Botanik: Sambucus nigra, Stamm quer *

Muschelbluemchen · Februar 05, 2019, 20:57:33 NACHMITTAGS

Hallo liebe Mikroskopfreunde,

letztes Jahr haben meine Eltern eine Hollunderstaude aus ihrem Garten entfernt. Ich habe mir sogleich eine Probe gesichert.
Als ich dann im Herbst in der Bucht einige sehr günstige Mikrotommesser erwerben konnte, testet ich sogleich eines der Messer an diesem Objekt.

Vom Präparat - mit Etzold Blau gefärbt - habe ich dann aus 484 Einzelbildern eine Aufnahme erstellt:

Ein zweiter Stitchversuch aus 529 Bildern lieferte ein Aufnahme, aus der ich aber nur einen kleineren Ausschnitt verarbeitet habe:

Hier wollte ich vielmehr testen, wie viele Einzelbilder ich mit meiner Hardware noch zusammenrechnen kann - so bei 500 Bildern dürfte das Ende der Fahnenstange erreicht sein - mit einem besseren
Computer geht sicherlich mehr (Rechenzeit war schon mehr als ein Tag).

Erstellt habe ich die Einzelaufnahmen mit meinem Lomo Biolam Mikroskop, für das Abscannen der Fotos war meine Stitch-Witch (http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/01/stitch-witch-teil-1-einfuhrung.html) zuständig.

Hier die Links zum google-Bild, wer Lust hat in die Fotos hinein zu zoomen - manchmal ist etwas Geduld erforderlich, weil google die Bilder oft langsam aufbaut:
https://photos.app.goo.gl/5itt1XY5QvE3Mq7SA
bzw
https://photos.google.com/album/AF1QipOXwhGHp9Dl7GWM_QSpwz1FS2ffixdmIJFLfv1N/photo/AF1QipNLqjC84KdYM_CPoecQqCQ3ddnH-HQHUvGtTjmv

https://photos.app.goo.gl/iTgrCkqfWHgsvGhJA
bzw.
https://photos.google.com/album/AF1QipOXwhGHp9Dl7GWM_QSpwz1FS2ffixdmIJFLfv1N/photo/AF1QipPS6lDkXQVzQSker4ifh2HIEEQVZMd0XBMo_ilc

liebe Mikrogrüße
Leo

Dr. Jekyll · Februar 05, 2019, 21:19:48 NACHMITTAGS

Hallo Leo,

Bist Du dir sicher, dass diese Mengen an Bildern nötig sind? Um ein Bild mit guter Qualität zu erhalten reichen wesentlich weniger Aufnahmen doch aus und der Rechner wird deutlich geschont😉🔬

Muschelbluemchen · Februar 05, 2019, 21:27:05 NACHMITTAGS

Hallo Dr. Jekyll,

wenn du solche Aufnahmen mit einem Budget von insgesamt nur ~200 Euro erstellen willst, wohl schon!
Das Mikroskop ist ein Lomo Biolam und die Kamera, mit der ich die Aufnahmen erstelle, ein Raspberry Pi-Kamera-Klon aus China mit C-Mount-Anschluss, um 20 Euro!

LG
Leo

Dr. Jekyll · Februar 05, 2019, 22:02:46 NACHMITTAGS

Hallo Leo,

Wenn Du die Schärfentiefe deines Objektives und die Dicke deines Präparates kennst, kannst Du die Anzahl der nötigen Bilder ermitteln.
Du kannst ab einer gewissen Anzahl der Bilder die Qualität des Ergebnises nicht steigern. Die Anzahl ist rechnerich zu ermitteln.
Wenn die Qualität durch Objektiv oder Fotoausrüstung limitiert ist, kann sie durch Erhöhung der Bildzahl nicht gesteigert werden😉
Die Bilder sind, wie ich finde, nicht schlecht. Hast Du schon mal versucht mit weniger Bilder aus zu kommen?

