Suche nach Präparaten für eine digitale Open-Source Mikroskopie-Bibliothek

[Noch so'n Michael]

Liebe Mikroskopiker,

um unseren Studenten, aber auch Schülern und anderen Interessierten, während der aufgrund der Pandemie deutlich eingeschränkten Bedingungen ein zumindest hinsichtlich der Bildwirkung möglichst lebensnahes Mikroskopie-Erlebnis zu bieten, bin ich gerade dabei, für das Biologie-Studium interessante Präparate hochaufgelöst und über viele Fokus-Ebenen einzuscannen. Diese können dann über einen Webbrowser in verschiedenen Vergrößerungsstufen angeschaut und durchfokussiert werden. Diese Herangehensweise ermöglicht es, den mikroskopischen Blick zu trainieren, ohne direkt am Mikroskop sitzen zu müssen.

Hieraus wurde an meiner Universität (Duisburg-Essen) die Idee geboren, eine Sammlung solcher Scans kostenfrei unter einer Open-Source-Lizenz zu veröffentlichen, in der Hoffnung, der Mikroskopiker-Gemeinschaft und Lehrenden sowie Lernwilligen damit einen kleinen Dienst zu erweisen.

Für dieses Projekt bin ich nun auf der Suche nach einer möglichst großen Bandbreite möglichst anschaulicher und ,,hübscher" botanischer, zoologischer, mikrobiologischer und histologischer Präparate. Kommerzielle Fertig-Präparate kommen leider nicht in Betracht, da die Hersteller oft die Verbreitung von Aufnahmen ihrer Präparate auch für die nicht-kommerzielle Nutzung untersagen.

Daher meine Bitte an euch:
Bitte meldet euch, wenn ihr entsprechende selbst-präparierte Präparate zur Verfügung stellen könnt. Einscannen kann ich alles, was als fixiertes Dauerpräparat auf einem Standard-Objektträger (76x26 mm) mit Deckglas montiert und im Hellfeld-Durchlicht oder Phasenkontrast mit Objektiven bis hoch zu 60x/1.42 abbildbar ist. Hinsichtlich der Logistik müsste ich dann nochmal schauen, wie wir das managen können.

Hier ein kleines Beispiel, wie das ganze aussehen soll, aus Bequemlichkeitsgründen auf meiner privaten Domain. Die Viewer-Software ist noch in Entwicklung; falls ihr damit Probleme habt, gebt mir bitte kurz Bescheid:
http://3dmikroskopie.de/UDE_BioSLiDES/BioSLiDES.html
Nur nochmal zur Sicherheit: das Projekt läuft offiziell über meine Universität, es bestehen keine kommerzielle Interessen!

Ich fände es großartig, wenn wir zusammen eine tolle Sammlung auf die Beine stellen könnten,
viele Grüße aus Essen,
noch so'n Michael

[derda]

Hallo Michael,

eine tolle Idee: wo soll ich ein Präparat hinsenden? Wenn ich mir so den Markt an durchaus gebrauchstauglichen Mikroskopen ansehe, die Niemand haben möchte, dann könnte ein JeKi-ähnliches Projekt vielleicht auch schön sein. Das hätte den Vorteil mal was anderes als Medienkonsum zu sein und praktisch Hand anlegen zu können.

Viele Grüße,

Erik

[othum]

Hallo Michael,

schöne Idee!

Hier im Forum gibt es im Bereich der botanischen Präparate schon eine ganz gute Sammlung, die offen zugänglich ist:
https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=21220.0

Zumindest in meinen Beiträgen (was zugegeben nur ein paar wenige sind) gibt es auch hochaufgelöste Gesamtaufnahmen. Vielleicht kannst/magst Du diese ja verwenden?

Beste Grüße, Oliver

[mlippert]

Hi,

Scanst Du alles bis hoch zu 60x? Ich habe ein paar die ich spendieren kann. Die könntest du auch behalten...

Grüße,
Micha

[Fahrenheit]

Lieber Michael,

auch von mir kannst Du einiges aus meiner Dublettenkiste haben. Die Präparate kannst Du ebenfalls behalten.
Bitte sende mir Deine Adresse, gerne per PN.

Um einen entsprechenden Nutzen für die Lehre zu haben, wird es doch sicher eine Beschreibung der Präparate und ein oder zwei Bilder mit Beschriftung geben?
Bei der Gelegenheit wäre auch ein Hinweis auf den jeweiligen Präparator wünschenswert.

