301041 Okular Adapter Ø 30 mm 0,00 % 1 €10,00 €10,00
1101002301181 Okular Adapter Ø 38 mm 0,00 % 1 €10,00 €10,00
1101002301181-Kopie-2Makro-Tubus (mit Makrolinse zur Darstellung großer 0,00 % 1 €33,00 €33,00
Sonstiges 19% Paypalgebühr 1,5 % 0,00 % 1 €1,18 €1,18"
Ich bevorzuge das "DU"

Vorstellung

koestlfr

Hallo Leo!

Besten Dank für deine Auskünfte!

Liebe Grüße
Franz
Liebe Grüße
Franz