Lungu · Februar 05, 2019, 23:24:42 NACHMITTAGS

Hallo Leo,

erst einmal Danke für die Bilder. Worüber ich mich etwas wundere ist die hohe Anzahl der Bilder. So wie ich das sehe, machst Du stitching, aber kein stacking. Eine hohe Anzahl von Bildern ist OK, wenn der Prozess wie scheinbar bei Dir automatisch abläuft. Wie groß sind den die nicht verkleinerten Bilder?

Deine Lösung und Beschreibung von dem Lomo Projekt gefällt mir sehr gut, insbesondere auch die teilweise recht unkonventionellen Lösungen. Gefällt mir wirklich gut.

Grüße Lungu

othum · Februar 05, 2019, 23:52:23 NACHMITTAGS

Zitat von: Muschelbluemchen in Februar 05, 2019, 20:57:33 NACHMITTAGS
Hallo liebe Mikroskopfreunde,

letztes Jahr haben meine Eltern eine Hollunderstaude aus ihrem Garten entfernt. Ich habe mir sogleich eine Probe gesichert.
Als ich dann im Herbst in der Bucht einige sehr günstige Mikrotommesser erwerben konnte, testet ich sogleich eines der Messer an diesem Objekt.

Vom Präparat - mit Etzold Blau gefärbt - habe ich dann aus 484 Einzelbildern eine Aufnahme erstellt:

Hier wollte ich vielmehr testen, wie viele Einzelbilder ich mit meiner Hardware noch zusammenrechnen kann - so bei 500 Bildern dürfte das Ende der Fahnenstange erreicht sein - mit einem besseren
Computer geht sicherlich mehr (Rechenzeit war schon mehr als ein Tag).

Hallo Leo,

mich würde auch interessieren, welche Größe/Auflösung die Einzelbilder haben. Und welche Apertur das verwendete Objektiv hatte...

Und dann: Welches Programm verwendest Du zum Stitchen?
Ich zeige hier auch gerne hochaufgelöste, gestackte & gestitchte Bilder (z.B.: http://www.thum.li/Mikro/Prunus/15/index.html, verkleinert (!) auf 60MPx, da sonst leer vergrössert).
Ich verwende zum Stitchen PTGui. Selbst bei der Erstellung von Gigapixelpanoramen (ist hier Off-Topic, habe ich hier aber auch schon mal gezeigt: http://www.thum.li/NMZ/LPN_9/) braucht mein (zugegebenermaßen ordentlicher) Rechner nur etwa 15' um die resultierende 4-6GB (!) grosse .psb-Datei zu erstellen (In der Größe das einzig verwendbare Dateiformat....).

cu Oliver

Bob · Februar 06, 2019, 07:58:23 VORMITTAG

Hallo Leo,
eine spannende Technik hast Du da entwickelt! Der Aufbau ist auch relativ kompakt und sieht ganz praxisgerecht aus. Das ist ja oft das Problem mit solchen Entwicklungen - sie sind noch zu sperrig und zu fummelig in Betrieb zu nehmen, und verschwinden irgendwo im Schrank. Die Gefahr droht hier sicher nicht.

Die Auflösung der Bilder ist sehr beachtlich und Dein Schnitt ist prima gelungen. Vielleicht wäre ein abwechslungsreicheres Objekt das nächste mal attraktiver.
Für besten praktischen Nutzen würde ich auch mal versuchen, wie Aufwand und Ergebnis in ein optimales Verhältnis zu bringen sind. So würdest Du Zeit sparen und wir könnten hier mehr Bilder von Dir sehen!

Als nächste Entwicklungsstufe wäre dann noch eine Erweiterung ums Stacken interessant.

Wenn Du mal wieder Präparate machst, kannst Du gleich eines mehr machen. Vielleicht möchte jemand mal zeigen, was mit üblichen Methoden möglich wäre, um den Vergleich zu haben.

Viele Grüße,

Bob

Fahrenheit · Februar 06, 2019, 09:21:39 VORMITTAG

Lieber Leo,

schön, mal wieder was von Dir zu lesen!
ich hab' den Holunder gelistet.