Herzliche GRüße
Jörg

[liftboy]

Hallo Michael,

wenn Du gewillt bist, die auch wieder heile zurückzugeben, kannst Du aus meinem Fundus von über 4500 Präparaten aus allen Gebieten auswählen; unter anderem die komplette Microthekserie von Jungner http://www.mikroskopfreunde-nordhessen.de/dateien/Jungner%20Praep.PDF
Kannst Du am besten hier vor Ort (Kassel) sichten und aussortieren.

Grüße
Wolfgang

[Michael K.]

Hallo,

Das ist ja mal eine tolle Idee. Ich denke das werden viele nutzen.  Aber wie funktioniert das genau?
Muss man für jede Fokusebene ein eigenes Bild machen, so das nur das Bild angezeigt wird was dem "Schieber" links  entspricht?
Oder ist es ein Video was man einmal durch fokussiert und der "Schieber" entspricht der Position im Video, quasi Standbild ?

LG
Michael

[reblaus]

Hallo Michael -

großes Lob!
Das Stacken hat ja den Nachteil, dass man bei Betrachtung solcher Mikrofotos den Eindruck bekommen kann, es müsse auch unter dem Mikroskop so aussehen, wodurch (1) Frust entstehen kann und (2) die Übung beim Fokussieren nicht erlernt wird.
Es fallen auch viele Ideen dazu ein - wie üblich vor allem, wenn man sie nicht selbst verwirklichen kann/muss  :
Z.B. könnte auch der Effekt des Abblendens (Tiefenschärfe vs. Auflösung) dargestellt werden)

Viele Grüße

Rolf

[Noch so'n Michael]

Hallo Wolfgang,

Hallo Michael,

wenn Du gewillt bist, die auch wieder heile zurückzugeben, kannst Du aus meinem Fundus von über 4500 Präparaten aus allen Gebieten auswählen; unter anderem die komplette Microthekserie von Jungner http://www.mikroskopfreunde-nordhessen.de/dateien/Jungner%20Praep.PDF
Kannst Du am besten hier vor Ort (Kassel) sichten und aussortieren.

Grüße
Wolfgang

Vielen Dank für das tolle Angebot  . Leider sieht es für mich so aus, als würden die Präparate aus der Microthekserie original von "Lieder" stammen (einige der Abbildungen in dem vom dir verlinkten PDF zeigen Abbildungen, die auch im aktuellen Lieder-Katalog enthalten sind). Leider verbietet Lieder (sorry für das Wortspiel) die Aufnahme der von ihnen gerfertigten Präparate zwecks Verbreitung, auch für die nicht-kommerzielle Nutzung  . Aus exakt diesem Grund bin ich ausdrücklich nur auf der Suche nach selbst-gefertigten Präparaten, kommerziell gefertigte scheiden kategorisch aus, es sei denn, der Hersteller erlaubt die Nutzung für die Bibliothekt ausdrücklich und verbindlich.

Auf das Angebot, mir deine Sammlung einmal anzuschauen, komme ich aber bei Gelegenheit gerne zurück.

Vielen Dank und viele Grüße,
noch so'n Michael

[Noch so'n Michael]

Hallo Michael,

Hallo,

Das ist ja mal eine tolle Idee. Ich denke das werden viele nutzen.  Aber wie funktioniert das genau?
Muss man für jede Fokusebene ein eigenes Bild machen, so das nur das Bild angezeigt wird was dem "Schieber" links  entspricht?
Oder ist es ein Video was man einmal durch fokussiert und der "Schieber" entspricht der Position im Video, quasi Standbild ?

LG
Michael

Ja, es wird für jede Fokusebene ein Bild geschossen. Dann werden die Bilder jeder einzelnen Fokusebene zusammen "gestitcht" zu einem großen Bild, davon werden dann verschiedene Auflösungen generiert (für den Zoom-Effekt) und diese werden wieder in kleine Teile zerlegt, welche dann im Webbrowser entsprechend des gerade angezeigten Bereichs nachgeladen werden. Das halt für jede einzelne Fokus-Ebene, der Schieber links schaltet dann zu den jeweiligen Bilddaten um. Je nach Größe des Scans kommen dabei tausende bis hunderttausende einzelner kleiner Bilddateien zusammen, was das Handling etwas nervig macht. Zum Glück gibt es dafür größtenteils Software von der Stange, nur das Umschalten der Fokusebenen im Browser musste ich selbst implementieren.

Viele Grüße,
noch so'n Michael

[othum]

Ja, es wird für jede Fokusebene ein Bild geschossen. Dann werden die Bilder jeder einzelnen Fokusebene zusammen "gestitcht" zu einem großen Bild, davon werden dann verschiedene Auflösungen generiert (für den Zoom-Effekt) und diese werden wieder in kleine Teile zerlegt, welche dann im Webbrowser

Hallo Michael,

Du willst also "nur" stitchen, nicht stacken, richtig?

Ich habe bisher immer beides kombiniert, zB hier:
http://www.thum.li/Mikro/Euphorbia/Bild-24_full/index.html

Beste Grüße, Oliver

[liftboy]

Hallo Michael,

Microthekserie original von "Lieder"

das kann ich klären! Ich habe guten Kontakt zu Herrn Frauenhoffer von microthek.

Wolfgang

[Noch so'n Michael]

Liebe Mikroskopiker,

aufgrund des unerwartet großartigen Feedbacks hier noch ein paar Details:

Liebe Mikroskopiker,

um unseren Studenten, aber auch Schülern und anderen Interessierten, während der aufgrund der Pandemie deutlich eingeschränkten Bedingungen ein zumindest hinsichtlich der Bildwirkung möglichst lebensnahes Mikroskopie-Erlebnis zu bieten, bin ich gerade dabei, für das Biologie-Studium interessante Präparate hochaufgelöst und über viele Fokus-Ebenen einzuscannen. Diese können dann über einen Webbrowser in verschiedenen Vergrößerungsstufen angeschaut und durchfokussiert werden. Diese Herangehensweise ermöglicht es, den mikroskopischen Blick zu trainieren, ohne direkt am Mikroskop sitzen zu müssen.

Hieraus wurde an meiner Universität (Duisburg-Essen) die Idee geboren, eine Sammlung solcher Scans kostenfrei unter einer Open-Source-Lizenz zu veröffentlichen, in der Hoffnung, der Mikroskopiker-Gemeinschaft und Lehrenden sowie Lernwilligen damit einen kleinen Dienst zu erweisen.

Für dieses Projekt bin ich nun auf der Suche nach einer möglichst großen Bandbreite möglichst anschaulicher und ,,hübscher" botanischer, zoologischer, mikrobiologischer und histologischer Präparate. Kommerzielle Fertig-Präparate kommen leider nicht in Betracht, da die Hersteller oft die Verbreitung von Aufnahmen ihrer Präparate auch für die nicht-kommerzielle Nutzung untersagen.

Daher meine Bitte an euch:
Bitte meldet euch, wenn ihr entsprechende selbst-präparierte Präparate zur Verfügung stellen könnt. Einscannen kann ich alles, was als fixiertes Dauerpräparat auf einem Standard-Objektträger (76x26 mm) mit Deckglas montiert und im Hellfeld-Durchlicht oder Phasenkontrast mit Objektiven bis hoch zu 60x/1.42 abbildbar ist. Hinsichtlich der Logistik müsste ich dann nochmal schauen, wie wir das managen können.

Hier ein kleines Beispiel, wie das ganze aussehen soll, aus Bequemlichkeitsgründen auf meiner privaten Domain. Die Viewer-Software ist noch in Entwicklung; falls ihr damit Probleme habt, gebt mir bitte kurz Bescheid:
http://3dmikroskopie.de/UDE_BioSLiDES/BioSLiDES.html
Nur nochmal zur Sicherheit: das Projekt läuft offiziell über meine Universität, es bestehen keine kommerzielle Interessen!

Ich fände es großartig, wenn wir zusammen eine tolle Sammlung auf die Beine stellen könnten,
viele Grüße aus Essen,
noch so'n Michael

1.) Infos zum Präparat: Natürlich würde ich zu den Präparaten gerne mehr wissen, die Beschreibung in der Bibliothek soll ja nicht nur aus den Bilddaten bestehen. Unverzichtbar ist natürlich die Info, was da überhaupt auf dem Objektträger liegt, also die taxonomische Einordnung des Organismus, dargestellte Organe/Gewebeteile, Schnittrichtung (quer, längs, tangential, Totalpräparat), was hoffentlich alles aus der Beschriftung des Objektträgers ersichtlich ist. Gerne auch Infos zur Färbung und Präparation (falls vorhanden), und falls jemand einen kleinen Beschreibungstext oder beschriftete Bilder beisteuern möchte, nehme ich den auch gerne mit auf, selbstverständlich auch gerne den Namen des Präparators/Stifters. Ich würde das dann noch um Infos zur Aufnahmetechnik ergänzen wie Objektivdaten, physikalische Pixelgröße (aus der dann die tatsächliche Vergrößerung bei der Darstellung auf dem Bildschirm berechnet werden kann), Einstellung Kondensorblende, etc.