Vielleicht magst Du mal ein Foto von Deinem Aufbau und ein Einzelbild zeigen? Welche Auflösung liefert denn die Kamera?

Herzliche Grüße
Jörg

Wutsdorff Peter · Februar 06, 2019, 09:25:04 VORMITTAG

Grüissi,
eine dumme Frage eines Anfängers: was ist der Unterschied zwischen stacking und stitching ??

Gruß Peter

Detlef Kramer · Februar 06, 2019, 10:33:41 VORMITTAG

Lieber Peter,

beim stacken verrechnet man Einzelaufnahmen aus verschiedenen Höhen aber der selben x/y-Position, beim stitchen addiert man Einzelaufnahmen einer Ebene aber unterschiedlicher x/y-Positionen zu einem Bild.

Herzliche Grüße
Detlef

Muschelbluemchen · Februar 06, 2019, 11:49:16 VORMITTAG

Hallo,
Danke für Eurer Interesse.

@Dr. Jekyll
Verwechselt du da nicht stacking mit stitching? Mein stitching-Lösung ist auch aus dem Problem entstanden, große botanische Schnitte (Durchmesser 3 bis 8 mm) nicht auf eine Aufnahme zu bekommen. Durch
Anwenden von Stitching kann man das Problem umgehen.

@Lungu
Mein größtes bisher erstelltes Bild hat in der Originalgröße 61259x58712 Pixel.

@othum
Ich habe schon verschiedene Programme verwendet. z.b. autostitch oder eine alte Version von autopano. Da ich unter Linux arbeite habe ich da nur eine eingeschränkte Auswahl an Programmen, die ich dafür
verwenden kann. Mein Rechner hat 16 GB RAM - was schlussendlich der limitierende Faktor ist für die Bildgröße - das Stitchen dauert aber sehr lange, weil es nur ein normaler Bürorechner ist mit langsamer CPU.
Deine Prunusaufnahme ist echt toll, leider kann ich es nicht so wirklich genießen, weil das Bildhandling in meinem Browser sehr langsam ist. Liegt vermutlich an meinem Browser.

@Bob
Die nächste Entwicklungsstufe die ich vornehmen möchte ist HDR - d.h. es wird nicht nur ein Bild der selben Präparatstelle aufgenommen, sondern fünf Aufnahmen in Belichtungsstufen (dunkel bis sehr hell),
diese Bilder werden dann verrechnet und dann erst die Präparatstelle gewechselt. Erste Versuche habe ich da schon unternommen. Da ich aber zur Zeit so wenig Zeit über habe, wird die Sache noch etwas dauern.

@Jörg
Die Kamera liefert 5mpx - es ist eine RasperryPi-Camera aus China:

Bekommt man so um die 25Euro.

Info zu meinem Aufbau habe ich schon früher in meinem Blog publiziert:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/01/stitch-witch-teil-1-einfuhrung.html
Hier habe ich die Hardware aufgelistet:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/01/stitch-witch-teil-2-die-hardware.html
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/02/stitch-witch-teil-3-software.html
Mein Python-Programm, mit dem ich die Stitch-Witch steuere und die Aufnahmen erstelle, habe ich mittlerweile verbessert - hoffentlich habe ich mal Zeit, es in einem neuen Blog zu publizieren und zu erläutern.

Bezüglich der Einzelaufnahme - da habe ich in meinem letzten Blog eine Aufnahme aus dieser Serie:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/

@Peter
Hier ein Blog von mir zum Stitchen:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2010/03/mikrobilder-stitchen-mit-autostitch.html

liebe Mikrogrüße
Leo

Rolf-Dieter Müller · Februar 06, 2019, 13:53:52 NACHMITTAGS

Hallo Leo,

Deine Ergebnisse begeistern mich immer wieder und bestätigt, nichts geht über Auflösung, auch wenn und vielleicht gerade wenn sie mit stitchen erreicht wird.