2.) Rechtliches: Wie in der Antwort an Wolfgang ("liftboy") bereits erklärt, bin ich ausdrücklich auf der Suche nach selbstgefertigten Präparaten. Hintergrund ist, dass viele Fertigpräparate, egal unter welchem Namen vertrieben, ursprünglich von "Lieder" zu stammen scheinen. Diese Firma verbietet in ihren AGBs ausdrücklich die Aufnahme ihrer Präparate zum Zweck der Verbreitung, auch für nicht-kommerzielle Zwecke. Entsprechend würde ich jeden, der mir Präparate zum Einscannen überlässt, bitten, mir zu bestätigen, dass er/sie diese selbst gefertigt hat bzw. dass diese privat gefertigt wurden, dass die Präparate nicht aus einer kommerziellen Quelle stammen und ihre Aufnahme und Verbreitung von Aufnahmen keine Rechte Dritter verletzen, und dass mir die Verbreitung von Aufnahmen erlaubt ist. Bitte verzeiht den Aufstand, den ich deswegen mache, aber ich habe keine Lust und keine Ressourcen, einen entsprechenden Streit schlimmstenfalls vor Gericht auszufechten, und eventuelle Schadensersatzansprüche würden das Projekt an die Wand fahren, deshalb bin ich diesbezüglich lieber vorsichtig.

3.) Leihgabe: Wenn gewünscht, werde ich die Präparate natürlich nach dem Scannen an euch zurück schicken. Da mir aber ein bisschen vor der Logistik graut (es darf dann beim Scannen ja nichts durcheinander kommen), würde ich Präparate bevorzugen, welche ich behalten darf. Ansonsten wäre es super, wenn ihr die Objektträger eindeutig zuordenbar beschriften würdet, alternativ muss ich halt höllisch aufpassen, dass die Sachen auch wirklich zum jeweiligen Besitzer zurück finden und nicht bei jemand anderem landen.

4.) Auflösung: Ich habe 20x/0,8, 40x/1,4 und 60x/1,42 im Angebot, letzteres inkl. PhaKo.

5.) Fertige Aufnahmen: Gerne integriere ich auch eure selbstgefertigten Aufnahmen in die Bibliothek. Ziel ist es aber, wirklich in jeder Richtung relativ große Z-Stapel zu verwenden (bei meinen Scans sind es i.d.R. mehrere Gigapixel pro Fokusebene). Wenn ihr sowas im Angebot habt: immer man her damit Auch fokus-gestackte (ge-fokusstackte? äh, plattgequetschte) Aufnahmen sind willkommen, Strukturen kann man darauf sicherlich sehr gut erkennen, aber sie helfen natürlich nur bedingt beim Ausbilden des mikroskopischen Blickes. Für Präparate, die ich selbst einscanne, würde ich die mit anfertigen, ist ja was Leckeres fürs Auge

6.) Falls ihr Präparate für mich habt nehmt bitte per PM oder Mail Kontakt mit mir auf.


Nochmals vielen Dank für eure Unterstützung,
viele Grüße aus Essen,
noch so'n Michael

[Gerd Schmahl]

Hallo,
wie ist das eigentlich mit historischen Präparaten, die älter als 75 Jahre sind? Die müssten dann doch ähnlich wie andere urheberrechtlich geschütze Kultugüter offen sien oder?
Beste Grüße
Gerd

[liftboy]

Hallo erstmal,

gute Neuigkeiten!!

Hallo Herr Grigoleit,

da haben Sie aber wieder ein interessantes Projekt begonnen.
Mein Vater, dies müsste in den 70ern gewesen sein, hatte mit Herrn Lieder damals die Realisierung der Reihen besprochen, denn es gab sie in der heute bestehenden Vielfalt noch gar nicht. Lieder hatte damals nur ausgewählte Einzelpräparate.
Die Rechte der Jungner/Microthek-Präparate liegen nicht bei Lieder. Er hatte, und das war wohl so abgesprochen, einiges übernommen. Dafür hatte er auch immer wieder mit kurzfristigen Fertigungen geholfen. Aber viele Präparate wurden auch von anderen Botanikern gefertigt.
Sie haben meine Erlaubnis, die Präparate und Beiblätter uneingeschränkt zu verwenden. Da habe ich keine Einwände und wünsche Ihnen viel Freude bei der Zusammenstellung.

Herzliche Grüße aus Hamburg
Holger Frauenhoffer

microthek_Logo klein Signatur
Microthek GmbH
Mikroskope Mikrotome Mikropräparate
Heinrich-Plett-Str. 26
22609 Hamburg
Germany

FON +49 (0)40 3815 -36
FAX  +49 (0)40 3815 -38
E-MAILinfo@microthek.de
Registergericht   Amtsgericht Hamburg HRB33 326
Sitz der Gesellschaft   Hamburg
Geschäftsführer   Holger Frauenhoffer
USt.-IdNr. DE118613065
St.Nr. 42/743/00839

Also: auf gehts!!

Grüße
Wolfgang