Bei Deinen Bildern überlege ich, ob ich mir das Sparen auf eine Vollformat schenken kann.

Viele Grüße,
Rolf-Dieter

Bob · Februar 06, 2019, 14:07:23 NACHMITTAGS

Hallo Leo,
in Deiner Beschreibung habe ich gesehen, dass Du ein Lomo 10:1 Apo verwendest. War das das Objektiv, das Du hier verwendet hast?

Viele Grüße,

Bob

othum · Februar 06, 2019, 14:23:31 NACHMITTAGS

Zitat
Info zu meinem Aufbau habe ich schon früher in meinem Blog publiziert:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/01/stitch-witch-teil-1-einfuhrung.html
Hier habe ich die Hardware aufgelistet:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/01/stitch-witch-teil-2-die-hardware.html
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/2015/02/stitch-witch-teil-3-software.html
Mein Python-Programm, mit dem ich die Stitch-Witch steuere und die Aufnahmen erstelle, habe ich mittlerweile verbessert - hoffentlich habe ich mal Zeit, es in einem neuen Blog zu publizieren und zu erläutern.

Bezüglich der Einzelaufnahme - da habe ich in meinem letzten Blog eine Aufnahme aus dieser Serie:
http://microscopiumsimplex.blogspot.com/

Hallo Leo,

ich habe es immer noch nicht ganz verstanden (Abgesehen von der Tatsache, dass Du mit einfachen Mitteln sehr gute Aufnahmen hinbekommst, was sehr beeindruckend ist):
Warum brauchst Du für so einen Querschnitt mit einem 10x/0.3 Objektiv 500 Einzelbilder? Ist der Trieb soooo groß? Oder nimmt die Kamera nur einen Ausschnitt des jeweils sichtbaren Bilds auf?
Mein Beispiel von oben (Prunus mit etwa 3mm Durchmesser) ist ebenfalls mit einem 10x Objektiv gemacht und kommt mit 11 Einzelbildern aus (die jeweils allerdings ein Stack von 11 Bildern sind). Und mehr als 60MPx macht am Ende auch keinen Sinn in Anbetracht der NA des verwendeten Objektivs...

cu Oliver

othum · Februar 06, 2019, 14:37:23 NACHMITTAGS

Zitat von: Rolf-Dieter Müller in Februar 06, 2019, 13:53:52 NACHMITTAGS
Hallo Leo,

Deine Ergebnisse begeistern mich immer wieder und bestätigt, nichts geht über Auflösung, auch wenn und vielleicht gerade wenn sie mit stitchen erreicht wird.

Bei Deinen Bildern überlege ich, ob ich mir das Sparen auf eine Vollformat schenken kann.

Viele Grüße,
Rolf-Dieter

Hallo Rolf-Dieter,

für die erreichbare Qualität ist das Format letztendlich nicht entscheidend. Das Format bedingt nur den Aufwand, den Du treiben musst, um eine gewünschte Auflösung der Aufnahme zu erreichen.
Beispiel: Um KB-Format an meinem Trinokulartubus voll auszunutzen braucht es ein 2.5x-Projektiv. Meine Kamera hat einen 36MPx Sensor mit Pixelabstand von etwa 4.8µm. Wenn ich stattdessen meine APS-C Kamera anbringe, die 18MPx aber den gleichen Pixelabstand (!) hat, und trotzdem das 2.5x Projektiv verwende, kann ich das gleiche Endresultat erreichen, brauche aber doppelt so viele Einzelaufnahmen, weil ich jeweils nur einen Ausschnitt fotografiere....

Entscheidend ist letztendlich welche Gesamtvergrößerung ich mit welchem Pixelabstand aufnehme. Wobei es da zu optimieren gilt, denn kleinerer Pixelabstand=größere Auflösung aber auch =Empfindlichkeitsverlust (=Rauschen!) und ggf negative Beugungseffekte....

cu Oliver